Многие знают что в России отсутствует национальная инфраструктура по публикации исследовательских данных похожая на Zenodo в ЕС или SciDb в Китае, но не все знают что есть небольшое, но живое число низовых инициатив.
Лично мне известно 4 такие инициативы"
- Репозиторий открытых данных по русской литературе и фольклору (Институт русской литературы (Пушкинский дом) РАН)
- Репозиторий психологических исследований и инструментов RusPsyData
- Портал электронных ресурсов Южного федерального университета
- Другой портал научных данных на базе Figshare, Южного федерального университета
Можно обратить внимание что таких инициатив нет у ведущих российских ВУЗов и тем более у Минобрнауки РФ. Каждый проект по открытым научным данным кажется необычным именно потому что недостаточна институциональная среда для их появления. Но они есть хотя их и немного. Также я время от времени пишу про более точечные узкоотраслевые научные инициативы.
#opendata #openaccess #openscience #datasets
Лично мне известно 4 такие инициативы"
- Репозиторий открытых данных по русской литературе и фольклору (Институт русской литературы (Пушкинский дом) РАН)
- Репозиторий психологических исследований и инструментов RusPsyData
- Портал электронных ресурсов Южного федерального университета
- Другой портал научных данных на базе Figshare, Южного федерального университета
Можно обратить внимание что таких инициатив нет у ведущих российских ВУЗов и тем более у Минобрнауки РФ. Каждый проект по открытым научным данным кажется необычным именно потому что недостаточна институциональная среда для их появления. Но они есть хотя их и немного. Также я время от времени пишу про более точечные узкоотраслевые научные инициативы.
#opendata #openaccess #openscience #datasets
May 29, 2023
Я всё долго искал какие есть альтернативы поиску Google по наборам данных, и так чтобы не на коленках сделанные. И нашёл findata.cn [1] поисковик созданный Computer Network Information Center, Chinese Academy of Sciences, той же структуры что сделала китайский открытый национальный репозиторий научных данных SciDb [2]
Findata.cn также про открытые научные данные, но кроме SciDb агрегирует ещё и Zenodo, DRYAD, GBIF, USGS, IEEEDataPort и множество других.
При этом сам Findata.cn довольно упрощённо позволяет искать с фасетами только по году и источнику.
Всё больше поисковиков агрегаторов по открытым данным, и большая их часть создаются для научной инфраструктуры.
Ссылки:
[1] https://findata.cn
[2] https://www.scidb.cn/en
#opendata #data #datasearch #china #openscience #openaccess
Findata.cn также про открытые научные данные, но кроме SciDb агрегирует ещё и Zenodo, DRYAD, GBIF, USGS, IEEEDataPort и множество других.
При этом сам Findata.cn довольно упрощённо позволяет искать с фасетами только по году и источнику.
Всё больше поисковиков агрегаторов по открытым данным, и большая их часть создаются для научной инфраструктуры.
Ссылки:
[1] https://findata.cn
[2] https://www.scidb.cn/en
#opendata #data #datasearch #china #openscience #openaccess
June 19, 2023
В рубрике интересных источников данных Wolfram Data Repository [1] каталог из 1041 набора данных от команды Wolfram Research.
Из плюсов есть примеры использования данных прямо в платформе Wolfram и на языке Wolfram Language который является частью Wolfram Alpha.
Из минусов всё то же самое, за пределами их платформы использовать неудобно или невозможно.
Лично мне продукты Wolfram Research с годами нравятся всё меньше из-за их замкнутости на собственную экосистему и невозможностью интегрировать их с более продвинутыми узкотематическими инструментами, но у платформы всё ещё немало пользователей в академической среде и поклонников, так что от репозитория данных польза всё же есть.
P.S. Хотя для меня он скорее пример того как не надо делать каталоги данных.
Ссылки:
[1] https://datarepository.wolframcloud.com
#opendata #openscience #research #wolfram
Из плюсов есть примеры использования данных прямо в платформе Wolfram и на языке Wolfram Language который является частью Wolfram Alpha.
Из минусов всё то же самое, за пределами их платформы использовать неудобно или невозможно.
Лично мне продукты Wolfram Research с годами нравятся всё меньше из-за их замкнутости на собственную экосистему и невозможностью интегрировать их с более продвинутыми узкотематическими инструментами, но у платформы всё ещё немало пользователей в академической среде и поклонников, так что от репозитория данных польза всё же есть.
P.S. Хотя для меня он скорее пример того как не надо делать каталоги данных.
Ссылки:
[1] https://datarepository.wolframcloud.com
#opendata #openscience #research #wolfram
June 21, 2023
Любопытный исследовательский проект ORKG [1] дословно The Open Research Knowledge Graph (ORKG) aims to describe research papers in a structured manner. With the ORKG, papers are easier to find and compare.
А в переводе на русский язык посвящённый структуризации научных публикаций. Обратите внимание, не упрощённое понятное понимание, а именно структуризация. Фактически - это перевод научной статьи в данные/граф знаний с привязкой к Wikidata. Делает его команда TIB – Leibniz Information Centre for Science and Technology которые под руководством Сорена Ауэра, команда которого когда-то создавала DbPedia. Фактически проект создаёт структурированную базу научных статей, задача эта очень непростая, но реалистичная и наукоёмкая.
Да, у них открытое API, точки подключения к SPARQL и много чего открытого.
Ссылки:
[1] https://orkg.org
#opendata #openapi #openscience #knowledge #science
А в переводе на русский язык посвящённый структуризации научных публикаций. Обратите внимание, не упрощённое понятное понимание, а именно структуризация. Фактически - это перевод научной статьи в данные/граф знаний с привязкой к Wikidata. Делает его команда TIB – Leibniz Information Centre for Science and Technology которые под руководством Сорена Ауэра, команда которого когда-то создавала DbPedia. Фактически проект создаёт структурированную базу научных статей, задача эта очень непростая, но реалистичная и наукоёмкая.
Да, у них открытое API, точки подключения к SPARQL и много чего открытого.
Ссылки:
[1] https://orkg.org
#opendata #openapi #openscience #knowledge #science
June 27, 2023
Свежий доклад ОЭСР по применению ИИ в науке [1], вернее это даже не доклад, а сборник статей объединённых одной темой. Много примеров того как ИИ уже сейчас применяется в научной работе и о том как может применяться в ближайшем будущем. В целом документ ИИ-оптимистичен, практически все тексты о том как ИИ хорош и полезен во всём: автоматизации лабораторий, поиске лекарств, удобных инструментах управления знаниями и так далее.
Важная часть текстов посвящена вопросу Is science getting harder? (Становится ли тяжелее заниматься наукой?) и ответ на этот вопрос - да, а ИИ рассматривается как важный усилитель работы учёных.
Почитать полезно, поскольку это та область которая как раз должна вызывать наименьшие опасения этики работы с ИИ. Возможно.
Ссылки:
[1] https://www.oecd.org/publications/artificial-intelligence-in-science-a8d820bd-en.htm
#openscience #ai #readings
Важная часть текстов посвящена вопросу Is science getting harder? (Становится ли тяжелее заниматься наукой?) и ответ на этот вопрос - да, а ИИ рассматривается как важный усилитель работы учёных.
Почитать полезно, поскольку это та область которая как раз должна вызывать наименьшие опасения этики работы с ИИ. Возможно.
Ссылки:
[1] https://www.oecd.org/publications/artificial-intelligence-in-science-a8d820bd-en.htm
#openscience #ai #readings
OECD
Artificial Intelligence in Science
The rapid advances of artificial intelligence (AI) in recent years have led to numerous creative applications in science. Accelerating the productivity of science could be the most economically and socially valuable of all the uses of AI.
July 6, 2023
В рубрике как это работает у них о публикации открытых научных данных в Финляндии. В Финляндии Министерство образования и культуры создало и поддерживает портал Fairdata.fi [1] для распространения подхода принципов FAIR при публикации научных данных [2].
Помимо руководств и обучения инициатива включает 5 проектов помогающих исследователям:
- IDA Research Data Storage
- Etsin Research Dataset Finder
- Qvain Research Dataset Description Tool
- Digital Preservation Service for Research Data
- AVAA Open Data Publishing Platform
Например, система Etsin позволяет искать по более чем 5 тысячам наборам данных и размещать там свои наборы. А в системе AVAA доступны каталоги геоданных.
Кроме всего прочего данные из Etsin доступны на иследовательском портале страны Research.fi [3]. В свою очередь Research.fi был создан в 2020 году как CRIS (Current Research Information System) страны и включает, как открытые научные данные, так и базу публикаций, исследователей, исследовательских центров.
Ссылки:
[1] https://www.fairdata.fi/en/
[2] https://www.go-fair.org/fair-principles/
[3] https://research.fi/en/results/datasets
#finland #research #openaccess #opendata #openscience
Помимо руководств и обучения инициатива включает 5 проектов помогающих исследователям:
- IDA Research Data Storage
- Etsin Research Dataset Finder
- Qvain Research Dataset Description Tool
- Digital Preservation Service for Research Data
- AVAA Open Data Publishing Platform
Например, система Etsin позволяет искать по более чем 5 тысячам наборам данных и размещать там свои наборы. А в системе AVAA доступны каталоги геоданных.
Кроме всего прочего данные из Etsin доступны на иследовательском портале страны Research.fi [3]. В свою очередь Research.fi был создан в 2020 году как CRIS (Current Research Information System) страны и включает, как открытые научные данные, так и базу публикаций, исследователей, исследовательских центров.
Ссылки:
[1] https://www.fairdata.fi/en/
[2] https://www.go-fair.org/fair-principles/
[3] https://research.fi/en/results/datasets
#finland #research #openaccess #opendata #openscience
July 30, 2023
Одна из крупнейших и малоизвестных поисковых систем по научным публикациям это BASE [1], проект немецкого Bielefeld University в котором собрано более 338 миллионов научных публикаций из более чем 11 тысяч источников.
В том числе в поисковом индексе BASE есть более 18.5 миллионов записей с исследовательскими данными, большая их часть, конечно, из систем выдачи DOI таких как Datacite и Crossref.
У проекта есть REST API и интерфейс доступа по протоколу OAI-PMH,
Ссылки:
[1] https://www.base-search.net
#opendata #openaccess #openscience #researchdata #datasearch
В том числе в поисковом индексе BASE есть более 18.5 миллионов записей с исследовательскими данными, большая их часть, конечно, из систем выдачи DOI таких как Datacite и Crossref.
У проекта есть REST API и интерфейс доступа по протоколу OAI-PMH,
Ссылки:
[1] https://www.base-search.net
#opendata #openaccess #openscience #researchdata #datasearch
July 31, 2023
В рубрике как это работает у них реестр исследовательской инфраструктуры в Австрии [1]. Всего 2300 объектов среди которых десятки банков данных, порталов данных, научных репозиториев (статей, данных и тд.), тестовых лабораторий, специализированных лабораторий и устройств, обсерваторий и другой инфраструктуры.
Во многих странах такая инфраструктура существует, не во всех это столь тщательно систематизировано.
С точки зрения данных интересен список из 127 научных дата архивов, репозиториев и баз данных.
Из любопытного, по каждому объекту научной инфраструктуры присутствуют:
- условия использования
- ссылки на проводимые проекты
- ссылки на научные публикации с упоминанием.
Ссылки:
[1] https://forschungsinfrastruktur.bmbwf.gv.at/en
#openscience #openaccess #austria
Во многих странах такая инфраструктура существует, не во всех это столь тщательно систематизировано.
С точки зрения данных интересен список из 127 научных дата архивов, репозиториев и баз данных.
Из любопытного, по каждому объекту научной инфраструктуры присутствуют:
- условия использования
- ссылки на проводимые проекты
- ссылки на научные публикации с упоминанием.
Ссылки:
[1] https://forschungsinfrastruktur.bmbwf.gv.at/en
#openscience #openaccess #austria
December 2, 2023
В рубрике как это устроено у них открытые научные данные в такой, далеко не всем известной научной дисциплине как материаловедение.
Как и ряд других дисциплин она активно сдвигается в сторону открытости науки и открытости исследовательских данных.
Вот пример, 4-х научных проектов:
- AFlow [1] - база из 3.5 миллионов компонентов материалов и более чем 734 миллионов их свойств, под Public Domain для научного использования
- OQDM [2] база рассчитанных термодинамических и структурных характеристик более чем 1.2 миллионов материалов. Под Creative Commons
- The Materials Project [3] база по более чем 320 тысячам молекулам и материалам, а также проекты по машинному обучению предсказания свойств материалов
- NOMADS [4] база из 13 миллионов записей о материалах, как теоретических, так и полученных из экспериментов
У всех проектов лицензии на распространение материалов или Creative Commons или Public Domain, есть API на получение и на загрузку данных. Их наборы данных и отдельные записи индексируются научными поисковиками и агрегаторами. Ко всем есть API, библиотеки на Python для автоматической работы с данными, открытый код и сформировавшаяся экосистема.
Общий объём раскрываемых данных измеряется в сотнях теребайт. Начиная с 100 GB в OQMD и до 119 TB в NOMAD.
Ссылки:
[1] http://aflowlib.org/
[2] https://oqmd.org/
[3] https://next-gen.materialsproject.org/
[4] https://nomad-lab.eu/nomad-lab/
#opendata #openaccess #openscience #science #research #materials #molecules
Как и ряд других дисциплин она активно сдвигается в сторону открытости науки и открытости исследовательских данных.
Вот пример, 4-х научных проектов:
- AFlow [1] - база из 3.5 миллионов компонентов материалов и более чем 734 миллионов их свойств, под Public Domain для научного использования
- OQDM [2] база рассчитанных термодинамических и структурных характеристик более чем 1.2 миллионов материалов. Под Creative Commons
- The Materials Project [3] база по более чем 320 тысячам молекулам и материалам, а также проекты по машинному обучению предсказания свойств материалов
- NOMADS [4] база из 13 миллионов записей о материалах, как теоретических, так и полученных из экспериментов
У всех проектов лицензии на распространение материалов или Creative Commons или Public Domain, есть API на получение и на загрузку данных. Их наборы данных и отдельные записи индексируются научными поисковиками и агрегаторами. Ко всем есть API, библиотеки на Python для автоматической работы с данными, открытый код и сформировавшаяся экосистема.
Общий объём раскрываемых данных измеряется в сотнях теребайт. Начиная с 100 GB в OQMD и до 119 TB в NOMAD.
Ссылки:
[1] http://aflowlib.org/
[2] https://oqmd.org/
[3] https://next-gen.materialsproject.org/
[4] https://nomad-lab.eu/nomad-lab/
#opendata #openaccess #openscience #science #research #materials #molecules
January 3, 2024
В рубрике как это устроено у них японский национальный репозиторий результатов научных работ IRDB [1], включает 4.1 миллиона ресурсов, большая часть которых это научные статьи, журналы, публикации после конференций и так далее, а также боле чем 124 тысячи наборов исследовательских данных. Чем то IRDB схож с проектами OpenAIRE и SciDB, хотя и сделан весьма консервативнее.
В его основе харвестинг метаданных из более чем 700 научных репозиториев [2] в которых реализовано раскрытие метаданных по стандарту JPCOAR [3] через интерфейсы OAI-PMH. Сам репозиторий IDRB также поддерживает доступ через OAI-PMH [4] и с ним можно взаимодействовать программным образом.
Простота харвестинга во многом обеспечена тем что значительная часть репозиториев - это репозитории на базе open-source ПО Weko3 которое является доработанной версией репозитория для научных публикаций Invenio 3 и который и обеспечивает предоставление метаданных через OAI и, также, предоставляет иные, API упрощающие сбор данных. Weko3 был разработан Национальным институтом информатики Японии, той же организацией что управляет IRDB
У IRDB множество недостатков тоже есть:
- нет bulk download, нельзя скачать базу целиком
- нет документированного API, даже интерфейс OAI не упомянут на сайте, не говоря уже о том что он устарел для большей части задач
- схемы данных описания датасетов весьма консервативны. Нет даже разметки schema.org, не говоря уже о DCAT.
В целом проект выглядит проработанным, живым, но замершим в развитии.
Кстати, китайский проект SciDb сделан очень похожим образом. Также есть ПО институциональных репозиториев созданный структурой Китайской академии наук и централизованный архив/поиск индексирующий все эти репозитории.
Возвращаясь к IRDB, например, для Dateno проще автоматизировать сбор метаданных из японских репозиториев напрямую чем индексировать IRDB именно из-за отсутствия другого API кроме OAI.
Ссылки:
[1] https://irdb.nii.ac.jp
[2] https://irdb.nii.ac.jp/en/repositorylist
[3] https://schema.irdb.nii.ac.jp/en
[4] https://irdb.nii.ac.jp/oai
#opendata #data #openaccess #japan #china #openscience
В его основе харвестинг метаданных из более чем 700 научных репозиториев [2] в которых реализовано раскрытие метаданных по стандарту JPCOAR [3] через интерфейсы OAI-PMH. Сам репозиторий IDRB также поддерживает доступ через OAI-PMH [4] и с ним можно взаимодействовать программным образом.
Простота харвестинга во многом обеспечена тем что значительная часть репозиториев - это репозитории на базе open-source ПО Weko3 которое является доработанной версией репозитория для научных публикаций Invenio 3 и который и обеспечивает предоставление метаданных через OAI и, также, предоставляет иные, API упрощающие сбор данных. Weko3 был разработан Национальным институтом информатики Японии, той же организацией что управляет IRDB
У IRDB множество недостатков тоже есть:
- нет bulk download, нельзя скачать базу целиком
- нет документированного API, даже интерфейс OAI не упомянут на сайте, не говоря уже о том что он устарел для большей части задач
- схемы данных описания датасетов весьма консервативны. Нет даже разметки schema.org, не говоря уже о DCAT.
В целом проект выглядит проработанным, живым, но замершим в развитии.
Кстати, китайский проект SciDb сделан очень похожим образом. Также есть ПО институциональных репозиториев созданный структурой Китайской академии наук и централизованный архив/поиск индексирующий все эти репозитории.
Возвращаясь к IRDB, например, для Dateno проще автоматизировать сбор метаданных из японских репозиториев напрямую чем индексировать IRDB именно из-за отсутствия другого API кроме OAI.
Ссылки:
[1] https://irdb.nii.ac.jp
[2] https://irdb.nii.ac.jp/en/repositorylist
[3] https://schema.irdb.nii.ac.jp/en
[4] https://irdb.nii.ac.jp/oai
#opendata #data #openaccess #japan #china #openscience
July 30, 2024