Первое заражение SARS-CoV-2 имеет значение для последующего иммунного ответа. Иммунный импринтинг

Сперва перечислю основные важные моменты по теме. А затем подведу выводы. Как я заметил, данные по теме могут неверно интерпретировать.

SARS-СoV-2 и иммунный импринтинг. У различных людей может быть разный иммунный ответ после заражения омикроном в зависимости от того, каким вариантом SARS-СoV-2 они заражались впервые. Если человек изначально заражался уханьским, альфа- или бета-вариантами, то ему может быть сложнее «обновить» антитела под омикрон. Похожая ситуация и с обновлёнными вакцинами под омикрон: они всё же лучше вакцин на основе уханьского SARS-СoV-2, но не так сильно способствуют обновлению антител против омикрона, как ожидалось. А причина тому — иммунный импринтинг.

Грипп и иммунный импринтинг. Впервые импринтинг был обнаружен в 1947 году у заражённых гриппом. Заражение одним штаммом гриппа могло приводить к снижению способности вырабатывать эффективные антитела против другого штамма.

Как работает иммунный импринтинг? Во время первого контакта с вирусом в лимфатических узлах создаются B-клетки памяти (например, при заражении альфа-вариантом SARS-CoV-2). Именно эти клетки приводят к выработке антител против вируса. Проблема начинается при столкновении иммунной системой с новым вариантом вируса, похожим на предыдущий (например, при заражении омикроном). Вместо создания новых B-клеток памяти иммунная система «запускает» ответ уже имеющихся B-клеток. В итоге антитела направлены против тех эпитопов (частей белков вируса), которые идентичны у нового и старого вариантов вируса (например, у альфы и омикрона). В-клетки продуцируют перекрёстно-реактивные антитела, реагирующие и на старый, и частично на новый вариант вируса. А новые антитела, которые более эффективно нейтрализуют новый вариант, вырабатываются слабо.

Что показывают исследования? В одном из исследований люди, сперва заражённые уханьским SARS-СoV-2, а затем привитые вакциной на основе уханьского SARS-СoV-2, при заражении омикроном использовали перекрёстно-реактивные антитела, а не вырабатывали антитела против омикрона. Похожие результаты были у привитых вакциной на основе уханьского SARS-СoV-2, а затем заразившихся уханьским SARS-СoV-2: их иммунная система слабо вырабатывала специфичные для омикрона антитела.

Что такое созревание аффинности? Несмотря на импринтинг, В-клетки памяти могут мутировать при заражении новым вариантом SARS-СoV-2, приводя к созданию более подходящих под новый вариант антител. Этот процесс называют созреванием аффинности. У вакцинированных и позже заражённых омикроном через 6 месяцев после инфекции обнаружили часть В-клеток памяти, продуцирующих антитела против омикрона. То есть с течением времени B-клетки же могут постепенно изменяться под новые варианты SARS-СoV-2, продуцируя более эффективные антитела.

Импринтинг и вакцины от COVID-19. В исследовании сравнили антитела у повторно привитых вакциной на основе уханького SARS-СoV-2 и ревакцинированных обновлённой против омикрона. После обновлённой вакцины у людей всё же обнаруживалось небольшое количество антител против омикрона. То есть иммунный импринтинг не полностью подавляет создание новых антител, специфичных для нового варианта вируса.

Обновлённые вакцины и новые B-клетки против омикрона. Кроме того, исследование на животных показывает, что, скорее всего, обновлённые под омикрон вакцины могут способствовать созданию новых B-клеток памяти, а не только созреванию имеющихся. После вакцин на основе уханьского SARS-СoV-2 у животных более 90% продуцируемых антител были получены от ранее существовавших B-клеток. Но после обновлённых вакцин ~25–50% антител были получены от новых B-клеток, эти антитела заметно лучше нейтрализовали омикрон.

Какие промежуточные выводы можно сделать из имеющихся данных — поговорим в следующей части.

Как НЕ стоит воспринимать информацию про импринтинг

Реакция типа «вакцины всё испортили, не надо было прививаться» искажает мысли, которые доносили в журнале Nature. Не только вакцины, но и уханьский, и первые варианты SARS-СoV-2, которыми заразилось множество людей ещё до появления вакцин, привели к иммунному импринтингу. Также стоит учесть, что:

• Изначальное отсутствие иммунитета на SARS-СoV-2 — это явно хуже, чем иммунитет против вируса. Вакцинация позволила миллионам людей сильно уменьшить риски от COVID-19 и даже уменьшить риски от постковида.

• Нет доказательств, что иммунный импринтинг приводит к более тяжёлой COVID-19 у привитых вакцинами на основе уханьского SARS-СoV-2 по сравнению с непривитыми. Сейчас всё ещё гибридный иммунитет (вакцинация и инфекция) защищает от омикрона лучше, чем только вакцинация или только инфекция в прошлом. Имеющиеся доказательства сейчас заключаются другом: антитела тех, кто благодаря профилактике или другим действиям столкнулся впервые именно омикроном, лучше приспособлены против омикрона, чем антитела тех, кто столкнулся впервые с SARS-СoV-2 до омикрона. Однако непонятно, как это влияет на течение инфекции. То есть даже в крайних случаях стоит говорить не о всех непривитых, а только о тех, кто впервые переболел в результате заражения омикроном.

Как стоит воспринимать эту информацию

Иммунный импринтинг сильно мешает создать эффективные вакцины против омикрона. Даже имеющиеся обновлённые вакцина против омикрона от компаний Moderna и Pfizer не настолько эффективны, как могли бы быть без иммунного импринтинга (хотя они явно лучше, чем необновлённые вакцины). Поэтому стоит сосредоточиться на новых тактиках:

• на новых адъювантах в составе имеющихся вакцин, которые улучшают иммунный ответ и уменьшают влияние иммунного импринтинга. Например, в случае с иммунным импринтингом при гриппе адъюванты помогают снизить его влияние;

• на интраназальных (вводимых через нос) вакцинах против COVID-19, которые могут уменьшить распространение вируса и обойти иммунный импринтинг;

• на создании панкоронавирусных вакцин, направленных на широкий спектр вариантов SARS-CoV-2 и различных коронавирусов. Такие вакцины могут создать более широкий и эффективный иммунный ответ против новых вариантов SARS-CoV-2.

Источник: https://www.nature.com/articles/d41586-023-00086-1 (18.01.23)

Спасибо за поддержку канала Ивану, Тамаре, Александру и ещё троим людям, чье имя не отобразилось при пересылке донатов. Поблагодарить: 5536 9138 3126 6560

Искусственный интеллект ChatGPT указан как соавтор в четырех научных работах

ChatGPT и новые версии языкового искусственного интеллекта — это то будущее, с которым некоторым из нас придётся столкнуться, а кто-то уже столкнулся. ChatGPT может создавать статьи, обобщать данные из большого массива научных работ, поддерживать диалог, успешно сдавать экзамены, создавать и проверять компьютерный код (увы, далеко не всегда работающий, идеализировать бота тоже не стоит). Ранее я уже рассказывал про то, как этот чат-бот генерирует настолько правдоподобные научные тексты, что даже учёные в 1/3 случаев не могут отличить работы от настоящих.

Новая версия чат-бота (ChatGPT, запущенная 30 ноября 2022 года) оказалась настолько перспективной, что её уже использует миллионы человек, а Microsoft в январе 2023 года сообщила, что вкладывает аж около 10 млрд долларов в дальнейшее развитие технологии. К помощи ChatGPT могут прибегать даже некоторые исследователи в своих работах. Например, когда надо изучить применение ИИ в медицине.

Уже известно как минимум о 4-х научных работах, где ИИ был указан в качестве соавтора:

• В первой работе (препринт), ChatGPT указан как один из 12 авторов. Исследование заключалось в оценке способности ChatGPT пройти стандартный тест на получение медицинской лицензии в США. Что интересно, искусственный интеллект набрал проходной балл во всех трёх экзаменах.

• Во второй работе (в рецензируемом журнале) ChatGPT был указан по ошибке. В исследовании изучается влиянии искусственного интеллекта на медицинское образование.

• В третьей работе (в рецензируемом журнале) ещё интереснее. В ней ChatGPT с помощью философского аргумента «Пари Паскаля» поясняет, почему приём препарата рапамицина может быть более обоснованной тактикой, чем отказ от препарата.

• В четвёртой работе (препринт) используют более старую версию ChatGPT — GPT-3. Там исследуется следующий вопрос: «может ли GPT-3 написать академическую статью про себя с минимальным вмешательством человека?». Исследователи пишут, что GPT-3 вполне себе может генерировать связный текст о своих возможностях и функциях.

Вот только в отличии от человека ИИ не может нести юридическую ответственность за свою работу. Поэтому редакторы крупных журналов призывают перестать указывать его в качестве автора.

Исходя из успехов ИИ в третей работе, жду через некоторое количество времени статью типа «ИИ переубедил антипрививочника» :)

Кроме представленных выше ссылок, я прочитал многие статьи на тему ChatGPT в научных журналах. Поэтому кроме разбора этой статьи, которая показалась мне довольно интересной, размещу вторую часть с выжимкой наиболее интересных деталей, прочитанных в таких научных журналах как Nature, Scienсe и др.

Пример текста, сгенерированного ChatGPT. Чат-бота попросили надписать текст из 500 слов о преимуществах и недостатках ИИ в астрономии, вот что вышло. Возможно, если бы авторы статьи написали в самом начале о том, что статья сгенерирована ИИ (как написал я сейчас), то был бы эффект «я так и знал», но поскольку я не ожидал машинного текста, то при беглом прочтении даже не заподозрил, что текст написан ИИ.

Что думают по поводу ChatGPT учёные?

Профессора, преподаватели. Некоторые профессора беспокоятся, что из-за ChatGPT возрастёт количество работ студентов, написанных с помощью ИИ. Другие же смотрят на развитие ИИ оптимистичнее: чат-бот может помочь писать более красивые тексты неносителям английского языка или быть полезным помощником для носителей английского.

Известные учёные. Многим известный Дерек Лоу из журнала Science советует не преувеличивать текущие возможности ChatGPT! Этот ИИ не создаёт что-то принципиально новое, а переставляет уже написанные кем-то куски текста так, чтобы получился правдоподобный текст. Нередко получается правдоподобная чушь. Но при этом наделён новыми интересными функциями. Например, он как и человек способен запоминать диалоги с собеседником, а затем воспроизводить какие-то уже узнанные данные, учиться на общении с человеком.

Продолжение.

Какое будущее нас ждёт с развитием языковых ИИ?

В этой научной публикации учёные описывают, как они общались с ChatGPT и что из этого вышло. Например, вопреки ожиданиям чат-бот дал беспристрастное мнение по поводу Китая, несмотря на обилие предвзятой информации в СМИ, из которых он мог анализировать текст. А на вопрос о том, как справиться с расставанием с девушкой, ИИ не только дал различные советы, но и дополнил ответ эмоциональной фразой, посоветовав сохранить в сердце воспоминания о ней.

Но у языковых ИИ может быть ряд минусов, вот лишь некоторые из них:

Воспроизведение людских ошибок. ИИ учась на наших текстах впитает излишнюю самоуверенность людей. Многим читателям нравятся рассказчики, которые очень уверенно говорят о чем-либо. Это создаёт ложное чувство экспертности и опыта. Благо науку это явление задевает в меньшей степени, хотя учёным тоже может свойственно желание казаться более убедительными, чем позволяют собранные данные. В целом же язык науки построен на неуверенности, сомнениях в полученных результатах, вероятностях и подобных приемах, которые позволяют добиться лучших результатов, чем чрезмерная уверенность. В любом случае, красивый текст, написанный в уверенном стиле, но с неверной информацией от ИИ — это серьёзная проблема. Точно так же ИИ может воспроизводить дезинформацию, предубеждения и устаревшие данные.

Создание токсичного и опасного контента. Ещё одна проблема — бота могут использовать для спама, расистских и других текстов, разжигающих ненависть. Так уже произошло в прошлом с ботом Galactica от компании Meta, после чего компании прошлось закрыть публичный доступ к своему ИИ. Что касается ChatGPT, то его, например, просили написать программу на языке программирования Python, определяющую, нужно ли повергать человека пыткам в зависимости от страны, в которой он родился. В итоге ИИ написал программу, которая отвечает на этот вопрос утвердительно, если человек из Северной Кореи, Сирии, Ирана или Судана. Также чат-бота спросили, как эффективно красть вещи в магазинах, в ответ ИИ предоставил исчерпывающую информацию о способах кражи вещей в магазинах.

Какие плюсы стоит ожидать от языковых ИИ в будущем:

Помощь в исследованиях. Некоторые учёные полагают, что через некоторое время ИИ разовьётся до такой степени, что с их помощью можно будет предлагать гипотезы и планировать эксперименты, улучшать текст научных работ, получать помощь в рецензировании, в одобрении или отклонении работ.

Помощь в ответах на сложные вопросы. Разговорные ИИ могут создать новое поколение поисковиков, которые гипотетически будут способны давать подробные ответы на сложные вопросы. ИИ может работать как Stack Overflow (сайт, где программисты могут отвечать на вопросы друг друга), только на различные сложные темы.

Диагностика заболеваний и ответы на медицинские вопросы. Современный ИИ, выпущенный в декабре 2022 года компаниями Google и DeepMind, может отвечать на некоторые медицинские вопросы почти на уровне врача, хотя порой может допускать ошибки. Речь о замене врача, конечно же не идёт, скорее речь о дополнении в отдельных аспектах.

Так или иначе, многим из нас рано или поздно, вероятно, придется столкнуться с последствиями внедрения языковых ИИ в различные сферы жизни.

Источники:
1. https://www.cell.com/patterns/fulltext/S2666-3899(22)00323-3 (13.01.22)
2. https://www.nature.com/articles/d41586-023-00107-z (18.01.23)
3. https://www.nature.com/articles/s41550-023-01891-4 (23.01.23)
4. https://www.nature.com/articles/d41586-023-00204-z (24.01.23)
5. https://www.nature.com/articles/d41586-023-00288-7 (03.02.23)
6. https://www.science.org/content/article/scientists-don-t-let-your-writing-resemble-something-you-pulled-out-your-bot (06.02.23)
7. https://www.nature.com/articles/d41586-023-00340-6 (06.02.23)
8. https://www.science.org/content/blog-post/thoughts-chatgpt-and-its-ilk (08.02.23)

За помощь каналу спасибо Дмитрию, Ольге и Евгению. Поблагодарить: 5536 9138 3126 6560

Постковидный синдром: самое интересное из научных источников за последние 4 недели (16.01–12.02.23)

Наконец-то возвращаюсь к разбору наиболее интересных публикаций на тему COVID-19 😊. Поскольку за 4 недели накопилась уйма полезных и интересных данных, решил поделить их на несколько тем. Начну с постковида. Исследования по постковиду я также разделил на несколько подтем, чтобы было легко ориентироваться и искать информацию. Порядок следующий: новое интересное исследование, распространённость постковидных симптомов, механизмы постковида, факторы риска и как уменьшить вероятность развития постковида.

1. Здоровый образ жизни может коррелировать с существенным снижением риска развития симптомов постковида

В исследовании под здоровым образом жизни понимались следующие составляющие:
1) нормальный индекс массы тела (18,5–25);
2) отказ от курения;
3) здоровое питание;
4) не злоупотребление алкоголем (не более 15г спирта в день);
5) физическая активность (2,5 часа от умеренной до высокой активности в неделю);
6) здоровый сон (7–9 часов ночью).

Выборка: 1.981 женщина возрастом 55–75 лет (средний возраст: 64,7 года), у 44% из них после COVID-19 были симптомы постковидного синдрома. То есть вывод исследования распространяется в основном на пожилых женщин! Время наблюдения: 19 месяцев.

Результаты: у женщин, которые подходили под 5–6 пунктов здорового образа жизни, симптомы постковида развивались в ~2 раза реже (на 49%) по сравнению с женщинами, которые не подходили под все 6 пунктов здорового образа жизни. Причём каждый из 6 пунктов был связан с небольшим снижением риска развития постковида.

***

Распостранённость постковида сейчас: взрослые и дети

2. «Пандемия в пандемии». Насколько сильно распространился в мире постковид?

Как минимум 65 млн человек в мире давно страдают от симптомов постковида. По консервативным оценкам как минимум 1 из 10 переболевших COVID-19 может сталкиваться с симптомами постковидного синдрома. Если брать на примерах конкретных стран, то уже сейчас у 5% взрослого населения США постковидные симптомы приводят к ограничению повседневной активности.

Теперь поговорим про студентов, а затем про подростков и детей. Для примера можно привести свежие данные из университета Джорджа Вашингтона. Результаты исследования: 36% переболевших студентов, преподавателей и других сотрудников университета испытывали симптомы постковида.

3. COVID-19 — это высокие риски для здоровья даже для детей и подростков

В Аргентине у 23% переболевших COVID-19 детей встречался один и более симптом постковида в течение 3 месяцев после болезни. Наиболее распространенными симптомами были: головная боль, утомляемость, одышка и проблемы с концентрацией внимания.

В более серьёзных ситуациях у детей после COVID-19 может развиваться, например, поражение почек (тубулоинтерстициальный нефрит), о чём сообщили в свежей работе. Кроме того, через 1–2 месяца после инфекции в редких случаях может развиваться мультисистемный воспалительный синдром (MIS-С) — угрожающее жизни состояние. Почему только спустя 1–2 месяца? SARS-СoV-2, вероятно, может долгое время находиться в кишечнике ребёнка, постепенно запуская каскад иммунных реакций, провоцирующих MIS-С.

4. Долговременные сердечные симптомы испытывает 1 из 10 переболевших COVID-19. Был проведен первый систематической обзор и метаанализ, включающий 101 исследование по изучению долговременных сердечных симптомов после COVID-19. Его результаты: 10,1% переболевших страдали от болей в груди, а 9,8% — от аритмии.

5. В 1 из 6 случаев постковид может приводить к тяжёлым симптомам и инвалидности. Речь про состояние, когда постковидные симптомы приводят к потере работы и сильно ограничивают выполнение повседневной деятельности. В китайском исследовании изучали 1000 переболевших COVID-19 в течение 20 месяцев, и поделили их симптомы на 4 кластера:
• у 1 из 2 переболевших были лёгкие постковидные симптомы;
• у 3 из 10 переболевших — умеренные физические симптомы;
• у 1 из 10 — когнитивные и психические симптомы;
• у более 1 из 6 — тяжёлые постковидные симптомы.

Механизм возникновения постковида

Стали доступны результаты нескольких исследований, подкрепляющих гипотезу о том, что некоторые симптомы постковида могут быть связаны с долгой задержкой SARS-CoV-2 в организме.

5. Мозговой туман и миалгия при постковиде связаны длительным временем выведения SARS-CoV-2 из верхних дыхательных путей. В исследовании у 73 госпитализированных пациентов длительное присутствие SARS-СoV-2 в верхних дыхательных путях было связано с наличием мозгового тумана и миалгией (мышечными болями) спустя 3 месяца после COVID-19.

6. В 0,09–0,5% случаев после заражения SARS-CoV-2 может оставаться в организме как минимум 2 месяца. В исследовании проанализировали образцы примерно 95 тысяч человек. В итоге нашли 381 случая, когда SARS-СoV-2 оставался в организме необычны долго, месяц и более. Из них в 54 случаях вирус оставался в организме более 2 месяцев. Что интересно, самый долгий случай длился 193 дня (~6,5 месяцев) у зараженного омикроном BА.1. Авторы работы предполагают, что как минимум в 0,09–0,5% случаях заражения SARS-CoV-2 инфекция может стать персистентной и длиться как минимум 2 месяца.

7. SARS-CoV-2 может присутствовать в организме дольше, чем показывают тесты по методу ПЦР. Обратите внимание, что речь НЕ про ПЦР из ротоглотки и , а про ПЦР тканей! В исследовании изучались образцы 27 умерших пациентов, ранее зараженных SARS-CoV-2. Их клиническое состояние постепенно ухудшалось несмотря на отрицательные тесты по методу ПЦР. У трёх из них тесты были отрицательными в течение 9 месяцев. В посмертных анализах у них были обнаружены признаки интерстициальной пневмонии и наличия РНК SARS-CoV-2 в некоторых типах клеток лёгких.

***

Какие факторы риска постковида?

8. Факторы, коррелирующие с повышенным риском постковида из свежего исследования: низкий социально-экономический статус, предшествующая инфекции депрессия, наличие большого количества симптомов, предыдущие варианты SARS-СoV-2 (не омикрон). При омикроне пока что постковид встречается почти в 3 раза реже.

9. Чем тяжелее COVID-19, тем может быть выше риск постковидного синдрома. Факторы постковида из нового исследования, изучающего 677 пациентов, следующие:
• ХОБЛ: в 2,41 раза выше риск постковида;
• потребность в госпитализации: в 3,56 раза выше;
• потребность в отделении интенсивной терапии: ещё в 2,2 раза выше.

Как отмечают авторы работы, если сравнивать людей с COVID-19, которые не нуждались в госпитализации, с людьми, которых госпитализировали и они попали в отделение интенсивной терапии, то у вторых в 8,61 раз выше риски возникновения постковидного синдрома.

***

Как уменьшить вероятность возникновения постковида?

10. Эффективность реабилитации при тяжёлых симптомах постковида. В исследовании изучались 105 пациентов с тяжёлыми постковидными симптомами. Несмотря на различные упражнения, лёгочную и обонятельную реабилитацию, когнитивную и логопедическую терапию, психологическую поддержку, основные симптомы постковида (утомляемость, нейрокогнитивные нарушение, мышечные боли) у подавляющего большинства пациентов не исчезли полностью:

• только 9% пациентов полностью избавились от симптомов постковида;
• ~ 2/3 пациентов почувствовали частичное выздоровление, которое позволило им вернуться к повседневной деятельности и работе;
• ~ 1/3 пациентов с постковидным синдромом все перечисленные меры не принесли ощутимых результатов, симптомы остались даже спустя 22 месяца после COVID-19.

11. Вакцинация от COVID-19 снижает риск возникновения постковида. Данные из свежего университетского исследования, которое уже упоминал во втором пункте. У ревакцинированных от COVID-19 симптомы постковида встречались почти в 2 реже:
• ревакцинированные (2 дозы + ревакцинация): 25,9% случаев;
• неревакцинированные (только 2 дозы вакцины): 44,7% случаев;
• невакцинированные: 47,7% случаев.

12. У молодых вакцинированных от COVID-19 почти в 2 раза (на 41%) реже встречаются многие симптомы постковида. Выборка в исследовании: 1.832 молодых человека в возрасте от 18 до 44 лет (средний возраст: 40,5 лет).

В частности, невакцинированные через 6 месяцев после COVID-19 чаще жаловались на:
• лёгочные постковидные симптомы (в 2 раза чаще);
• диабет (в 1,46 раза);
• неврологические симптомы: (в 1,29 раза);
• психическое здоровье: (в 1,28 раза);

Резюме. Сейчас мы наблюдаем «пандемию в пандемии»: от постковида давно страдают десятки миллионов людей в мире, он затрагивает как взрослых, так и в меньшей степени детей. Тяжёлые симптомы, сердечно-сосудистые симптомы, мозговой туман — вовсе не редкость при постковиде. Откуда берутся эти симптомы? Одна из подтверждённых новыми исследованиями гипотез: SARS-СoV-2 надолго остаётся в организме, приводя к каскаду реакций, провоцирующих постковидные симптомы. Существующие методы реабилитации эффективны лишь частично, а для солидной доли страдающих от постковида могут быть вовсе не эффективны. Здоровый образ жизни (6 пунктов выше) и ревакцинация могут уменьшить вероятность развития постковидных симптомов.

За последние 7 дней не было ни одного доната. Такая работа занимает много времени для чтения и разбора большого объёма данных, поэтому ваша поддержка особенно важна для продолжения ведения этой рубрики: 5536 9138 3126 6560

Постковидный синдром: самое интересное из научных источников за последние 4 недели (16.01–12.02.23)

Дополню существующий разбор ещё несколькими публикациями, которые пропустил при разборе, но заметил при повторном чтении журналов, а ещё ценным комментарием от читателя.

13. Слишком короткий или слишком продолжительный сон коррелирует с повышением риска постковида в 1,5–2 раза. Недостаток сна связан с худшим иммунным ответом как на вирусы, так и на вакцины. Вероятно, у людей с недосыпом вакцинация от COVID-19 может приводить к менее эффективному иммунному ответу против вируса, чем у людей без недосыпа. В то же время регулярный чрезмерный сон (более 9 часов в сутки) обычно связан с проблемами со здоровьем.

Исследование проведено на выборке 9.717 человек возрастом от 18 до 99 лет. Результаты скорректированы с поправкой на множество переменных (возраст, пол, время с момента вакцинации, курение, употребление алкоголя, физическая активность, наличие различных патологий и др.).

Частый недосып (менее 6 часов в сутки) у:
• привитых 2 дозами вакцины: риск постковида в 1,56 раза выше;
• непривитых и привитых 1 дозой вакцины: риск в 1,91 раза выше.

Частый чрезмерный сон (более 9 часов в сутки) у:
• привитых 2 дозами вакцины: риск постковида в 1,87 раза выше;
• непривитых и привитых 1 дозой вакцины: риск в 2,02 раза выше.

Вакцинация. У привитых 2 дозами вакцины на основе мРНК в среднем на 21% реже развивались симптомы постковида по сравнению с невакцинированными.

14. SARS-CoV-2 может приводить к реактивации хронических вирусных инфекций, провоцирующих постковидные симптомы. Среди вероятных виновников — ВГЧ-4 (вируса герпеса человека) и, предположительно, ВГЧ-5, ВИЧ-1. В самой статье лишь кратко упоминается этот момент со ссылкой на другую работу. Основное содержание статьи описывает иммунологические составляющие, прогнозирующие тяжесть постковидных симптомов. Также вышла ещё одна публикация, в которой описывается модель для примерного предсказания тяжести течения COVID-19, вероятности смерти или развития постковидных симптомов после инфекции.

Дополнение к предыдущему разбору

На основе комментария Кирилла (который уже не в первый раз пишет полезные комментарии) дополню существующий разбор исследований по постковиду следующими важными данными:

7. В исследовании речь про отрицательные ПЦР из ротоглотки и бронхоальвеолярного лаважа и про положительные ПЦР тканей.

9. Когда мы говорим про постковид после госпитализации и отделения реанимации, то важно учитывать ПИТ-синдром (англ. PICS). ПИТ-синдром характерен пациентам после ОИТ не только с COVID-19, но и с другими заболеваниями. Термин PICS был предложен ещё в 2010 году, но пока непонятно, как различать постковидные симптомы и ПИТ-синдром. Пока даже нет консенсуса, действительно ли при COVID-19 распространённость ПИТ-синдрома выше, чем после ряда других заболеваний (есть данные за и против).

А ещё вышла статья про синдром ПОТ (постуральной ортостатической тахикардии, англ. POTS) в контексте постковида, который очень часто затрагивает молодых женщин.

Далее — разбор публикаций за последний месяц по теме омикрона и вакцин.

Благодарности. Благодаря вашей помощи у меня появилось дополнительное свободное время, которое я могу уделить созданию полезного контента. За помощь каналу спасибо Лидии, Андрею, Елене, Ольге, Андрею, Ольге, Евгению Тимакову, Светлане, Ирине, Максиму, Надежде, Галине, Светлане (публикую по времени донатов, поэтому есть одинаковые имена разных людей) и ещё семерым читателям, чьё имя не отобразилось при пересылке доната. Я обычно указываю только имя и даже не указываю первую букву фамилии, потому что мне уже писали, что хотели бы остаться анонимными. Но если вдруг вы хотите, чтобы я указывал вашу фамилию или указал ссылку на вашу страничку (например, если вы врач), то напишите, пожалуйста, мне в личку @eugene_time В принципе, если вы занимаетесь доказательной медициной и/или наукой и можете кому-то принести пользу, я могу кратко рассказывать о вашей деятельности в конце записи. Поблагодарить: 5536 9138 3126 6560

Одиночество может негативно сказываться на уровне счастья, психическом и физическом здоровье

Иногда полезно публиковать что-то очень простое и в то же время полезное. Недавно на сайте престижного Чикагского университета (University of Chicago) вышли получасовой подкаст и простая статья про важность регулярного общения для здоровья. Возможно, для кого-то она станет триггером для того, чтобы уделять время социальным контактам. Рекомендую прочесть её полностью, а здесь кратко передам суть.

Одиночество — это серьёзная угроза здоровью, как психическому, так и физическому. Примерно 20–40% взрослых часто испытывают чувство одиночества (в США). Одиночество может провоцировать воспалительные процессы, которые со временем отражаются на здоровье, способности противостоять патогенам, на счастье и настроении.

Какие социальные связи важны? На уменьшение одиночества влияют не только длительные отношения. Положительное влияние может оказывать регулярное общение с семьёй, друзьями, коллегами, знакомыми. Даже если человек время от времени совсем немного общается с незнакомцами, это может делать его более счастливым.

Важность регулярного общения, как отвлечение мешает общению. Заботиться о поддержании социальных связей может быть так же важно, как и о физической форме. Другой важный аспект: сосредоточенность на общении без постоянного отвлечения (например, на телефон) может делать общение более счастливым. К сожалению, среднестатистический человек примерно половину времени бодрствования постоянно на что-то отвлекается. Если меньше тратить время на мимолётные отвлекающие факторы, то может появиться много дополнительного времени на общение в оффлайне.

Застенчивость и другие факторы, мешающие начать общаться. Люди, которые преодолевали трудности при общении (например, застенчивость или прошлые травмы из-за неудачного общения), в целом более счастливы. Почти никогда не поздно меняться. В источнике рассказана история пожилого мужчины, который развёлся и был очень одинок, у него не было социальной поддержки, а единственным счастьем для него была работа. Он был настолько изолированным, что думал покончить с собой. Однако затем он начал ходить в спортзал, там он рассказывал молодым людям про просмотренные им интересные старые фильмы и постепенно завёл новые знакомства, стал устраивать совместные просмотры старых фильмов, собирая вместе много людей. Автор завершает статью просьбой наконец-то написать или позвонить людям, с которыми вы давно хотели встретиться, но всё время откладывали общение. Заботиться о своём общении — это заботиться о своём здоровье.

Источник: https://news.uchicago.edu/scientific-secret-happy-life-marc-schulz (02.02.23)
Поблагодарить за конспекты: 5536 9138 3126 6560

Какая вероятность, что новый опасный вариант SARS-CoV-2 может придёт из Китая? Будет ли он обнаружен до его массового распространения?

Пока опасения вряд ли обоснованы. Из-за малого распространения SARS-СoV-2 по Китаю до конца 2022 года у большей части населения страны был слабый иммунитет против омикрона. В таких условиях нет серьёзного давления на коронавирус, приводящего к накоплению новых мутаций, позволяющих вирусу ускользать от иммунного давления. Поэтому пока что появление нового опасного варианта SARS-СoV-2 маловероятно. Но ситуация может измениться уже в ближайшие месяцы из-за заражения десятков и сотен миллионов людей в Китае и появления у них естественного иммунитета, который будет давить на отбор более «приспособленных» вариантов вируса [1].

Насколько была эффективна политика «нулевого ковида» в Китае? До появления омикрона — безусловно была эффективна. В период с 22 января 2020 г. по 1 ноября 2022 г. в Китае на каждый 1 млн жителей было зарегистрировано 726 случаев заражения и 3,9 смертей от COVID-19. Для сравнение в США на 1 млн жителей за тот же период зарегистрировано 288.384 заражений и 3.166 смертей от COVID-19 [2, 3]. Даже если учесть, что в США лучше учитывались данные, разница всё равно огромна. Но тактика «нулевого ковида» привела к тому, что в конце 2022 года населения Китая стало почти полностью беззащитно против омикрона. А распространенные в Китае инактивированные вакцины защищают население довольно слабо. Новые подварианты омикрона уже не получалось сдерживать строгими эпидемиологическими мероприятиями, как это было раньше, поэтому Китай отказался от тактики «нулевого ковида» .

Насколько хорошо отслеживают новые опасные варианты SARS-СoV-2 в Китае? К сожалению, в Китае очень мало секвенировали геномные последовательности SARS-СoV-2. Например, в Великобритании секвенировали геном вируса у 12% заражённых, в ЮАР — 1,2%, а у Китая до сих пор — менее 0,1% от положительных случаев [2, 3]. К тому же, Китай не делится большей частью полученных данных. Например, начиная с 1 декабря 2022 года в международную базу данных GISAID было загружено лишь четверть от сиквенсов в Китае (564 из более чем 2000). Такая ситуация повышает вероятность того, что если новый опасный вариант SARS-СoV-2 появится в Китае, то долгое время может оставаться незамеченным. Пока известно, что в Китае есть 5 новых линий-потомков от обнаруженных подвариантов омикрона, которые вряд опаснее распространённых в мире подвариантов [1].

А помогало ли геномное секвенирование SARS-СoV-2 предотвратить распространение опасных вариантов вируса? Часть 2

Помогает ли геномное секвенирование предотвратить распространение опасных вариантов SARS-СoV-2? Приведу два типа данных: модели и фактические данные из прошлого опыта.

Моделирование. Секвенирование хотя бы 0,5% случаев заражения SARS-СoV-2 гипотетически даёт 34-процентную вероятность обнаружить новый опасный вариант вируса до того, как им заразятся 100 человек. То есть примерно в 1/3 случаев его распространение можно попытаться остановить, не допустив новую волну заражений COVID-19 в мире. В течение первых двух лет пандемии 78% богатых стран секвенировали геномы вируса в более 0,5% случаев заражения. Однако опасные варианты появлялись в странах со слабым уровнем секвенирования: дельта из Индии, омикрон из Африки. Более того, в последний год количество сиквенсов сильно снизилось, что ещё сильнее усугубляет вариант обнаружения опасного варианта [1].

Фактические данные.
• Дельта был признан опасным вариантом в мае 2021 года, только через 7 месяцев после того как был собран первый образец с этим вариантом! Про опасность варианта заговорили в основном только после того, как дельта вызвал сильный всплеск новых заражений, госпитализаций и смертей в Индии.
• Омикрон. При распространении омикрона оповещение об опасности оказалось более оперативным, но всё равно недостаточно быстрым. Про омикрон сообщили примерно через 3 недели после того, как его первая последовательность была загружена в международную базу GISAID. К тому моменту омикрон успел распространиться так сильно, что было поздно останавливать его распространение по миру [1].

Резюме. Геномное секвенирование пока не помогло предотвратить распространение ни одного из последних опасных вариантов SARS-CoV-2 [4]. Значит ли это, что в секвенировании нет смысла? Конечно же, не значит. Отслеживание опасных вариантов помогает хотя бы немного подготовиться к новой волне вируса, предоставляют ценные данные для производителей препаратов и вакцин и т.д. Но если оценивать ситуацию реалистично, то шанс, что при появлении нового опасного варианта SARS-CoV-2 мы сможем его вовремя заметить и предотвратить его распространение по миру, невысок.

Источники:
1. https://www.nature.com/articles/d41586-023-00112-2 (24.01.23)
2. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(23)00129-0/fulltext (08.02.23)
3. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(23)00268-4/fulltext (08.02.23)
4. https://www.nature.com/articles/d43978-023-00012-z (17.01.23)

Спасибо Екатерине за помощь каналу. Поблагодарить: 5536 9138 3126 6560

Вопрос к практикующим врачам, регулярно работающим с пациентами с COVID-19 и/или с постковидным синдромом. Знаю, что среди моих подписчиков много врачей (как минимум нескольких знаю лично). Как изменялись симптомы у пациентов с положительным тестом после распространения омикрона и при волнах распространения подвариантов омикрона? В the British Medical Journal вышла статья, описывающая динамику изменения основных симптомов при дельте и различных подвариантах омикрона. Например, при распространении BA.5 (в России это лето и осень 2022-го) стали чаще встречаться симптомы бессонницы. Хочу рассказать об этом на канале, но сперва интересно узнать ситуацию у вас.

P.S.
Какие подварианты омикрона в какое время доминировали в России, если судить по сиквенсам (но количество сиквенсов довольно мало, эти данные нельзя считать точными, и могут быть расхождения в регионах):
• BA.1: январь – середина марта 2022 г.
• BА.2: середина марта – июль 2022 г.
• BA.5: июль — декабрь 2022 г.
• XBB и BQ.1 — начали распространяться в конце 2022 г., на середину января 2023 г. на них приходилось ~50% и ~25% сиквенсов соответственно. XBB.1.5 в России тоже есть, он был обнаружен в середине января 2023 г.

Омикрон и вакцинация: самое интересное из научных источников за последние 6 недель (16.01–26.02.23)

В этой части вы найдете ответы на следующие вопросы:
• Кому, когда и чем ревакцинироваться при омикроне?
• Какими вакцинами вряд ли стоит ревакцинироваться?
• Как часто есть смысл ревакцинироваться при омикроне?

3. Кому следует ревакцинироваться? Для пожилых людей и людей с серьёзными хроническими заболеваниями в подавляющем большинстве случаев ревакцинация лучше, чем её отсутствие. При этом у людей старше 5 лет, ревакцинированных двухвалентной вакциной (на основе уханьского SARS-CoV-2 и омикрона), примерно в 2 раза ниже риск умереть от COVID-19 по сравнению с одновалентной вакциной. По первоначальным данным разницы между двухвалентными и одновалентными вакцинами не обнаружилось, но при накоплении большего количества данных стало понятно, что двухвалентные вакцины всё же лучше.

4. Возможно, пока достаточно ревакцинироваться от COVID-19 раз в год. Такое предложение выдвинуто 26 января консультативной группой FDA по вакцинам. Причем в странах с умеренным климатом наиболее приоритетной может быть вакцинация осенью. В холодное время года люди чаще находятся в закрытых помещениях, где легче передается вирус. Также ведутся дискуссии, нужно ли продолжать ежегодную ревакцинацию молодых и здоровых людей. Важно понимать, что такое упрощение до ревакцинации раз в год проявилось в том числе из-за снижения количества желающих ревакцинироваться.

Однако не стоит сравнивать стратегию вакцинации от COVID-19 с ежегодной вакцинацией от гриппа.

5. Для COVID-19 пока что вряд ли подойдёт стратегия ежегодного обновления вакцины. Причин здесь несколько:
• Появление новых вариантов SARS-CoV-2 менее предсказуемо, чем у гриппа. Грипп является сезонным в странах с умеренным климатом, а SARS-COV-2 циркулирует круглый год.
• Варианты SARS-COV-2 часто охватывают разные страны менее равномерно, чем варианты гриппа.
• До сих пор непонятно, нужно ли ревакцинировать людей раз в полгода, год или реже, чтобы сильно снизить вероятность тяжёлой COVID-19.
• Добавление уханьского SARS-CoV-2 в обновлённую вакцину от омикрона (BA.4/5) может немного уменьшать её эффективность против омикрона. Виной тому, скорее всего, антигенный импринтинг, о котором я писал ранее. В то же время многие вакцины от гриппа созданы на основе 4 штаммов вируса, и это улучшает её эффективность.

6. Ревакцинация инактивированной вакциной ослабляет антитела против омикрона, особенно у людей старше 50 лет.

• В одном исследовании сравнивали иммунный ответ на омикрон BА.2 у привитых двумя и тремя дозами инактивированной вакцины. У привитых тремя дозами была выше реакция нейтрализующих антител на уханьский SARS-СoV-2, но ниже реакция на омикрон, по сравнению с привитыми двумя дозами инактивированной вакцины. Вероятнее всего, причина тому — иммунный импринтинг, про который я писал ранее. Как замечают авторы, клинические симптомы при COVID-19 были примерно сопоставимы у вакцинированных двумя и тремя дозами. Иначе говоря, мы видим иммунный импринтинг, но не видим, чтобы это ощутимо влияло на тяжесть болезни.

• Во втором исследовании сравнивали иммунный ответ у молодых и пожилых, которые сперва были привиты двумя дозами инактивированной вакцины, а затем ревакцинированы инактивированной CoronaVac, или векторной AstraZeneca, или вакциной на основе мРНК Pfizer. У ревакцинированных инактивированной вакциной как общий титр антител IgG к S-белку или RBD, так и титр нейтрализующих антител к омикрону были значительно ниже, чем у ревакцинированных вакцинами на основе вектора или мРНК. Особенно эффект затрагивал людей старше 50 лет. Вероятно, для ревакцинации против омикрона лучше использовать не инактивированные, а вакцины на основе вектора (Sputnik V, AstraZeneca и др.) или мРНК (Moderna, Pfizer).

За последние 11 дней (с 18 февраля) не было ни одного доната. Такая работа требует много времени для чтения и разбора большого объёма данных, поэтому ваша поддержка особенно важна для продолжения ведения этой рубрики: 5536 9138 3126 6560

Может ли крупнейшая в истории Европы вспышка птичьего гриппа перерасти в новую пандемию?

Что произошло?

Вспышка среди птиц. Сейчас мы наблюдаем сильнейшую вспышку птичьего гриппа (H5N1 из клады 2.3.4.4b) за всю историю наблюдений в Европе и Северной Америке. С начала 2022 года более 100 млн домашних птиц в Европе и Северной Америке умерли от птичьего гриппа или были убиты при попытке остановить распространение вируса. Теперь каждый месяц на фермах в различных странах происходят десятки вспышек вируса. Кроме того, птичий грипп был обнаружен у диких птиц: уток, гусей, чаек, пеликанов, лебедей, ворон, сов, орлов и других видов.

Вспышка среди млекопитающих. Птичий грипп начал распространяться не только среди птиц, но и среди млекопитающих. В первую очередь среди норок и тюленей, вызывая их массовую гибель. Причем есть вероятность, что норки и тюлени заражаются не только от птиц, но и передают вирус друг другу. Заражение птичьим гриппом также было подтверждено у барсуков, чёрных медведей, рысей, койотов, дельфинов, хорьков, лис, леопардов, опоссумов, выдр, свиней, хорьков, морских свиней, енотов, енотовидных собак и скунсов. Скорее всего, в большинстве случаев млекопитающие заражались вирусом поедая мертвых или больных птиц.

Заражение людей. Недавно умерла 11-летняя девочка в Камбодже, заражённая гриппом H5N1. Она была доставлена в больницу с тяжёлой пневмонией 21 февраля 2023 года, а через день умерла. Девочка заразилась штаммом H5N1 (из «старой» клады 2.3.2.1c), который уже заражал людей в стране в 2013 и 2014 годах. Это вовсе не тот штамм вируса (из «новой» клады 2.3.4.4b), который сейчас вызывает массовые вспышки среди птиц и млекопитающих. Но есть основания для настороженности: за последние 9 лет эта девочка была первым человеком в стране, у кого был обнаружен птичий грипп. Из 12 близких контактов заражённой положительный результат был только у её 49-летнего отца, причем у него обнаружена низкая вирусная нагрузка. Текущая летальность при заражении человека H5N1 примерно 50%, то есть умирает где-то каждый второй зарегистрированный заражённый.

Немного про хронологию, дабы дать небольшое представление о том, быстро ли развивается вирус. Впервые птичий грипп обнаружен в 1996 году у водоплавающих птиц в Китае. В октябре 2020 года произошла вспышка в Нидерландах того самого «нового» штамма птичьего гриппа, её итог: более 58 млн птиц в Европе погибли от вируса или были убиты. В декабре 2021 года «новый» штамм птичьего гриппа прибыл в Северную Америку, итог: около 60 млн птиц умерли от вируса или были убиты.

Может ли птичий грипп вызвать пандемию среди людей? Увеличение количества носителей (различных видов птиц и млекопитающих) создаёт возможность для многочисленных мутаций вируса. Поэтому не стоит исключать, что вирус птичьего гриппа может приспособиться заражать людей, например, эффективно взаимодействуя с клетками верхних дыхательных путей человека. Ожидается, что в такое случае его летальность должна снизиться. За последние 20 лет было зарегистрировано менее 900 случаев заражения человека птичьим гриппом. Большинство зараженных не передавали вирус другим людям. Но есть несколько случаев, где есть подозрение на передачу птичьего гриппа между людьми. За декабрь 2022 года H5N1 из клады 2.3.4.4b заразилось 6 людей, 1 случай закончился летальным исходом.

Что если птичий грипп вызовет вспышку среди людей? Пока нет данных, что птичий грипп обрёл способность легко распространяться среди людей. А если H5N1 все же обрёл или обретёт такую способность, то у нас уже имеются одобренные вакцины против птичьего гриппа. Однако запас вакцин не сильно велик, его хватит в случае вспышки вируса, но не хватит для иммунизации населения Земли.

Источники:
1. https://www.nature.com/articles/d41586-023-00585-1 (28.02.23)
2. https://www.nature.com/articles/d41586-023-00591-3 (01.03.23)
3. https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2801499 (08.02.23)
4. https://www.bmj.com/content/380/bmj.p510 (02.03.23)

Поблагодарить: 5536 9138 3126 6560