🩻Обмен данными необходим для будущего ИИ в медицинской визуализации

Совместное использование наборов данных медицинской визуализации - это постоянная глобальная работа; за последнее десятилетие появилось множество наборов данных и репозиториев. Например, одним из основных ресурсов является The Cancer Imaging Archive - обширное хранилище данных медицинской визуализации, связанных с раком, с соответствующими клиническими данными, целью которого является поддержка воспроизводимости количественных показателей визуализации. Эти различные наборы данных позволили исследователям создать и распространить алгоритмы постобработки для различных приложений, связанных с раком.

Недавнее развитие больших языковых моделей (LLM) привлекло интерес к наборам данных, содержащим медицинские тексты. LLM - это продвинутые системы искусственного интеллекта, способные обрабатывать и генерировать человекоподобный текст, что может быть очень полезно в радиологии (например, для помощи радиологам в составлении отчетов).

Авторы статьи говорят, что если мы хотим, чтобы искусственный интеллект преуспел в радиологии (и в медицине вообще), мы должны обмениваться данными и научиться правильно это делать. А также о том, что:

🔸Данные - ключевой компонент разработки моделей ИИ. Чтобы добиться успеха, мы должны научиться обмениваться данными.

🔸Обмен наборами данных все чаще требуется учреждениями, которые проводят исследования, финансируемые государством. Давайте делать это правильно.

🔸Открытая наука - это действительно настоящая наука, и в наших интересах для ускорения лечения пациентов принять ее.

🎉 Сегодня исполнилось 22 года Будапештской инициативе открытого доступа!

В 2022 году были выпущены рекомендации, посвященные ее 20-летию, затрагивающие развитие в течение десяти лет. Они сосредоточены на:

1. Переходе к открытой инфраструктуре;

2. Реформировании системы оценки исследований;

3. Отказе от платы за публикацию;

4. Отказе от "офсетных", "прочитал-и-опубликовал" (read-and-publish) или так называемых "трансформационных" соглашений.

🖤 Продолжаем Неделю любви к данным!

Делимся с вами четвертым мастер-классом "Как мне цитировать данные?" от И. И. Рябовой.

Процесс цитирования наборов данных может вызвать у исследователей затруднения, т.к. сведения об этом отсутствуют в российских стандартах.

В мастер-классе изложены основные принципы цитирования исследовательских данных, представлены примеры оформления библиографического описания наборов данных в разных стилях и даны рекомендации для авторов.

🧡 Пятый день Недели любви к данным!

Делимся с вами мастер-классом "Как мне соблюдать авторские права при использовании исследовательских данных?" от А. Е. Рыхторовой.

Развитие открытого доступа привело к появлению концепции FAIR-данных, которые легко находимы, доступны, совместимы с наиболее распространенным программным обеспечением, а также могут быть переиспользованы. Последнее возможно благодаря свободным лицензиям, позволяющим людям использовать данные, собранные учеными, и четко определяет условия любого такого использования. Как работает такое лицензирование? Что нужно сделать, чтобы на ваши данные действовала такая лицензия? Давайте разбираться в рамках нашего мастер-класса!

Следующие мастер-классы:
17 февраля
Как мои данные должны соответствовать требованиям журналов и грантодателей? Спикер: Ирина Николаевна Волкова
18 февраля
Как можно найти данные? Спикер: Ольга Михайловна Ударцева

✅ Презентация публикаций по открытой науке

Предлагаем вашему вниманию исследование Kohrs F. E. et al. Eleven strategies for making reproducible research and open science training the norm at research institutions, в котором авторы предлагают одиннадцать стратегий для того, чтобы воспроизводимые исследования и обучение в области открытой науки стали нормой в исследовательских институтах.

⚡Стратегии сконцентрированы в трех областях:
(i) адаптация критериев оценки исследований и требований программ;
(ii) обучение;
(iii) создание сообществ.

📘Для знакомства с некоторыми результатами исследования переходите по ссылке.

💚 Встречаем шестой день Недели любви к данным с мастер-классом "Как мои данные должны соответствовать требованиям журналов и грантодателей?" от И. Н. Волковой.

Мастер-класс посвящен тому, какие требования выставляют журналы и грантодатели по отношению к открытым данным. На примерах показано, где эти требования расположены на сайтах журналов и фондов, а также в какой части рукописи отразить заявление о доступности данных, которое является обязательным требованием у многих журналов.

💙 Завершающий день Недели любви к данным!

В заключительный день мы бы хотели поделиться с вами мастер-классом "Как можно найти данные?" от О. М. Ударцевой.

В рамках мастер-класса вы сможете познакомиться не только с ресурсами, в которых следует осуществлять поиск исследовательских данных, и на примере Dimensions рассмотреть возможности поиска данных, но также мы поделимся с вами где и как найти эти ресурсы, используя каталоги или реестры репозиториев, а также предложим список рекомендаций.

Спасибо, что были с нами всю Неделю!

📚 Инициатива по созданию экосистемы репозиториев общего назначения (GREI) одной из своих задач ставит внедрение открытых метрик. Последовательный подход к цитированию данных является важным шагом к созданию значимых метрик, которые обеспечивают видимость использования данных, сигнализируют о добавленной стоимости репозиториев данных и позволяют отчитываться об охвате исследовательских данных, финансируемых NIH.

Все репозитории GREI (Dataverse, Dryad, Figshare, Open Science Framework, Mendeley Data, Vivli и Zenodo) уже собирают ссылки на данные или планируют добавить эту функцию в свой дорожный план. Основываясь на своей практике и опыте в этой области, а также в сотрудничестве с Make Data Count, эта группа универсальных репозиториев разработала ряд рекомендаций по обработке ссылок на данные в репозиториях.

📖 Руководство Journal Editors Discussion Interface (JEDI) и инициатива Data Preservation Alliance for the Social Science (Data-PASS) создали Пособие для редакторов журналов по социальным наукам по переходу к открытой науке.

В пособии описываются шаги, которые редакторы могут предпринять для внедрения политики и практики открытости в своем журнале. Свежая статья в Research Integrity and Peer Review представляет его краткое описание, где акцент сделан на том, что у разных журналов будут разные потребности, ресурсы, аудитория, структура управления и множество других факторов, которые определят, какие методы открытой науки они будут или не будут применять. Раскрываются три основных принципа:

🔸прозрачность - журналы должны требовать от авторов делиться данными, исходным кодом, материалами либо соблюдения методических рекомендаций по составлению отчетов об исследованиях; также необходимо открытое и прозрачное рецензирование;
🔸достоверность - журналы должны поощрять публикацию реплицируемых исследований, развивать публикацию отчетов и научной критики;
🔸и доступность - журналы должны сфокусироваться на публикации статей в открытом доступе, включая публикацию препринтов; кроме того, важна редакторская правка текстов и программы обучения новых редакторов.

💼 Редакторам следует выбирать варианты, которые наиболее целесообразны для их сообществ, принимая во внимание логистику принятия различных политик и практик, включая сферу деятельности журнала, его структуру и финансовые ресурсы.

Пятая годовщина The Research Organization Registry: Основные моменты ежегодного собрания сообщества 2024 🎉

🔸Статистика внедрения ROR включает ошеломляющие 1,48 миллиона DOI, зарегистрированных в DataCite, которые содержат идентификаторы ROR для авторов или соавторов.

🔸На идентификаторы ROR теперь приходится половина новых аффилиаций, созданных в ORCID; более 1,2 миллиона записей ORCID имеют идентификатор ROR, а а также в ORCID представлено более 50 000 уникальных идентификаторов ROR.

🔸Количество запросов на добавление новых записей в ROR выросло с 50 в месяц в январе 2022 года до более чем 700 в месяц в январе 2024 года.

🔸В настоящее время в метаданных Springer Nature содержится более 1,1 миллиона идентификаторов ROR. Следующие шаги - добавление идентификаторов ROR к уже опубликованным материалам, предоставление идентификаторов ROR компании Crossref при депонировании метаданных.

🔸ROR будет включен в дорожную карту DSpace 8.0

🔸Из 7 систем репозиториев, участвующих в инициативе NIH GREI, 5 уже приняли ROR для организационных аффилиаций, а 3 - для ассоциаций с финансирующими организациями.

Компания DataCite в партнерстве с Инициативой Чан Цукерберг (CZI) недавно объявила о первом выпуске Корпуса цитирований данных.

🎤 22 февраля состоится семинар, на котором его создатели расскажут больше подробностей и поделятся планами. А также выслушают вопросы и предложения.

Где: онлайн в Zoom

👀 Если вы не сможете принять участие, слайды и запись будут опубликованы в Zenodo и на канале YouTube.

🎤 Jülich Open Science Speaker Series (JOSSS) представляет: "Что такое открытая наука, для чего она нужна и почему вас это должно волновать?" с Моникой Гонсалес-Маркес.

Когда: 27 февраля, в 17:00 по московскому времени
Где: онлайн, Zoom

Программа Дня открытых данных 2024: открытые данные для науки, статистика внешней торговли, госфинансы и многое другое

🗓 Дата и время: 6 марта, 11:00-14:30
💻 Формат: онлайн-трансляция

Опубликована программа российского Дня открытых данных. Темы выступлений:

1. Открытые данные для управления российской наукой: проблемы и возможности. Спикер Иван Стерлигов, советник проректора по науке НИУ ВШЭ.
2. Открыть нельзя закрыть: особенности работы со статистикой внешней торговли России. Спикер Алина Владимирова, руководитель направления сетевого анализа, Институт востоковедения РАН.
3. Презентация проекта Dateno — поисковика по открытым и общедоступным данным по всему миру. Спикер Иван Бегтин, директор АНО «Инфокультура».
4. Открытость госфинансов: вчера, сегодня, завтра. Спикер Ольга Пархимович, руководитель проекта «Госзатраты».
5. Презентация проекта ДумаБинго: Что мы можем сказать о работе Государственной думы, используя открытые данные. Спикер Александр Верещагин, аналитик проекта.
6. Тендерскоп: инструмент общественного контроля публичных закупок. Спикер Ирина Чарикова, руководитель проекта.

📍Регистрируйтесь на мероприятие и добавляйте его себе в календарь. Подробности на сайте: https://opendataday.ru/msk

Организатором Дня открытых данных в России выступает АНО «Информационная культура».

Вышел ежегодный обзор Plan S за 2023 год 🎉

Plan S - это инициатива по открытому доступу (ОД) к публикациям, согласно которой с 2021 года научные публикации, являющиеся результатом исследований, финансируемых за счет государственных грантов, должны публиковаться в соответствующих журналах или платформах с открытым доступом.

Например, в отчете рассказывается, о том, что:

🔸по данным базы Dimensions 81% опубликованных в 2023 году статей, переданных финансирующим организациям, входящим в cOAlition S, вышли в открытом доступе. Это целых 163 775!
🔸средний уровень ОД в мире при этом составляет около 60% (2 992 203 статьи). Это на 4% больше, чем в 2022 году (2 569 615 статей);
🔸 медиана APC (платы за публикацию) журналов, участвующих в The Journal Comparison Service (JCS), составляет $2940, а средняя плата - $2648;
🔸в дисциплинах социальных и гуманитарных наук 14% наименований журналов не взимают APC по сравнению с 2% в дисциплинах медицины и здравоохранения;
🔸в качетсве плана действий на 2024 год предлагается продолжение перехода к модели бриллиантового ОД (diamond OA), ответственный подход к публикационному процессу, а также дальнейшая оценка влияния Плана S на научную коммуникацию.