Forwarded from ТВДП - дайджест
Обещанные базы и источники
1. Гитхаб Дмитрия Кобака: https://github.com/dkobak/excess-mortality
2. Гитхаб Алексея Куприянова с данными по Петербургу: https://github.com/alexei-kouprianov/COVID-19.SPb.monitoring
3. Его же Гитхаб с данными по РФ: https://github.com/alexei-kouprianov/COVID.2019.ru
4. Дашборд Михаила Зеленского с данными по госпитализациями и ИВЛ: https://datalens.yandex/itvip8ty2nuab?tab=bQ
5. Дашборд Зеленского с учётом избыточной смертности (с финальными данными на основе Д. Кобака): https://flo.uri.sh/visualisation/7814865/embed
6. Динамика госпитализаций по Москве: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1RhjQ-yFwgZGEGTibZTO4d9Yv7dfV20G7f0sQC-MgWUw/edit?usp=sharing
7. Полный свод данных по Новосибирской области от Алексея Мазура: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1z19xEuqon3uZYRjaCQq4Zo87LJpgwcfBzCeW1Xi9Fqc/edit?usp=sharing
У меня есть также наборы данных по госпитализациям в разных регионах (но не совсем полные), в отдельную открытую таблицу не выгружал, если кому понадобятся — пишите.
8. Группа Watching COVID: https://www.facebook.com/groups/watchingcovid2019.ru
9. Группа про ковид в Украине: https://www.facebook.com/groups/coronavirus.in.ukraine
10. Дашборд Яндекса по ковидным поисковым запросам: https://datalens.yandex/7o7is1q6ikh23?tab=61P
11. Яндекс Вордстат (для самостоятельной выгрузки + оценки данных, для массового парсинга сразу кучи запросов можно использовать либо платную тулзу Key Collector, либо его бесплатный аналог Словоеб): https://wordstat.yandex.ru/
12. Широкий пул ковид-специфичных поисковых запросов, с которыми можно работать: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1FRI1yu4fjRjB5F7XBbxXwajdPmA8YSTOU5c6Rc2r2BM/edit?usp=sharing
13. С GISAID всё понятно: https://www.gisaid.org/ а вот и Outbreak: https://outbreak.info/location-reports?loc=RUS
14. Фейсбук Димы Прусса: https://www.facebook.com/dmitry.pruss
15. И мой Фейсбук, добавляйтесь, кто ещё не :) https://www.facebook.com/alexx.dragan/ Если руки дойдут, скоро будут посты про беременных (с ними в дельту совсем всё грустно стало), про детей, про кислород и пр.
Александр Драган
1. Гитхаб Дмитрия Кобака: https://github.com/dkobak/excess-mortality
2. Гитхаб Алексея Куприянова с данными по Петербургу: https://github.com/alexei-kouprianov/COVID-19.SPb.monitoring
3. Его же Гитхаб с данными по РФ: https://github.com/alexei-kouprianov/COVID.2019.ru
4. Дашборд Михаила Зеленского с данными по госпитализациями и ИВЛ: https://datalens.yandex/itvip8ty2nuab?tab=bQ
5. Дашборд Зеленского с учётом избыточной смертности (с финальными данными на основе Д. Кобака): https://flo.uri.sh/visualisation/7814865/embed
6. Динамика госпитализаций по Москве: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1RhjQ-yFwgZGEGTibZTO4d9Yv7dfV20G7f0sQC-MgWUw/edit?usp=sharing
7. Полный свод данных по Новосибирской области от Алексея Мазура: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1z19xEuqon3uZYRjaCQq4Zo87LJpgwcfBzCeW1Xi9Fqc/edit?usp=sharing
У меня есть также наборы данных по госпитализациям в разных регионах (но не совсем полные), в отдельную открытую таблицу не выгружал, если кому понадобятся — пишите.
8. Группа Watching COVID: https://www.facebook.com/groups/watchingcovid2019.ru
9. Группа про ковид в Украине: https://www.facebook.com/groups/coronavirus.in.ukraine
10. Дашборд Яндекса по ковидным поисковым запросам: https://datalens.yandex/7o7is1q6ikh23?tab=61P
11. Яндекс Вордстат (для самостоятельной выгрузки + оценки данных, для массового парсинга сразу кучи запросов можно использовать либо платную тулзу Key Collector, либо его бесплатный аналог Словоеб): https://wordstat.yandex.ru/
12. Широкий пул ковид-специфичных поисковых запросов, с которыми можно работать: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1FRI1yu4fjRjB5F7XBbxXwajdPmA8YSTOU5c6Rc2r2BM/edit?usp=sharing
13. С GISAID всё понятно: https://www.gisaid.org/ а вот и Outbreak: https://outbreak.info/location-reports?loc=RUS
14. Фейсбук Димы Прусса: https://www.facebook.com/dmitry.pruss
15. И мой Фейсбук, добавляйтесь, кто ещё не :) https://www.facebook.com/alexx.dragan/ Если руки дойдут, скоро будут посты про беременных (с ними в дельту совсем всё грустно стало), про детей, про кислород и пр.
Александр Драган
GitHub
GitHub - dkobak/excess-mortality: Excess mortality during COVID-19 pandemic
Excess mortality during COVID-19 pandemic. Contribute to dkobak/excess-mortality development by creating an account on GitHub.
Новости штаммобесия
Свежие новости про AY.4.2 — новый подвариант дельты, который прошумел месяц назад. Вышел свежий отчёт британцев, который подтвердил: AY.4.2 более заразен, чем родительский вариант, и распространяется быстрее.
Что обнаружили:
• Рост AY.4.2 идёт во всех регионах Англии
• Он лучше распространяется внутри семей, риск внутрисемейной передачи выше
• У него чуть выше secondary attack rate
• Вариант набирает по 1−2% распространённости в неделю и постепенно вытесняет другие варианты (в том числе доминирующий родительский)
• Кроме того, растёт распространение AY.4.2 среди тех, кто прибывает в Великобританию — вариант распространяется также и в других странах
Из хороших новостей: признаков того, что этот вариант лучше ускользает от иммунитета, чем родительский, нет. Утяжеления болезни и роста летальности пока также нет. Эффективность вакцин по сравнению с родительской дельтой не поменялась.
Из плохих: эволюция продолжает мчаться, и AY.4.2 — не последний сюрприз. Отсутствие большего иммунного ускользания радует, но, вероятно, это ненадолго, а даже рост заразности на 10−15% повышает R0 с 6−9, рассчитанных для дельты, до 6,5−10,5. Это не такой крутой скачок, какой произошёл при смене альфы на дельту, но рост неприятный.
Свежие новости про AY.4.2 — новый подвариант дельты, который прошумел месяц назад. Вышел свежий отчёт британцев, который подтвердил: AY.4.2 более заразен, чем родительский вариант, и распространяется быстрее.
Что обнаружили:
• Рост AY.4.2 идёт во всех регионах Англии
• Он лучше распространяется внутри семей, риск внутрисемейной передачи выше
• У него чуть выше secondary attack rate
• Вариант набирает по 1−2% распространённости в неделю и постепенно вытесняет другие варианты (в том числе доминирующий родительский)
• Кроме того, растёт распространение AY.4.2 среди тех, кто прибывает в Великобританию — вариант распространяется также и в других странах
Из хороших новостей: признаков того, что этот вариант лучше ускользает от иммунитета, чем родительский, нет. Утяжеления болезни и роста летальности пока также нет. Эффективность вакцин по сравнению с родительской дельтой не поменялась.
Из плохих: эволюция продолжает мчаться, и AY.4.2 — не последний сюрприз. Отсутствие большего иммунного ускользания радует, но, вероятно, это ненадолго, а даже рост заразности на 10−15% повышает R0 с 6−9, рассчитанных для дельты, до 6,5−10,5. Это не такой крутой скачок, какой произошёл при смене альфы на дельту, но рост неприятный.
Ещё про штаммобесие — увлекательный тред от профессора Тревора Бедфорда, специалиста по биостатистике и эпидемиологии.
Основные тезисы:
• За последний год мы наблюдали рост трансмиссивности вируса в ~2,2 раза
• Самая важная для вируса область с точки зрения эволюции — это субъединица S1 шиповидного белка (именно там находится RBD-домен, который помогает вирусу связаться с рецептором ACE2 и проникнуть в клетку), и все эволюционно успешные варианты обязаны своему успеху именно мутациям в S1
• Наиболее активное накопление мутаций в S1 происходило с марта по октябрь 2020. После этого начинается замедление и некоторый застой
• Именно в октябре 2020 впервые возникает дельта. Чтобы вытеснить остальные варианты и начать глобально доминировать, дельте потребовалось 9 месяцев экспоненциального роста
• С июля 2021, когда дельта становится доминирующим вариантом, накопление мутаций S1 в популяции практически прекращается
Ключевой вывод: эволюция вируса сильно замедлилась — как минимум в субъединице S1. Но оснований считать, что коронавирус исчерпал свой эволюционный потенциал, нет: дальше, вероятнее всего, мы будем наблюдать движение в сторону иммунного ускользания — и будет возникать всё больше вариантов, способных уходить от иммунитета. Как и ожидалось.
Основные тезисы:
• За последний год мы наблюдали рост трансмиссивности вируса в ~2,2 раза
• Самая важная для вируса область с точки зрения эволюции — это субъединица S1 шиповидного белка (именно там находится RBD-домен, который помогает вирусу связаться с рецептором ACE2 и проникнуть в клетку), и все эволюционно успешные варианты обязаны своему успеху именно мутациям в S1
• Наиболее активное накопление мутаций в S1 происходило с марта по октябрь 2020. После этого начинается замедление и некоторый застой
• Именно в октябре 2020 впервые возникает дельта. Чтобы вытеснить остальные варианты и начать глобально доминировать, дельте потребовалось 9 месяцев экспоненциального роста
• С июля 2021, когда дельта становится доминирующим вариантом, накопление мутаций S1 в популяции практически прекращается
Ключевой вывод: эволюция вируса сильно замедлилась — как минимум в субъединице S1. Но оснований считать, что коронавирус исчерпал свой эволюционный потенциал, нет: дальше, вероятнее всего, мы будем наблюдать движение в сторону иммунного ускользания — и будет возникать всё больше вариантов, способных уходить от иммунитета. Как и ожидалось.
А что с AY.4.2 в России? Он уже здесь, причём как минимум два месяца. Первый предположительный случай обнаружен ещё 20 октября у 69-летнего пациента из Твери, образец взят ещё 23 сентября. В конце октября Роспотребнадзор также подтвердил первые случаи AY.4.2 — три в Москве с областью, ещё два — в Татарстане.
Качество секвенирования в России низкое, а образцов загружается совсем мало, поэтому делать выводы о том, как распространяется этот вариант, рано. Пока в тех регионах, где AY.4.2 обнаруживается, его доля низка — не более 5%, и даже при тех же темпах роста, какие были в Великобритании, и за три месяца AY.4.2 дельту не вытеснит.
Как отмечает генетик Дима Прусс, подавляющее большинство геномов, которые поступают из России, приходятся не на AY.4.2, а на «русскую дельту» — вариант без собственного наименования в системе Pango, вариант с двумя характерными мутациями, который попал в Россию ещё в апреле, и с тех пор доминирует.
Качество секвенирования в России низкое, а образцов загружается совсем мало, поэтому делать выводы о том, как распространяется этот вариант, рано. Пока в тех регионах, где AY.4.2 обнаруживается, его доля низка — не более 5%, и даже при тех же темпах роста, какие были в Великобритании, и за три месяца AY.4.2 дельту не вытеснит.
Как отмечает генетик Дима Прусс, подавляющее большинство геномов, которые поступают из России, приходятся не на AY.4.2, а на «русскую дельту» — вариант без собственного наименования в системе Pango, вариант с двумя характерными мутациями, который попал в Россию ещё в апреле, и с тех пор доминирует.
Тем временем Манаус передаёт привет: СМИ радостно разнесли благую весть о том, что «антитела к коронавирусу нашли у 83% петербуржцев».
И хотя это единственное вменяемое исследование серопревалентности в России, к нему есть вопросы. А поводов для оптимизма пока не особенно много.
• Как выясняется, антитела есть не у 83% петербуржцев, а у 83% взрослых жителей Петербурга. Дети в исследование не попали, каков процент серопозитивности среди них — неизвестно. Но вероятно, меньший: эти 83% учитывают и привитых, и переболевших. А это значит, что среди всех петербуржцев доля иммунного населения на самом деле ниже.
• По оценкам авторов, среди непривитых участников исследования переболело 78%. Вместе с привитыми выходит 83%. Всего в Петербурге привито 50% взрослого населения, среди них подавляющее большинство привито «Спутником». И это плохая новость: выходит, что множество привитых сильно пересекается с множеством переболевших.
• Из важного: доля людей с антителами среди привитых «Ковиваком» — 76%, среди привитых «Эпиваккороной» — 57%. Сравните с выборкой переболевших: там с антителами 78%. Среди привившихся «Спутником» с антителами — 99%. Это лишнее подтверждение крайне низкой иммуногенности двух других вакцин.
• Иммунитет со временем снижается, реинфекции в случае дельты — не редкость, прорывные инфекции среди привитых — тоже, а ревакцинация идёт медленно: так, на 6 ноября в Петербурге было ревакцинировано 18% от привитых более полугода назад.
• В исследовании также идёт речь о реинфекциях — авторы пишут, что это событие редкое, и их доля не превышает 3%. И здесь есть большая проблема: учитываются только повторные инфекции, подтверждённые ПЦР-тестом. И в этом случае 3% — это высокий показатель, если вспомнить наш уровень и качество тестирования: реально реинфекций в разы больше.
А что выходит, если пробовать оценить (очень грубо) долю переболевших, исходя из IFR?
И хотя это единственное вменяемое исследование серопревалентности в России, к нему есть вопросы. А поводов для оптимизма пока не особенно много.
• Как выясняется, антитела есть не у 83% петербуржцев, а у 83% взрослых жителей Петербурга. Дети в исследование не попали, каков процент серопозитивности среди них — неизвестно. Но вероятно, меньший: эти 83% учитывают и привитых, и переболевших. А это значит, что среди всех петербуржцев доля иммунного населения на самом деле ниже.
• По оценкам авторов, среди непривитых участников исследования переболело 78%. Вместе с привитыми выходит 83%. Всего в Петербурге привито 50% взрослого населения, среди них подавляющее большинство привито «Спутником». И это плохая новость: выходит, что множество привитых сильно пересекается с множеством переболевших.
• Из важного: доля людей с антителами среди привитых «Ковиваком» — 76%, среди привитых «Эпиваккороной» — 57%. Сравните с выборкой переболевших: там с антителами 78%. Среди привившихся «Спутником» с антителами — 99%. Это лишнее подтверждение крайне низкой иммуногенности двух других вакцин.
• Иммунитет со временем снижается, реинфекции в случае дельты — не редкость, прорывные инфекции среди привитых — тоже, а ревакцинация идёт медленно: так, на 6 ноября в Петербурге было ревакцинировано 18% от привитых более полугода назад.
• В исследовании также идёт речь о реинфекциях — авторы пишут, что это событие редкое, и их доля не превышает 3%. И здесь есть большая проблема: учитываются только повторные инфекции, подтверждённые ПЦР-тестом. И в этом случае 3% — это высокий показатель, если вспомнить наш уровень и качество тестирования: реально реинфекций в разы больше.
А что выходит, если пробовать оценить (очень грубо) долю переболевших, исходя из IFR?
На первый взгляд кажется, что оценки совпадают. На деле всё сложней.
В июле ЕУ также публиковал исследование с расчётами IFR для Петербурга. Все расчёты актуальны до прихода дельты, оценка IFR = 0,82% (что согласуется с ранними метаанализами, где медиана IFR составляла 0,68% — доверительный интервал от 0,53% до 0,82%).
На конец сентября избыточная смертность в Петербурге ~33 тыс. человек, при IFR 0,82% получаем 4 млн инфицированных за всё время эпидемии. Это 74% от официальной численности населения города в 5,4 млн, но здесь есть две проблемы.
1. В конце октября шла речь о том, что фактическая численность населения города — 7 млн человек.
2. Риск госпитализации при дельте выше, что было 1) неоднократно 2) показано. Так, по шотландским данным, вероятность попасть в больницу для дельты в 2 раза выше, чем для альфы. Недавнее канадское исследование также показало увеличение риска госпитализации вдвое, риска реанимации в 3,3 раза, риска смерти — в 2,3 раза. Об ухудшении течения для дельты говорит и сингапурское исследование.
Это значит, прежние оценки IFR уже не так актуальны — и для дельты IFR, вероятнее всего, заметно выше расчётных 0,82% для петербургской популяции. Дельта доминирует с июня, избыточная смертность за июнь-сентябрь — порядка 10,7 тыс. человек.
Так, оценка в ~4 млн инфицированных (74% населения города) опирается на три очень оптимистичные предпосылки:
• Население Петербурга совпадает с официальными 5,4 млн.
• IFR 0,82% до апреля 2021 рассчитан корректно.
• IFR дельты укладывается в те же границы.
Каждый из этих трёх пунктов — под большим вопросом. Равно как и исследование о 83% взрослых петербуржцев с антителами.
А что бывает, если поверить в наступивший коллективный иммунитет — мы уже не раз наблюдали, и самый яркий и наглядный пример — это Манаус.
Хотя примеров хватает и куда ближе — даже в России.
В июле ЕУ также публиковал исследование с расчётами IFR для Петербурга. Все расчёты актуальны до прихода дельты, оценка IFR = 0,82% (что согласуется с ранними метаанализами, где медиана IFR составляла 0,68% — доверительный интервал от 0,53% до 0,82%).
На конец сентября избыточная смертность в Петербурге ~33 тыс. человек, при IFR 0,82% получаем 4 млн инфицированных за всё время эпидемии. Это 74% от официальной численности населения города в 5,4 млн, но здесь есть две проблемы.
1. В конце октября шла речь о том, что фактическая численность населения города — 7 млн человек.
2. Риск госпитализации при дельте выше, что было 1) неоднократно 2) показано. Так, по шотландским данным, вероятность попасть в больницу для дельты в 2 раза выше, чем для альфы. Недавнее канадское исследование также показало увеличение риска госпитализации вдвое, риска реанимации в 3,3 раза, риска смерти — в 2,3 раза. Об ухудшении течения для дельты говорит и сингапурское исследование.
Это значит, прежние оценки IFR уже не так актуальны — и для дельты IFR, вероятнее всего, заметно выше расчётных 0,82% для петербургской популяции. Дельта доминирует с июня, избыточная смертность за июнь-сентябрь — порядка 10,7 тыс. человек.
Так, оценка в ~4 млн инфицированных (74% населения города) опирается на три очень оптимистичные предпосылки:
• Население Петербурга совпадает с официальными 5,4 млн.
• IFR 0,82% до апреля 2021 рассчитан корректно.
• IFR дельты укладывается в те же границы.
Каждый из этих трёх пунктов — под большим вопросом. Равно как и исследование о 83% взрослых петербуржцев с антителами.
А что бывает, если поверить в наступивший коллективный иммунитет — мы уже не раз наблюдали, и самый яркий и наглядный пример — это Манаус.
Хотя примеров хватает и куда ближе — даже в России.
Внезапно просвещённый интернет узнал, что сербский «Спутник» в России не котируется — и тех, кто его ставил в Сербии, Россия считает непривитыми. Это позорная история, но в ней нет ничего нового.
На деле со «Спутником» всё ещё интересней: проблема не в отдельно взятой Сербии. Задолго до сербских экспатов с тем же самым столкнулись и в Беларуси, и в Казахстане, и в Молдове — везде, где прививают «Спутником».
В Казахстане вакцинация началась девять месяцев назад — ещё 1 февраля, на сегодня около 80% использованных вакцин — это «Спутник» (а это более 6 млн человек). И в России он не котируется — и это затрагивает как казахстанцев, так и россиян, привившихся в Казахстане. И проблема возникла не вчера.
Беларусь начала прививочную кампанию ещё 29 декабря, а с конца февраля здесь началось совместное с Россией производство «Спутника». Однако те, кто прививается в Беларуси, оказываются в той же ситуации, что и казахстанцы: Россия белорусский «Спутник» не признаёт. Между тем, 75% используемых в Беларуси вакцин — это именно «Спутник» (а это почти 2 млн человек).
«Вообще-то я прошел вакцинацию хоть и за границей, но в самой дружественной стране. Вакцина практически российская: изготовлена в Беларуси, но это наш «Спутник V». На другую вакцину я бы просто не согласился», — это очень типичная история.
Впрочем, с российским «Спутником» есть свои проблемы — но сталкиваются с ними исключительно иностранцы.
Если иностранец ставил «Спутник» в России — это ему не даёт никаких прав и не освобождает от карантина по прилёте и сдачи ПЦР-теста.
С QR-кодами свои нюансы: получить код иностранцам рекомендуют на Госуслугах, но регистрация там доступна только иностранцам со СНИЛС, а с получением СНИЛС есть свои сложности. Тем, у кого нет СНИЛС, чиновники советуют показывать справку от медицинской организации, но на деле даже в пунктах вакцинации могут отказаться выдавать справку без СНИЛС. Впервые с этим иностранцы столкнулись ещё летом в Москве, когда впервые были введены QR-коды — но вскоре вопрос откатили, третья волна спала, коды отменили, а проблему так и не решили.
Что это значит на практике? Целую гору неудобств:
• 3-дневный карантин и отрицательный ПЦР при въезде
• Ограничение в правах внутри страны, а в скором времени, по-видимому, и в свободе передвижения по России
• Необходимость сдавать ПЦР-тесты каждые три дня
• Тем, кто прививался в других странах (даже «Спутником»), чтобы хоть как-то легализоваться, необходимо ревакцинироваться уже в России — но даже в этом случае получение QR-кода может обернуться серьёзным квестом
Это не просто мелкие неудобства, которые можно перетерпеть — это существенные дополнительные расходы, затраты времени и бесконечный бюрократический ад. И это прямо сейчас затрагивает миллионы людей — одних только мигрантов, по оценкам МВД, в стране сейчас 7 млн. Всего же за полгода Россию посещает ещё около 5−6 млн иностранцев.
И в том, что всё случилось именно так, нет никаких сюрпризов. Вопрос о легализации зарубежного «Спутника» встал ещё прошлой зимой — однако почти за год так ничего и не сдвинулось с места. А вопрос с QR-кодами для иностранцев впервые возник ещё в июне — и за полгода также никаких изменений.
И СМИ, и чиновники часто говорят о грядущем взаимном с Европой признании вакцин и ковид-паспортов — и, кажется, только это всех и волнует. Вопрос о признании сертификатов с ЕАЭС остаётся на периферии, об этом говорят мало и редко, и решение либо бесконечно «готовится», либо «прорабатывается», — либо звучат ни к чему не обязывающие призывы.
Особенно позорно непризнание Россией «Спутника» в свете того, что десятки других стран «Спутник» признают — и с ним можно попасть и в Венгрию, и в Грецию, и в Грузию, и в Турцию. И, конечно, в те самые Беларусь, Казахстан, Молдову, которые прививают не признанным в России «Спутником».
И если проблемы белорусских, казахстанских и молдавских граждан Россию не особенно волновали, то есть надежда, что сейчас, когда на ту же проблему обратила внимание страна ЕС, что-то да сдвинется с места — и окажется легализован хотя бы «Спутник», поставленный за пределами России.
На деле со «Спутником» всё ещё интересней: проблема не в отдельно взятой Сербии. Задолго до сербских экспатов с тем же самым столкнулись и в Беларуси, и в Казахстане, и в Молдове — везде, где прививают «Спутником».
В Казахстане вакцинация началась девять месяцев назад — ещё 1 февраля, на сегодня около 80% использованных вакцин — это «Спутник» (а это более 6 млн человек). И в России он не котируется — и это затрагивает как казахстанцев, так и россиян, привившихся в Казахстане. И проблема возникла не вчера.
Беларусь начала прививочную кампанию ещё 29 декабря, а с конца февраля здесь началось совместное с Россией производство «Спутника». Однако те, кто прививается в Беларуси, оказываются в той же ситуации, что и казахстанцы: Россия белорусский «Спутник» не признаёт. Между тем, 75% используемых в Беларуси вакцин — это именно «Спутник» (а это почти 2 млн человек).
«Вообще-то я прошел вакцинацию хоть и за границей, но в самой дружественной стране. Вакцина практически российская: изготовлена в Беларуси, но это наш «Спутник V». На другую вакцину я бы просто не согласился», — это очень типичная история.
Впрочем, с российским «Спутником» есть свои проблемы — но сталкиваются с ними исключительно иностранцы.
Если иностранец ставил «Спутник» в России — это ему не даёт никаких прав и не освобождает от карантина по прилёте и сдачи ПЦР-теста.
С QR-кодами свои нюансы: получить код иностранцам рекомендуют на Госуслугах, но регистрация там доступна только иностранцам со СНИЛС, а с получением СНИЛС есть свои сложности. Тем, у кого нет СНИЛС, чиновники советуют показывать справку от медицинской организации, но на деле даже в пунктах вакцинации могут отказаться выдавать справку без СНИЛС. Впервые с этим иностранцы столкнулись ещё летом в Москве, когда впервые были введены QR-коды — но вскоре вопрос откатили, третья волна спала, коды отменили, а проблему так и не решили.
Что это значит на практике? Целую гору неудобств:
• 3-дневный карантин и отрицательный ПЦР при въезде
• Ограничение в правах внутри страны, а в скором времени, по-видимому, и в свободе передвижения по России
• Необходимость сдавать ПЦР-тесты каждые три дня
• Тем, кто прививался в других странах (даже «Спутником»), чтобы хоть как-то легализоваться, необходимо ревакцинироваться уже в России — но даже в этом случае получение QR-кода может обернуться серьёзным квестом
Это не просто мелкие неудобства, которые можно перетерпеть — это существенные дополнительные расходы, затраты времени и бесконечный бюрократический ад. И это прямо сейчас затрагивает миллионы людей — одних только мигрантов, по оценкам МВД, в стране сейчас 7 млн. Всего же за полгода Россию посещает ещё около 5−6 млн иностранцев.
И в том, что всё случилось именно так, нет никаких сюрпризов. Вопрос о легализации зарубежного «Спутника» встал ещё прошлой зимой — однако почти за год так ничего и не сдвинулось с места. А вопрос с QR-кодами для иностранцев впервые возник ещё в июне — и за полгода также никаких изменений.
И СМИ, и чиновники часто говорят о грядущем взаимном с Европой признании вакцин и ковид-паспортов — и, кажется, только это всех и волнует. Вопрос о признании сертификатов с ЕАЭС остаётся на периферии, об этом говорят мало и редко, и решение либо бесконечно «готовится», либо «прорабатывается», — либо звучат ни к чему не обязывающие призывы.
Особенно позорно непризнание Россией «Спутника» в свете того, что десятки других стран «Спутник» признают — и с ним можно попасть и в Венгрию, и в Грецию, и в Грузию, и в Турцию. И, конечно, в те самые Беларусь, Казахстан, Молдову, которые прививают не признанным в России «Спутником».
И если проблемы белорусских, казахстанских и молдавских граждан Россию не особенно волновали, то есть надежда, что сейчас, когда на ту же проблему обратила внимание страна ЕС, что-то да сдвинется с места — и окажется легализован хотя бы «Спутник», поставленный за пределами России.
Посмотрите на график.
Здесь видны успехи Москвы в вакцинации главной группы риска — людей старше 60. Синяя линия — все пожилые москвичи (3 млн), зелёная — 80% пожилых (2,4 млн). Красная кривая — это ход прививочной кампании в Москве. И она напрочь провалена.
Так, сегодня Ракова заявила, что привито 1,15 млн пожилых. В октябре оперштаб говорил про 1 млн; это значит, что за день прививают в среднем по 4 тыс. пожилых — такими темпами даже к 80% мы будем идти 11 месяцев. Но дальше интересней: ещё в июле Собянин также говорил про 1 млн привитых пожилых, по-видимому, умалчивая, что речь только о первом компоненте.
Так или иначе, за 11 месяцев с начала вакцинации пожилых Москва привила всего 38%, и это провал.
И он будет стоить нам перегрузки больниц и тысяч жизней — именно пожилые обеспечивают основную нагрузку. Так было во вторую волну, так было в третью, так было и сейчас: 85% смертей от ковида приходится на 60+. Месяц назад, на пике, 60% всех коек занимали пожилые, как и 70% реанимационных коек, и 80% ИВЛ.
Здесь видны успехи Москвы в вакцинации главной группы риска — людей старше 60. Синяя линия — все пожилые москвичи (3 млн), зелёная — 80% пожилых (2,4 млн). Красная кривая — это ход прививочной кампании в Москве. И она напрочь провалена.
Так, сегодня Ракова заявила, что привито 1,15 млн пожилых. В октябре оперштаб говорил про 1 млн; это значит, что за день прививают в среднем по 4 тыс. пожилых — такими темпами даже к 80% мы будем идти 11 месяцев. Но дальше интересней: ещё в июле Собянин также говорил про 1 млн привитых пожилых, по-видимому, умалчивая, что речь только о первом компоненте.
Так или иначе, за 11 месяцев с начала вакцинации пожилых Москва привила всего 38%, и это провал.
И он будет стоить нам перегрузки больниц и тысяч жизней — именно пожилые обеспечивают основную нагрузку. Так было во вторую волну, так было в третью, так было и сейчас: 85% смертей от ковида приходится на 60+. Месяц назад, на пике, 60% всех коек занимали пожилые, как и 70% реанимационных коек, и 80% ИВЛ.
Может, вместо того, чтобы перепечатывать оптимистичные статьи о том, как коллективный иммунитет в Москве превысил 67%, и рассказывать, как резво снижается заболеваемость (быстрее всех в стране!), стоило бы задаться вопросом, как смягчить следующую вспышку? И как не допустить такой перегрузки больниц и реанимаций, с какой мы сталкиваемся с каждой новой волной?
Вакцинация пожилых провалена не только в Москве — это происходит в большинстве регионов. По России в целом привили не то «чуть больше половины» пожилых (по версии Мурашко), не то 44,7% (по версии Голиковой).
Данные, которые я собрал по 23 регионам, на которые приходится 38% населения РФ, показывают, что права, видимо, Голикова: в этих регионах суммарно привили 46% пожилых. Более 50-55% преодолели единичные регионы.
Но вместо того, чтобы сосредоточиться именно на вакцинации пожилых — главной группы риска, на которую приходится большинство госпитализаций и смертей от ковида, чиновники обязывают прививаться промышленников, сотрудников предприятий, работников сферы торговли и общепита, а где-то — и студентов, и вводят QR-коды и ограничения для непривитых, нацеленные в первую очередь на экономически активное население (как часто пожилые летают по стране?).
Заставить привиться студентов и сотрудников, которые боятся потерять своё рабочее место, несложно. Но возможно, внимание стоит направить в другую сторону?
Данные, которые я собрал по 23 регионам, на которые приходится 38% населения РФ, показывают, что права, видимо, Голикова: в этих регионах суммарно привили 46% пожилых. Более 50-55% преодолели единичные регионы.
Но вместо того, чтобы сосредоточиться именно на вакцинации пожилых — главной группы риска, на которую приходится большинство госпитализаций и смертей от ковида, чиновники обязывают прививаться промышленников, сотрудников предприятий, работников сферы торговли и общепита, а где-то — и студентов, и вводят QR-коды и ограничения для непривитых, нацеленные в первую очередь на экономически активное население (как часто пожилые летают по стране?).
Заставить привиться студентов и сотрудников, которые боятся потерять своё рабочее место, несложно. Но возможно, внимание стоит направить в другую сторону?
Коронавирусная статистика Татарстана и заявления местных чиновников — это мечта ковид-диссидента. Ковидом здесь не болеют, от ковида не умирают, а избыточная смертность, как здесь утверждают, происходит из-за паники, малоподвижного образа жизни, ожирения, да и просто от старости.
Так было с начала эпидемии. А недавно у оперштаба что-то сломалось — и Татарстан показал вертикальный взлёт: выявленные случаи выросли почти в 6 раз за месяц с копейками. Вместе с тем, все независимые показатели (400+ ковид-специфичных поисковых запросов и госпитализации) показывают, что на самом деле Татарстан прошёл пик четвёртой волны ещё до середины октября.
Разобрался, что на самом деле происходит в Татарстане — и как можно объяснить такой рост официальной статистики в то время, как реальная заболеваемость быстро снижается.
Так было с начала эпидемии. А недавно у оперштаба что-то сломалось — и Татарстан показал вертикальный взлёт: выявленные случаи выросли почти в 6 раз за месяц с копейками. Вместе с тем, все независимые показатели (400+ ковид-специфичных поисковых запросов и госпитализации) показывают, что на самом деле Татарстан прошёл пик четвёртой волны ещё до середины октября.
Разобрался, что на самом деле происходит в Татарстане — и как можно объяснить такой рост официальной статистики в то время, как реальная заболеваемость быстро снижается.
Telegraph
Рекорды Татарстана в четвёртую волну эпидемии (и почему они не имеют отношения к реальности)
В Татарстане чудеса. В Татарстане произошёл хлопок ковида. В Татарстане неожиданно стали болеть. Прошлые три волны Татарстан прошёл более чем достойно: при 4-миллионном населении здесь всего девять раз выявляли более 100 больных в сутки, а на протяжении полутора…
В Татарстане — QR-коды на общественном транспорте.
В ХМАО объявили строгий локдаун для непривитых.
В Хабаровском крае со следующей недели начинают действовать QR-коды для внутренних перелётов (пока внутри региона).
В Москве же QR-коды оставили только для театров, музеев и мероприятий более 500 человек.
В Ивановской области тем временем отменили QR-коды для посещения ТЦ.
А Чувашия готовится запустить региональные QR-коды для жителей с высоких титром антител.
Можно подумать, что эти регионы отличается заболеваемостью: где хуже обстановка — там и меры жёстче. Но на самом деле, это и близко не так.
Если оценить госпитализации и ковид-специфичные поисковые запросы в Яндексе (ниже), то видно:
• Что прямо сейчас во всех этих регионах заболеваемость снижается
• Все, кроме Хабаровского края, прошли пик ещё месяц назад
• Нет кардинальных отличий по доле ковидных запросов в разных регионах. И, например, в Ивановской области, которая ослабляет ограничения, доля запросов на четверть меньше, чем в ХМАО с локдауном для непривитых. К слову, уровень госпитализаций на 100 тыс. населения в Ивановской области на 42% выше, чем в ХМАО.
Проще говоря, зависимости между заболеваемостью и строгостью мер нет.
Если бы я верил в умный подход, то происходящее сейчас с QR-кодами в разных регионах назвал бы прекрасным A/B-тестом, где есть контрольная группа (это большинство регионов с общими правилами), а есть несколько тестовых. И эти тестовые группы — это пилотные регионы, которые пробуют принципиально разные подходы с QR-кодами.
Что в этом случае стоило бы оценить?
• Реакцию людей на эти меры и изменение общественных настроений
• Готовность инфраструктуры к конкретным мерам (и сложность её доработки)
• Влияние конкретных мер на темпы вакцинации
• Влияние конкретных мер на заболеваемость
На деле в такой подход я не верю. Это было бы слишком изящно и сложно — особенно если вспомнить, что все решения по ковиду давно децентрализованы (за редкими исключениями), федеральный центр самоустранился ещё в прошлом году, а вся ответственность за непопулярные решения лежит на главах регионов (а в скором времени эту ответственность спихнут на главных санитарных врачей, так что и губернаторы окажутся ни при чём).
Да и изящество вкупе с умным подходом — это, к сожалению, не про российский Роспотребнадзор, который больше предпочитает ходить по одним и тем же граблям.
В ХМАО объявили строгий локдаун для непривитых.
В Хабаровском крае со следующей недели начинают действовать QR-коды для внутренних перелётов (пока внутри региона).
В Москве же QR-коды оставили только для театров, музеев и мероприятий более 500 человек.
В Ивановской области тем временем отменили QR-коды для посещения ТЦ.
А Чувашия готовится запустить региональные QR-коды для жителей с высоких титром антител.
Можно подумать, что эти регионы отличается заболеваемостью: где хуже обстановка — там и меры жёстче. Но на самом деле, это и близко не так.
Если оценить госпитализации и ковид-специфичные поисковые запросы в Яндексе (ниже), то видно:
• Что прямо сейчас во всех этих регионах заболеваемость снижается
• Все, кроме Хабаровского края, прошли пик ещё месяц назад
• Нет кардинальных отличий по доле ковидных запросов в разных регионах. И, например, в Ивановской области, которая ослабляет ограничения, доля запросов на четверть меньше, чем в ХМАО с локдауном для непривитых. К слову, уровень госпитализаций на 100 тыс. населения в Ивановской области на 42% выше, чем в ХМАО.
Проще говоря, зависимости между заболеваемостью и строгостью мер нет.
Если бы я верил в умный подход, то происходящее сейчас с QR-кодами в разных регионах назвал бы прекрасным A/B-тестом, где есть контрольная группа (это большинство регионов с общими правилами), а есть несколько тестовых. И эти тестовые группы — это пилотные регионы, которые пробуют принципиально разные подходы с QR-кодами.
Что в этом случае стоило бы оценить?
• Реакцию людей на эти меры и изменение общественных настроений
• Готовность инфраструктуры к конкретным мерам (и сложность её доработки)
• Влияние конкретных мер на темпы вакцинации
• Влияние конкретных мер на заболеваемость
На деле в такой подход я не верю. Это было бы слишком изящно и сложно — особенно если вспомнить, что все решения по ковиду давно децентрализованы (за редкими исключениями), федеральный центр самоустранился ещё в прошлом году, а вся ответственность за непопулярные решения лежит на главах регионов (а в скором времени эту ответственность спихнут на главных санитарных врачей, так что и губернаторы окажутся ни при чём).
Да и изящество вкупе с умным подходом — это, к сожалению, не про российский Роспотребнадзор, который больше предпочитает ходить по одним и тем же граблям.
Динамика ковид-специфичных запросов и госпитализаций в регионах с мерами разной строгости.
Молимся на Сан-Марино: ещё с весны эта крохотная республика стала олицетворением мечты о коллективном иммунитете. Сан-Марино похоже на образцовый пример того, что могло бы быть в России с заболеваемостью, если бы удалось привить большинство.
Скоро, впрочем, всё поменяется — нынешняя европейская волна до Сан-Марино тоже доберётся; но ущерб от неё, вероятно, окажется очень умеренным благодаря вакцинации. Но речь сейчас о другом.
Интересно, что в России есть свои, отечественные Сан-Марино, где давно привили большинство населения. Я сейчас про Белгородскую область — именно здесь есть районы, которые ещё в июне объявили свободными от ковида: здесь первыми в России привили больше половины взрослых, а на протяжении нескольких недель не выявляли ни одного случая. А уже в октябре говорили о четырёх районах, где было привито 80% взрослых.
И изучать необходимо именно такие территории — вместо того, чтобы бесконечно кивать на Сан-Марино.
Однако что происходит в этих районах — мы не знаем. Данных о госпитализациях нет. Отчётов ЗАГС и информации об избыточной смертности оттуда нет. Последние новости из этих районов были ещё в июне, до прихода дельты.
Всё, что нам доступно — это статистика оперштаба с разбивкой по районам. Осенью в районах, прививших по 80% взрослых, официальная заболеваемость оказалась минимум на 30−50% ниже в пересчёте на население, чем в других районах области. Но насколько это имеет отношение к реальности — неизвестно.
Данные из Белгородской области демонстрируют статистические аномалии с красивыми ровными полочками заболеваемости, и с этим попросту нельзя работать: эта статистика ненадёжна. А ещё она совсем оторвалась от динамики госпитализаций и ковид-специфичных поисковых запросов, которые показывают прохождение пика ещё в конце октября.
Надёжных данных нет. И отчётов никаких нет. А ведь эти районы могли стать прекрасным примером того, как на практике работает вакцинация — вместо бесполезных и неосмысленных «в Липецкой области в больницах привитые составляют менее 1%, в Белгородской области 12%, в Подмосковье — 18%».
В идеальном мире мы должны были увидеть детальные отчёты из этих районов. С разбором числа обращений к врачу, диагнозов ОРВИ, подтверждённых ПЦР, доли позитивных тестов, госпитализаций, случаев тяжёлого течения и смертей. Всё — с разбивкой по вакцинному статусу, в идеале — ещё с анализом разных возрастных когорт.
Но этого никто не публикует, не озвучивает и, предположу, даже не собирает.
Почему?
Скоро, впрочем, всё поменяется — нынешняя европейская волна до Сан-Марино тоже доберётся; но ущерб от неё, вероятно, окажется очень умеренным благодаря вакцинации. Но речь сейчас о другом.
Интересно, что в России есть свои, отечественные Сан-Марино, где давно привили большинство населения. Я сейчас про Белгородскую область — именно здесь есть районы, которые ещё в июне объявили свободными от ковида: здесь первыми в России привили больше половины взрослых, а на протяжении нескольких недель не выявляли ни одного случая. А уже в октябре говорили о четырёх районах, где было привито 80% взрослых.
И изучать необходимо именно такие территории — вместо того, чтобы бесконечно кивать на Сан-Марино.
Однако что происходит в этих районах — мы не знаем. Данных о госпитализациях нет. Отчётов ЗАГС и информации об избыточной смертности оттуда нет. Последние новости из этих районов были ещё в июне, до прихода дельты.
Всё, что нам доступно — это статистика оперштаба с разбивкой по районам. Осенью в районах, прививших по 80% взрослых, официальная заболеваемость оказалась минимум на 30−50% ниже в пересчёте на население, чем в других районах области. Но насколько это имеет отношение к реальности — неизвестно.
Данные из Белгородской области демонстрируют статистические аномалии с красивыми ровными полочками заболеваемости, и с этим попросту нельзя работать: эта статистика ненадёжна. А ещё она совсем оторвалась от динамики госпитализаций и ковид-специфичных поисковых запросов, которые показывают прохождение пика ещё в конце октября.
Надёжных данных нет. И отчётов никаких нет. А ведь эти районы могли стать прекрасным примером того, как на практике работает вакцинация — вместо бесполезных и неосмысленных «в Липецкой области в больницах привитые составляют менее 1%, в Белгородской области 12%, в Подмосковье — 18%».
В идеальном мире мы должны были увидеть детальные отчёты из этих районов. С разбором числа обращений к врачу, диагнозов ОРВИ, подтверждённых ПЦР, доли позитивных тестов, госпитализаций, случаев тяжёлого течения и смертей. Всё — с разбивкой по вакцинному статусу, в идеале — ещё с анализом разных возрастных когорт.
Но этого никто не публикует, не озвучивает и, предположу, даже не собирает.
Почему?
Есть одна крохотная территория, которая поголовно привила всё население, причём одной из лучших в мире вакцин — «Файзером». Если где и должен был возникнуть коллективный иммунитет, так это там. Однако сейчас здесь переживают худшую за последний год вспышку, а 25% всех умерших с марта от ковида умерло за последний месяц.
Как стало известно из СМИ, «учёные не знают, что делать, и с чем связано такое резкое ухудшение ситуации». Я, конечно, не учёный, но я попробовал разобраться в том, что на самом деле происходит в Гибралтаре — ещё недавно «самой защищённой территории мира».
Как стало известно из СМИ, «учёные не знают, что делать, и с чем связано такое резкое ухудшение ситуации». Я, конечно, не учёный, но я попробовал разобраться в том, что на самом деле происходит в Гибралтаре — ещё недавно «самой защищённой территории мира».
Telegraph
Ужас в Гибралтаре: как привитая на 118% территория переживает сильнейшую вспышку
В Гибралтаре — катастрофа. Гибралтар привит и перепривит на 118%, и прямо сейчас он не в состоянии справиться с вспышкой. Гибралтар проживает худшую волну эпидемии с января, а сейчас здесь заболевает по 60−80 человек в сутки на 34 тыс. населения. Это как…
Тем временем у нас вылупился новый пренеприятный вариант — B.1.1.529. Видимо, уже завтра ВОЗ присвоит ему новую букву: ню. И если верно всё то, что о нём пишут сейчас, он может оказаться куда хуже дельты.
→ Главное
• У этого варианта сумасшедшее число мутаций: только в S-белке — 32 мутации (это куда больше, чем в дельте и бете, вместе взятых).
• Самое неприятное: у этого варианта много мутаций, которые помогают ускользать от иммунитета. Но если прошлые ускользающие варианты обычно плохо закреплялись и обладали сравнительно невысокой инфекционностью, то у B.1.1.529, вероятно, с этим всё в порядке, и распространяется он, судя по первым эпидемиологическим данным, прекрасно.
• С большой вероятностью B.1.1.529 лучше передаётся и прекрасно ускользает от иммунного ответа. От этого варианта следует ожидать ухода от большинства моноклональных антител и резкое ухудшение эффективности вакцин.
• В случае с B.1.1.529 мы имеем дело уже не с отдельными кластерными вспышками, а с передачей и распространением внутри популяции — среди разных кластеров, в разных обстоятельствах и с разной географией вспышек.
→ Распространение
• А как он распространяется? Впервые вариант обнаружили в Ботсване. Образцы совсем свежие: им по 10-15 дней. Также B.1.1.529 обнаружили в ЮАР и в Гонконге. Все три образца очень разные: в одном случае заболел младенец (что означает передачу внутри популяции), в другом — произошла прорывная инфекция у привитого, в третьем случае вариант выявили в Гонконге у путешественника, вернувшегося из ЮАР и сдавшего тест по возвращении.
• Вариант активно распространяется в ЮАР. Больше всего образцов сейчас в провинции Гаутенг. Но рост не только там — B.1.1.529 быстро растёт и в других провинциях (особенно в Лимпопо и в Северо-Западной провинции).
• Детально известно про географию трёх эпизодов из ЮАР: два случая приходится на г.о. Экурхулени (а там международный аэропорт), ещё один — в Йоханнесбурге, всё это на расстоянии в 70 км друг от друга.
• Тем временем в ЮАР начался подъём заболеваемости. В абсолютных числах случаев пока немного (1275 за сутки, скользящее среднее 774), но относительный рост быстрый: +100% за последнюю неделю. Впрочем, пока неизвестно, связан ли рост в ЮАР с новым вариантом.
→ Мутации
• У B.1.1.529 — множество мутаций в двух ключевых частях шиповидного белка: в RBD и в NTD.
• Есть кластер из трёх мутаций (H655Y + N679K + P681H) в фуриновом сайте — части, которая отвечает за возможность входа вируса в клетку. За счёт этих мутаций вирус легче проникает в клетку и куда лучше передаётся. К слову, P681H — одна из худших мутаций дельты, во многом именно благодаря ей дельта обладает такой заразностью. Такое сочетание мутаций в фуриновом сайте встречается впервые.
• Есть ещё делеция NSP6, которая также повышает трансмиссивность. Ранее эту делецию обнаруживали в альфа, бета, гамма и лямбда вариантах.
• Есть мутации R203+G204R в N-белке, которые тоже связывают с повышенной инфекционностью.
• И хотя часть мутаций и их свойства хорошо известны по другим вариантам, в B.1.1.529 представлено много мутаций, которые до этого встречались совсем редко — поэтому с их свойствами мало что понятно.
• По всей видимости, этот вариант развился у пациента с иммунодефицитом или на иммуносупрессии и с хроническим ковидом.
Учёные встревожены. Так, вирусолог Рави Гупта, профессор Кембриджского университета, заявил, что впервые так сильно обеспокоен с момента появления дельты, и призвал привиться и носить маски — потому что этот вариант, вероятно, будет прекрасно уходить от нейтрализующих антител. Вирусолог Том Пикок говорит об очень длинной ветви мутаций и «по-настоящему ужасном» наборе мутаций в шиповидном белке.
Среди вакциноскептиков есть убеждение, что вакцинация только разгоняет эволюцию и позволяет вырастить наиболее опасные варианты. Пока, как мы видим, это не так: дельта-вариант впервые возник ещё в октябре 2020, распространился в марте 2021 в невакцинированной Индии, а B.1.1.529, по-видимому, родом из Африки, где полностью привито всего 7,1% населения (в ЮАР 24%, в Ботсване — 20%).
→ Главное
• У этого варианта сумасшедшее число мутаций: только в S-белке — 32 мутации (это куда больше, чем в дельте и бете, вместе взятых).
• Самое неприятное: у этого варианта много мутаций, которые помогают ускользать от иммунитета. Но если прошлые ускользающие варианты обычно плохо закреплялись и обладали сравнительно невысокой инфекционностью, то у B.1.1.529, вероятно, с этим всё в порядке, и распространяется он, судя по первым эпидемиологическим данным, прекрасно.
• С большой вероятностью B.1.1.529 лучше передаётся и прекрасно ускользает от иммунного ответа. От этого варианта следует ожидать ухода от большинства моноклональных антител и резкое ухудшение эффективности вакцин.
• В случае с B.1.1.529 мы имеем дело уже не с отдельными кластерными вспышками, а с передачей и распространением внутри популяции — среди разных кластеров, в разных обстоятельствах и с разной географией вспышек.
→ Распространение
• А как он распространяется? Впервые вариант обнаружили в Ботсване. Образцы совсем свежие: им по 10-15 дней. Также B.1.1.529 обнаружили в ЮАР и в Гонконге. Все три образца очень разные: в одном случае заболел младенец (что означает передачу внутри популяции), в другом — произошла прорывная инфекция у привитого, в третьем случае вариант выявили в Гонконге у путешественника, вернувшегося из ЮАР и сдавшего тест по возвращении.
• Вариант активно распространяется в ЮАР. Больше всего образцов сейчас в провинции Гаутенг. Но рост не только там — B.1.1.529 быстро растёт и в других провинциях (особенно в Лимпопо и в Северо-Западной провинции).
• Детально известно про географию трёх эпизодов из ЮАР: два случая приходится на г.о. Экурхулени (а там международный аэропорт), ещё один — в Йоханнесбурге, всё это на расстоянии в 70 км друг от друга.
• Тем временем в ЮАР начался подъём заболеваемости. В абсолютных числах случаев пока немного (1275 за сутки, скользящее среднее 774), но относительный рост быстрый: +100% за последнюю неделю. Впрочем, пока неизвестно, связан ли рост в ЮАР с новым вариантом.
→ Мутации
• У B.1.1.529 — множество мутаций в двух ключевых частях шиповидного белка: в RBD и в NTD.
• Есть кластер из трёх мутаций (H655Y + N679K + P681H) в фуриновом сайте — части, которая отвечает за возможность входа вируса в клетку. За счёт этих мутаций вирус легче проникает в клетку и куда лучше передаётся. К слову, P681H — одна из худших мутаций дельты, во многом именно благодаря ей дельта обладает такой заразностью. Такое сочетание мутаций в фуриновом сайте встречается впервые.
• Есть ещё делеция NSP6, которая также повышает трансмиссивность. Ранее эту делецию обнаруживали в альфа, бета, гамма и лямбда вариантах.
• Есть мутации R203+G204R в N-белке, которые тоже связывают с повышенной инфекционностью.
• И хотя часть мутаций и их свойства хорошо известны по другим вариантам, в B.1.1.529 представлено много мутаций, которые до этого встречались совсем редко — поэтому с их свойствами мало что понятно.
• По всей видимости, этот вариант развился у пациента с иммунодефицитом или на иммуносупрессии и с хроническим ковидом.
Учёные встревожены. Так, вирусолог Рави Гупта, профессор Кембриджского университета, заявил, что впервые так сильно обеспокоен с момента появления дельты, и призвал привиться и носить маски — потому что этот вариант, вероятно, будет прекрасно уходить от нейтрализующих антител. Вирусолог Том Пикок говорит об очень длинной ветви мутаций и «по-настоящему ужасном» наборе мутаций в шиповидном белке.
Среди вакциноскептиков есть убеждение, что вакцинация только разгоняет эволюцию и позволяет вырастить наиболее опасные варианты. Пока, как мы видим, это не так: дельта-вариант впервые возник ещё в октябре 2020, распространился в марте 2021 в невакцинированной Индии, а B.1.1.529, по-видимому, родом из Африки, где полностью привито всего 7,1% населения (в ЮАР 24%, в Ботсване — 20%).
Тем временем в ЮАР подтвердили уже 100 случаев нового опасного варианта B.1.1.529 (подробнее о нём тут).
Новых заболевших за последние сутки в ЮАР — 2465, максимум за последние два месяца, из них 80% приходится на провинцию Гаутанг. В прошлый четверг было почти в 5 раз меньше — 569. Вчера в ЮАР было 1275 случаев. Скользящее среднее выросло до 1042 — и это втрое (!) больше, чем неделю назад, когда было 362.
И если в октябре в провинции Гаутанг 83% приходилось на дельту, то теперь дельта здесь вообще не выявляется. Ноль случаев. Сейчас все геномы приходятся на B.1.1.529. И если это так, то это означает потенциальное колоссальное преимущество перед дельтой (что не означает, что этот вариант получит такое же преимущество на других территориях). В провинции Квазулу-Натал на новый вариант приходится уже 20%.
И самое неприятное: как отмечает генетик Дима Прусс, это не выглядит артефактами лабораторной диагностики.
Новых заболевших за последние сутки в ЮАР — 2465, максимум за последние два месяца, из них 80% приходится на провинцию Гаутанг. В прошлый четверг было почти в 5 раз меньше — 569. Вчера в ЮАР было 1275 случаев. Скользящее среднее выросло до 1042 — и это втрое (!) больше, чем неделю назад, когда было 362.
И если в октябре в провинции Гаутанг 83% приходилось на дельту, то теперь дельта здесь вообще не выявляется. Ноль случаев. Сейчас все геномы приходятся на B.1.1.529. И если это так, то это означает потенциальное колоссальное преимущество перед дельтой (что не означает, что этот вариант получит такое же преимущество на других территориях). В провинции Квазулу-Натал на новый вариант приходится уже 20%.
И самое неприятное: как отмечает генетик Дима Прусс, это не выглядит артефактами лабораторной диагностики.