Ленинградская военно-морская база создана Приказом по флоту Балтийского моря от 15 марта 1919 года № 117. Тогда Морские силы Петрограда были преобразованы в Петроградскую морскую базу. Её первым начальником 29 марта того же года был назначен военный моряк Александр Николаевич Сполатбог. На базу возлагалась ответственность за дислокацию кораблей и судов, а также за принятие мер по обороне города с морских направлений.

Во время Великой Отечественной войны на разных участках Ленинградского фронта сражались около 100 тысяч военных моряков. Корабли и катера Ленинградской ВМБ участвовали в десантных операциях в районах Стрельны, Петергофа, на Ладожском озере, в Выборгском и Нарвском заливах.

Основной задачей военно-морской базы в послевоенный период стала подготовка экипажей и ввод в строй новых кораблей, поступающих на вооружение ВМФ.

Сегодня в состав Ленинградской военно-морской базы входят корабельные соединения, учебные подразделения и воинские части, расположенные на территории Санкт-Петербурга и Ленинградской области.