Ну до этого сообщения всё равно никто не доберётся, да?
Да и незачем. Всё, что тут можно рассказать: это очередной канал про ковид, и на первый взгляд кажется безрассудством создавать такой канал к концу второго года эпидемии. Но к сожалению, ковид навсегда с нами, а эпидемия ещё надолго, а раз уж я в этом варюсь — почему бы и не поделиться.
Кто я? Александр Драган, «аналитик открытых данных», как меня называют в СМИ. С марта 2020 года слежу за тем, что происходит с ковидом и как протекает эпидемия в России и в других странах, и много работаю с данными.
Я разработал и популяризовал метод анализа эпидемии на основе поисковых запросов и написал какое-то количество текстов про эпидемию (наверняка вы видели мой алармистский текст про третью волну в России), про вакцинацию и про всё сопутствующее.
Пишу для СМИ, даю комментарии и интервью, иногда выступаю — в стримах, на радио, на телеканалах.
В этом канале будет всё вперемешку: большие тексты и маленькие, какие-то графики, заметки на бегу и мысли вслух, предварительные выводы и всё, что я нахожу интересным. Не обещаю, что будет интересно и вам — но я постараюсь.
P.S. Если кто-то всё-таки сюда долистал и прочитал это — ну что делать, пишите мне (@innersun), пришлю вам открытку.
Да и незачем. Всё, что тут можно рассказать: это очередной канал про ковид, и на первый взгляд кажется безрассудством создавать такой канал к концу второго года эпидемии. Но к сожалению, ковид навсегда с нами, а эпидемия ещё надолго, а раз уж я в этом варюсь — почему бы и не поделиться.
Кто я? Александр Драган, «аналитик открытых данных», как меня называют в СМИ. С марта 2020 года слежу за тем, что происходит с ковидом и как протекает эпидемия в России и в других странах, и много работаю с данными.
Я разработал и популяризовал метод анализа эпидемии на основе поисковых запросов и написал какое-то количество текстов про эпидемию (наверняка вы видели мой алармистский текст про третью волну в России), про вакцинацию и про всё сопутствующее.
Пишу для СМИ, даю комментарии и интервью, иногда выступаю — в стримах, на радио, на телеканалах.
В этом канале будет всё вперемешку: большие тексты и маленькие, какие-то графики, заметки на бегу и мысли вслух, предварительные выводы и всё, что я нахожу интересным. Не обещаю, что будет интересно и вам — но я постараюсь.
P.S. Если кто-то всё-таки сюда долистал и прочитал это — ну что делать, пишите мне (@innersun), пришлю вам открытку.
Два стрима в чате проекта V1V2 — о четвёртой волне в России, текущей ситуации, тенденциях и перспективах:
Александр Драган. Четвёртая волна.
Так всё-таки делать прививку от SARS-CoV-2 или нет? Чат СОМнений
23.10.21 Часть первая.
Александр Драган, аналитик открытых данных
Четвёртая волна эпидемии в России.
📍Особенности четвёртой волны, ее хронология, течение и предварительные итоги.
📍Ситуация в столицах и регионах, перспективы.
📍Что происходит в Белгородской области?
📍Общий контекст и место России на текущем этапе эпидемии.
by @alena_AZUI
Александр Драган, аналитик открытых данных
Четвёртая волна эпидемии в России.
📍Особенности четвёртой волны, ее хронология, течение и предварительные итоги.
📍Ситуация в столицах и регионах, перспективы.
📍Что происходит в Белгородской области?
📍Общий контекст и место России на текущем этапе эпидемии.
by @alena_AZUI
Четвертая волна эпидемии. А.Драган. Ч.2.
Так всё-таки делать прививку от SARS-CoV-2 или нет? Чат СОМнений
13 ноября 2021
Александр Драган, аналитик открытых данных
Четвёртая волна эпидемии в России.
Часть 2я.
📍Прошли ли мы пик? Где мы сейчас, и чего ждать дальше?
📍Столицы и регионы. Что происходит с эпидемией прямо сейчас: кто отгорел, кто ещё полыхает, кто продолжает идти на подъём?
📍«Нерабочие дни»: был ли от них эффект? Почему Москва не стала их продлевать: стабилизация мнимая или настоящая?
by @alena_AZUI
Александр Драган, аналитик открытых данных
Четвёртая волна эпидемии в России.
Часть 2я.
📍Прошли ли мы пик? Где мы сейчас, и чего ждать дальше?
📍Столицы и регионы. Что происходит с эпидемией прямо сейчас: кто отгорел, кто ещё полыхает, кто продолжает идти на подъём?
📍«Нерабочие дни»: был ли от них эффект? Почему Москва не стала их продлевать: стабилизация мнимая или настоящая?
by @alena_AZUI
Forwarded from ТВДП - дайджест
Обещанные базы и источники
1. Гитхаб Дмитрия Кобака: https://github.com/dkobak/excess-mortality
2. Гитхаб Алексея Куприянова с данными по Петербургу: https://github.com/alexei-kouprianov/COVID-19.SPb.monitoring
3. Его же Гитхаб с данными по РФ: https://github.com/alexei-kouprianov/COVID.2019.ru
4. Дашборд Михаила Зеленского с данными по госпитализациями и ИВЛ: https://datalens.yandex/itvip8ty2nuab?tab=bQ
5. Дашборд Зеленского с учётом избыточной смертности (с финальными данными на основе Д. Кобака): https://flo.uri.sh/visualisation/7814865/embed
6. Динамика госпитализаций по Москве: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1RhjQ-yFwgZGEGTibZTO4d9Yv7dfV20G7f0sQC-MgWUw/edit?usp=sharing
7. Полный свод данных по Новосибирской области от Алексея Мазура: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1z19xEuqon3uZYRjaCQq4Zo87LJpgwcfBzCeW1Xi9Fqc/edit?usp=sharing
У меня есть также наборы данных по госпитализациям в разных регионах (но не совсем полные), в отдельную открытую таблицу не выгружал, если кому понадобятся — пишите.
8. Группа Watching COVID: https://www.facebook.com/groups/watchingcovid2019.ru
9. Группа про ковид в Украине: https://www.facebook.com/groups/coronavirus.in.ukraine
10. Дашборд Яндекса по ковидным поисковым запросам: https://datalens.yandex/7o7is1q6ikh23?tab=61P
11. Яндекс Вордстат (для самостоятельной выгрузки + оценки данных, для массового парсинга сразу кучи запросов можно использовать либо платную тулзу Key Collector, либо его бесплатный аналог Словоеб): https://wordstat.yandex.ru/
12. Широкий пул ковид-специфичных поисковых запросов, с которыми можно работать: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1FRI1yu4fjRjB5F7XBbxXwajdPmA8YSTOU5c6Rc2r2BM/edit?usp=sharing
13. С GISAID всё понятно: https://www.gisaid.org/ а вот и Outbreak: https://outbreak.info/location-reports?loc=RUS
14. Фейсбук Димы Прусса: https://www.facebook.com/dmitry.pruss
15. И мой Фейсбук, добавляйтесь, кто ещё не :) https://www.facebook.com/alexx.dragan/ Если руки дойдут, скоро будут посты про беременных (с ними в дельту совсем всё грустно стало), про детей, про кислород и пр.
Александр Драган
1. Гитхаб Дмитрия Кобака: https://github.com/dkobak/excess-mortality
2. Гитхаб Алексея Куприянова с данными по Петербургу: https://github.com/alexei-kouprianov/COVID-19.SPb.monitoring
3. Его же Гитхаб с данными по РФ: https://github.com/alexei-kouprianov/COVID.2019.ru
4. Дашборд Михаила Зеленского с данными по госпитализациями и ИВЛ: https://datalens.yandex/itvip8ty2nuab?tab=bQ
5. Дашборд Зеленского с учётом избыточной смертности (с финальными данными на основе Д. Кобака): https://flo.uri.sh/visualisation/7814865/embed
6. Динамика госпитализаций по Москве: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1RhjQ-yFwgZGEGTibZTO4d9Yv7dfV20G7f0sQC-MgWUw/edit?usp=sharing
7. Полный свод данных по Новосибирской области от Алексея Мазура: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1z19xEuqon3uZYRjaCQq4Zo87LJpgwcfBzCeW1Xi9Fqc/edit?usp=sharing
У меня есть также наборы данных по госпитализациям в разных регионах (но не совсем полные), в отдельную открытую таблицу не выгружал, если кому понадобятся — пишите.
8. Группа Watching COVID: https://www.facebook.com/groups/watchingcovid2019.ru
9. Группа про ковид в Украине: https://www.facebook.com/groups/coronavirus.in.ukraine
10. Дашборд Яндекса по ковидным поисковым запросам: https://datalens.yandex/7o7is1q6ikh23?tab=61P
11. Яндекс Вордстат (для самостоятельной выгрузки + оценки данных, для массового парсинга сразу кучи запросов можно использовать либо платную тулзу Key Collector, либо его бесплатный аналог Словоеб): https://wordstat.yandex.ru/
12. Широкий пул ковид-специфичных поисковых запросов, с которыми можно работать: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1FRI1yu4fjRjB5F7XBbxXwajdPmA8YSTOU5c6Rc2r2BM/edit?usp=sharing
13. С GISAID всё понятно: https://www.gisaid.org/ а вот и Outbreak: https://outbreak.info/location-reports?loc=RUS
14. Фейсбук Димы Прусса: https://www.facebook.com/dmitry.pruss
15. И мой Фейсбук, добавляйтесь, кто ещё не :) https://www.facebook.com/alexx.dragan/ Если руки дойдут, скоро будут посты про беременных (с ними в дельту совсем всё грустно стало), про детей, про кислород и пр.
Александр Драган
GitHub
GitHub - dkobak/excess-mortality: Excess mortality during COVID-19 pandemic
Excess mortality during COVID-19 pandemic. Contribute to dkobak/excess-mortality development by creating an account on GitHub.
Новости штаммобесия
Свежие новости про AY.4.2 — новый подвариант дельты, который прошумел месяц назад. Вышел свежий отчёт британцев, который подтвердил: AY.4.2 более заразен, чем родительский вариант, и распространяется быстрее.
Что обнаружили:
• Рост AY.4.2 идёт во всех регионах Англии
• Он лучше распространяется внутри семей, риск внутрисемейной передачи выше
• У него чуть выше secondary attack rate
• Вариант набирает по 1−2% распространённости в неделю и постепенно вытесняет другие варианты (в том числе доминирующий родительский)
• Кроме того, растёт распространение AY.4.2 среди тех, кто прибывает в Великобританию — вариант распространяется также и в других странах
Из хороших новостей: признаков того, что этот вариант лучше ускользает от иммунитета, чем родительский, нет. Утяжеления болезни и роста летальности пока также нет. Эффективность вакцин по сравнению с родительской дельтой не поменялась.
Из плохих: эволюция продолжает мчаться, и AY.4.2 — не последний сюрприз. Отсутствие большего иммунного ускользания радует, но, вероятно, это ненадолго, а даже рост заразности на 10−15% повышает R0 с 6−9, рассчитанных для дельты, до 6,5−10,5. Это не такой крутой скачок, какой произошёл при смене альфы на дельту, но рост неприятный.
Свежие новости про AY.4.2 — новый подвариант дельты, который прошумел месяц назад. Вышел свежий отчёт британцев, который подтвердил: AY.4.2 более заразен, чем родительский вариант, и распространяется быстрее.
Что обнаружили:
• Рост AY.4.2 идёт во всех регионах Англии
• Он лучше распространяется внутри семей, риск внутрисемейной передачи выше
• У него чуть выше secondary attack rate
• Вариант набирает по 1−2% распространённости в неделю и постепенно вытесняет другие варианты (в том числе доминирующий родительский)
• Кроме того, растёт распространение AY.4.2 среди тех, кто прибывает в Великобританию — вариант распространяется также и в других странах
Из хороших новостей: признаков того, что этот вариант лучше ускользает от иммунитета, чем родительский, нет. Утяжеления болезни и роста летальности пока также нет. Эффективность вакцин по сравнению с родительской дельтой не поменялась.
Из плохих: эволюция продолжает мчаться, и AY.4.2 — не последний сюрприз. Отсутствие большего иммунного ускользания радует, но, вероятно, это ненадолго, а даже рост заразности на 10−15% повышает R0 с 6−9, рассчитанных для дельты, до 6,5−10,5. Это не такой крутой скачок, какой произошёл при смене альфы на дельту, но рост неприятный.
Ещё про штаммобесие — увлекательный тред от профессора Тревора Бедфорда, специалиста по биостатистике и эпидемиологии.
Основные тезисы:
• За последний год мы наблюдали рост трансмиссивности вируса в ~2,2 раза
• Самая важная для вируса область с точки зрения эволюции — это субъединица S1 шиповидного белка (именно там находится RBD-домен, который помогает вирусу связаться с рецептором ACE2 и проникнуть в клетку), и все эволюционно успешные варианты обязаны своему успеху именно мутациям в S1
• Наиболее активное накопление мутаций в S1 происходило с марта по октябрь 2020. После этого начинается замедление и некоторый застой
• Именно в октябре 2020 впервые возникает дельта. Чтобы вытеснить остальные варианты и начать глобально доминировать, дельте потребовалось 9 месяцев экспоненциального роста
• С июля 2021, когда дельта становится доминирующим вариантом, накопление мутаций S1 в популяции практически прекращается
Ключевой вывод: эволюция вируса сильно замедлилась — как минимум в субъединице S1. Но оснований считать, что коронавирус исчерпал свой эволюционный потенциал, нет: дальше, вероятнее всего, мы будем наблюдать движение в сторону иммунного ускользания — и будет возникать всё больше вариантов, способных уходить от иммунитета. Как и ожидалось.
Основные тезисы:
• За последний год мы наблюдали рост трансмиссивности вируса в ~2,2 раза
• Самая важная для вируса область с точки зрения эволюции — это субъединица S1 шиповидного белка (именно там находится RBD-домен, который помогает вирусу связаться с рецептором ACE2 и проникнуть в клетку), и все эволюционно успешные варианты обязаны своему успеху именно мутациям в S1
• Наиболее активное накопление мутаций в S1 происходило с марта по октябрь 2020. После этого начинается замедление и некоторый застой
• Именно в октябре 2020 впервые возникает дельта. Чтобы вытеснить остальные варианты и начать глобально доминировать, дельте потребовалось 9 месяцев экспоненциального роста
• С июля 2021, когда дельта становится доминирующим вариантом, накопление мутаций S1 в популяции практически прекращается
Ключевой вывод: эволюция вируса сильно замедлилась — как минимум в субъединице S1. Но оснований считать, что коронавирус исчерпал свой эволюционный потенциал, нет: дальше, вероятнее всего, мы будем наблюдать движение в сторону иммунного ускользания — и будет возникать всё больше вариантов, способных уходить от иммунитета. Как и ожидалось.
А что с AY.4.2 в России? Он уже здесь, причём как минимум два месяца. Первый предположительный случай обнаружен ещё 20 октября у 69-летнего пациента из Твери, образец взят ещё 23 сентября. В конце октября Роспотребнадзор также подтвердил первые случаи AY.4.2 — три в Москве с областью, ещё два — в Татарстане.
Качество секвенирования в России низкое, а образцов загружается совсем мало, поэтому делать выводы о том, как распространяется этот вариант, рано. Пока в тех регионах, где AY.4.2 обнаруживается, его доля низка — не более 5%, и даже при тех же темпах роста, какие были в Великобритании, и за три месяца AY.4.2 дельту не вытеснит.
Как отмечает генетик Дима Прусс, подавляющее большинство геномов, которые поступают из России, приходятся не на AY.4.2, а на «русскую дельту» — вариант без собственного наименования в системе Pango, вариант с двумя характерными мутациями, который попал в Россию ещё в апреле, и с тех пор доминирует.
Качество секвенирования в России низкое, а образцов загружается совсем мало, поэтому делать выводы о том, как распространяется этот вариант, рано. Пока в тех регионах, где AY.4.2 обнаруживается, его доля низка — не более 5%, и даже при тех же темпах роста, какие были в Великобритании, и за три месяца AY.4.2 дельту не вытеснит.
Как отмечает генетик Дима Прусс, подавляющее большинство геномов, которые поступают из России, приходятся не на AY.4.2, а на «русскую дельту» — вариант без собственного наименования в системе Pango, вариант с двумя характерными мутациями, который попал в Россию ещё в апреле, и с тех пор доминирует.