Ну до этого сообщения всё равно никто не доберётся, да?

Да и незачем. Всё, что тут можно рассказать: это очередной канал про ковид, и на первый взгляд кажется безрассудством создавать такой канал к концу второго года эпидемии. Но к сожалению, ковид навсегда с нами, а эпидемия ещё надолго, а раз уж я в этом варюсь — почему бы и не поделиться.

Кто я? Александр Драган, «аналитик открытых данных», как меня называют в СМИ. С марта 2020 года слежу за тем, что происходит с ковидом и как протекает эпидемия в России и в других странах, и много работаю с данными.

Я разработал и популяризовал метод анализа эпидемии на основе поисковых запросов и написал какое-то количество текстов про эпидемию (наверняка вы видели мой алармистский текст про третью волну в России), про вакцинацию и про всё сопутствующее.

Пишу для СМИ, даю комментарии и интервью, иногда выступаю — в стримах, на радио, на телеканалах.

В этом канале будет всё вперемешку: большие тексты и маленькие, какие-то графики, заметки на бегу и мысли вслух, предварительные выводы и всё, что я нахожу интересным. Не обещаю, что будет интересно и вам — но я постараюсь.

P.S. Если кто-то всё-таки сюда долистал и прочитал это — ну что делать, пишите мне (@innersun), пришлю вам открытку.

Два стрима в чате проекта V1V2 — о четвёртой волне в России, текущей ситуации, тенденциях и перспективах:

23.10.21 Часть первая.

Александр Драган, аналитик открытых данных

Четвёртая волна эпидемии в России.

📍Особенности четвёртой волны, ее хронология, течение и предварительные итоги.
📍Ситуация в столицах и регионах, перспективы.
📍Что происходит в Белгородской области?
📍Общий контекст и место России на текущем этапе эпидемии.

by @alena_AZUI

13 ноября 2021

Александр Драган, аналитик открытых данных

Четвёртая волна эпидемии в России.
Часть 2я.

📍Прошли ли мы пик? Где мы сейчас, и чего ждать дальше?
📍Столицы и регионы. Что происходит с эпидемией прямо сейчас: кто отгорел, кто ещё полыхает, кто продолжает идти на подъём?
📍«Нерабочие дни»: был ли от них эффект? Почему Москва не стала их продлевать: стабилизация мнимая или настоящая?

by @alena_AZUI

Обещанные базы и источники

1. Гитхаб Дмитрия Кобака: https://github.com/dkobak/excess-mortality

2. Гитхаб Алексея Куприянова с данными по Петербургу: https://github.com/alexei-kouprianov/COVID-19.SPb.monitoring

3. Его же Гитхаб с данными по РФ: https://github.com/alexei-kouprianov/COVID.2019.ru

4. Дашборд Михаила Зеленского с данными по госпитализациями и ИВЛ: https://datalens.yandex/itvip8ty2nuab?tab=bQ

5. Дашборд Зеленского с учётом избыточной смертности (с финальными данными на основе Д. Кобака): https://flo.uri.sh/visualisation/7814865/embed

6. Динамика госпитализаций по Москве: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1RhjQ-yFwgZGEGTibZTO4d9Yv7dfV20G7f0sQC-MgWUw/edit?usp=sharing

7. Полный свод данных по Новосибирской области от Алексея Мазура: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1z19xEuqon3uZYRjaCQq4Zo87LJpgwcfBzCeW1Xi9Fqc/edit?usp=sharing

У меня есть также наборы данных по госпитализациям в разных регионах (но не совсем полные), в отдельную открытую таблицу не выгружал, если кому понадобятся — пишите.

8. Группа Watching COVID: https://www.facebook.com/groups/watchingcovid2019.ru

9. Группа про ковид в Украине: https://www.facebook.com/groups/coronavirus.in.ukraine

10. Дашборд Яндекса по ковидным поисковым запросам: https://datalens.yandex/7o7is1q6ikh23?tab=61P

11. Яндекс Вордстат (для самостоятельной выгрузки + оценки данных, для массового парсинга сразу кучи запросов можно использовать либо платную тулзу Key Collector, либо его бесплатный аналог Словоеб): https://wordstat.yandex.ru/

12. Широкий пул ковид-специфичных поисковых запросов, с которыми можно работать: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1FRI1yu4fjRjB5F7XBbxXwajdPmA8YSTOU5c6Rc2r2BM/edit?usp=sharing

13. С GISAID всё понятно: https://www.gisaid.org/ а вот и Outbreak: https://outbreak.info/location-reports?loc=RUS

14. Фейсбук Димы Прусса: https://www.facebook.com/dmitry.pruss

15. И мой Фейсбук, добавляйтесь, кто ещё не :) https://www.facebook.com/alexx.dragan/ Если руки дойдут, скоро будут посты про беременных (с ними в дельту совсем всё грустно стало), про детей, про кислород и пр.

Александр Драган

Новости штаммобесия

Свежие новости про AY.4.2 — новый подвариант дельты, который прошумел месяц назад. Вышел свежий отчёт британцев, который подтвердил: AY.4.2 более заразен, чем родительский вариант, и распространяется быстрее.

Что обнаружили:
• Рост AY.4.2 идёт во всех регионах Англии
• Он лучше распространяется внутри семей, риск внутрисемейной передачи выше
• У него чуть выше secondary attack rate
• Вариант набирает по 1−2% распространённости в неделю и постепенно вытесняет другие варианты (в том числе доминирующий родительский)
• Кроме того, растёт распространение AY.4.2 среди тех, кто прибывает в Великобританию — вариант распространяется также и в других странах

Из хороших новостей: признаков того, что этот вариант лучше ускользает от иммунитета, чем родительский, нет. Утяжеления болезни и роста летальности пока также нет. Эффективность вакцин по сравнению с родительской дельтой не поменялась.

Из плохих: эволюция продолжает мчаться, и AY.4.2 — не последний сюрприз. Отсутствие большего иммунного ускользания радует, но, вероятно, это ненадолго, а даже рост заразности на 10−15% повышает R0 с 6−9, рассчитанных для дельты, до 6,5−10,5. Это не такой крутой скачок, какой произошёл при смене альфы на дельту, но рост неприятный.

Динамика вариантов в Великобритании. Голубой — AY.4.2.

Ещё про штаммобесие — увлекательный тред от профессора Тревора Бедфорда, специалиста по биостатистике и эпидемиологии.

Основные тезисы:
• За последний год мы наблюдали рост трансмиссивности вируса в ~2,2 раза

• Самая важная для вируса область с точки зрения эволюции — это субъединица S1 шиповидного белка (именно там находится RBD-домен, который помогает вирусу связаться с рецептором ACE2 и проникнуть в клетку), и все эволюционно успешные варианты обязаны своему успеху именно мутациям в S1

• Наиболее активное накопление мутаций в S1 происходило с марта по октябрь 2020. После этого начинается замедление и некоторый застой

• Именно в октябре 2020 впервые возникает дельта. Чтобы вытеснить остальные варианты и начать глобально доминировать, дельте потребовалось 9 месяцев экспоненциального роста

• С июля 2021, когда дельта становится доминирующим вариантом, накопление мутаций S1 в популяции практически прекращается

Ключевой вывод: эволюция вируса сильно замедлилась — как минимум в субъединице S1. Но оснований считать, что коронавирус исчерпал свой эволюционный потенциал, нет: дальше, вероятнее всего, мы будем наблюдать движение в сторону иммунного ускользания — и будет возникать всё больше вариантов, способных уходить от иммунитета. Как и ожидалось.

Накопление мутаций в S1 у разных вариантов вируса.

А что с AY.4.2 в России? Он уже здесь, причём как минимум два месяца. Первый предположительный случай обнаружен ещё 20 октября у 69-летнего пациента из Твери, образец взят ещё 23 сентября. В конце октября Роспотребнадзор также подтвердил первые случаи AY.4.2 — три в Москве с областью, ещё два — в Татарстане.

Качество секвенирования в России низкое, а образцов загружается совсем мало, поэтому делать выводы о том, как распространяется этот вариант, рано. Пока в тех регионах, где AY.4.2 обнаруживается, его доля низка — не более 5%, и даже при тех же темпах роста, какие были в Великобритании, и за три месяца AY.4.2 дельту не вытеснит.

Как отмечает генетик Дима Прусс, подавляющее большинство геномов, которые поступают из России, приходятся не на AY.4.2, а на «русскую дельту» — вариант без собственного наименования в системе Pango, вариант с двумя характерными мутациями, который попал в Россию ещё в апреле, и с тех пор доминирует.

Тем временем Манаус передаёт привет: СМИ радостно разнесли благую весть о том, что «антитела к коронавирусу нашли у 83% петербуржцев».

И хотя это единственное вменяемое исследование серопревалентности в России, к нему есть вопросы. А поводов для оптимизма пока не особенно много.
• Как выясняется, антитела есть не у 83% петербуржцев, а у 83% взрослых жителей Петербурга. Дети в исследование не попали, каков процент серопозитивности среди них — неизвестно. Но вероятно, меньший: эти 83% учитывают и привитых, и переболевших. А это значит, что среди всех петербуржцев доля иммунного населения на самом деле ниже.

• По оценкам авторов, среди непривитых участников исследования переболело 78%. Вместе с привитыми выходит 83%. Всего в Петербурге привито 50% взрослого населения, среди них подавляющее большинство привито «Спутником». И это плохая новость: выходит, что множество привитых сильно пересекается с множеством переболевших.

• Из важного: доля людей с антителами среди привитых «Ковиваком» — 76%, среди привитых «Эпиваккороной» — 57%. Сравните с выборкой переболевших: там с антителами 78%. Среди привившихся «Спутником» с антителами — 99%. Это лишнее подтверждение крайне низкой иммуногенности двух других вакцин.

• Иммунитет со временем снижается, реинфекции в случае дельты — не редкость, прорывные инфекции среди привитых — тоже, а ревакцинация идёт медленно: так, на 6 ноября в Петербурге было ревакцинировано 18% от привитых более полугода назад.

• В исследовании также идёт речь о реинфекциях — авторы пишут, что это событие редкое, и их доля не превышает 3%. И здесь есть большая проблема: учитываются только повторные инфекции, подтверждённые ПЦР-тестом. И в этом случае 3% — это высокий показатель, если вспомнить наш уровень и качество тестирования: реально реинфекций в разы больше.

А что выходит, если пробовать оценить (очень грубо) долю переболевших, исходя из IFR?

На первый взгляд кажется, что оценки совпадают. На деле всё сложней.

В июле ЕУ также публиковал исследование с расчётами IFR для Петербурга. Все расчёты актуальны до прихода дельты, оценка IFR = 0,82% (что согласуется с ранними метаанализами, где медиана IFR составляла 0,68% — доверительный интервал от 0,53% до 0,82%).

На конец сентября избыточная смертность в Петербурге ~33 тыс. человек, при IFR 0,82% получаем 4 млн инфицированных за всё время эпидемии. Это 74% от официальной численности населения города в 5,4 млн, но здесь есть две проблемы.

1. В конце октября шла речь о том, что фактическая численность населения города — 7 млн человек.

2. Риск госпитализации при дельте выше, что было 1) неоднократно 2) показано. Так, по шотландским данным, вероятность попасть в больницу для дельты в 2 раза выше, чем для альфы. Недавнее канадское исследование также показало увеличение риска госпитализации вдвое, риска реанимации в 3,3 раза, риска смерти — в 2,3 раза. Об ухудшении течения для дельты говорит и сингапурское исследование.

Это значит, прежние оценки IFR уже не так актуальны — и для дельты IFR, вероятнее всего, заметно выше расчётных 0,82% для петербургской популяции. Дельта доминирует с июня, избыточная смертность за июнь-сентябрь — порядка 10,7 тыс. человек.

Так, оценка в ~4 млн инфицированных (74% населения города) опирается на три очень оптимистичные предпосылки:
• Население Петербурга совпадает с официальными 5,4 млн.

• IFR 0,82% до апреля 2021 рассчитан корректно.

• IFR дельты укладывается в те же границы.

Каждый из этих трёх пунктов — под большим вопросом. Равно как и исследование о 83% взрослых петербуржцев с антителами.

А что бывает, если поверить в наступивший коллективный иммунитет — мы уже не раз наблюдали, и самый яркий и наглядный пример — это Манаус.

Хотя примеров хватает и куда ближе — даже в России.

Внезапно просвещённый интернет узнал, что сербский «Спутник» в России не котируется — и тех, кто его ставил в Сербии, Россия считает непривитыми. Это позорная история, но в ней нет ничего нового.

На деле со «Спутником» всё ещё интересней: проблема не в отдельно взятой Сербии. Задолго до сербских экспатов с тем же самым столкнулись и в Беларуси, и в Казахстане, и в Молдове — везде, где прививают «Спутником».

В Казахстане вакцинация началась девять месяцев назад — ещё 1 февраля, на сегодня около 80% использованных вакцин — это «Спутник» (а это более 6 млн человек). И в России он не котируется — и это затрагивает как казахстанцев, так и россиян, привившихся в Казахстане. И проблема возникла не вчера.

Беларусь начала прививочную кампанию ещё 29 декабря, а с конца февраля здесь началось совместное с Россией производство «Спутника». Однако те, кто прививается в Беларуси, оказываются в той же ситуации, что и казахстанцы: Россия белорусский «Спутник» не признаёт. Между тем, 75% используемых в Беларуси вакцин — это именно «Спутник» (а это почти 2 млн человек).

«Вообще-то я прошел вакцинацию хоть и за границей, но в самой дружественной стране. Вакцина практически российская: изготовлена в Беларуси, но это наш «Спутник V». На другую вакцину я бы просто не согласился», — это очень типичная история.

Впрочем, с российским «Спутником» есть свои проблемы — но сталкиваются с ними исключительно иностранцы.

Если иностранец ставил «Спутник» в России — это ему не даёт никаких прав и не освобождает от карантина по прилёте и сдачи ПЦР-теста.

С QR-кодами свои нюансы: получить код иностранцам рекомендуют на Госуслугах, но регистрация там доступна только иностранцам со СНИЛС, а с получением СНИЛС есть свои сложности. Тем, у кого нет СНИЛС, чиновники советуют показывать справку от медицинской организации, но на деле даже в пунктах вакцинации могут отказаться выдавать справку без СНИЛС. Впервые с этим иностранцы столкнулись ещё летом в Москве, когда впервые были введены QR-коды — но вскоре вопрос откатили, третья волна спала, коды отменили, а проблему так и не решили.

Что это значит на практике? Целую гору неудобств:

• 3-дневный карантин и отрицательный ПЦР при въезде

• Ограничение в правах внутри страны, а в скором времени, по-видимому, и в свободе передвижения по России

• Необходимость сдавать ПЦР-тесты каждые три дня

• Тем, кто прививался в других странах (даже «Спутником»), чтобы хоть как-то легализоваться, необходимо ревакцинироваться уже в России — но даже в этом случае получение QR-кода может обернуться серьёзным квестом

Это не просто мелкие неудобства, которые можно перетерпеть — это существенные дополнительные расходы, затраты времени и бесконечный бюрократический ад. И это прямо сейчас затрагивает миллионы людей — одних только мигрантов, по оценкам МВД, в стране сейчас 7 млн. Всего же за полгода Россию посещает ещё около 5−6 млн иностранцев.

И в том, что всё случилось именно так, нет никаких сюрпризов. Вопрос о легализации зарубежного «Спутника» встал ещё прошлой зимой — однако почти за год так ничего и не сдвинулось с места. А вопрос с QR-кодами для иностранцев впервые возник ещё в июне — и за полгода также никаких изменений.

И СМИ, и чиновники часто говорят о грядущем взаимном с Европой признании вакцин и ковид-паспортов — и, кажется, только это всех и волнует. Вопрос о признании сертификатов с ЕАЭС остаётся на периферии, об этом говорят мало и редко, и решение либо бесконечно «готовится», либо «прорабатывается», — либо звучат ни к чему не обязывающие призывы.

Особенно позорно непризнание Россией «Спутника» в свете того, что десятки других стран «Спутник» признают — и с ним можно попасть и в Венгрию, и в Грецию, и в Грузию, и в Турцию. И, конечно, в те самые Беларусь, Казахстан, Молдову, которые прививают не признанным в России «Спутником».

И если проблемы белорусских, казахстанских и молдавских граждан Россию не особенно волновали, то есть надежда, что сейчас, когда на ту же проблему обратила внимание страна ЕС, что-то да сдвинется с места — и окажется легализован хотя бы «Спутник», поставленный за пределами России.

Посмотрите на график.

Здесь видны успехи Москвы в вакцинации главной группы риска — людей старше 60. Синяя линия — все пожилые москвичи (3 млн), зелёная — 80% пожилых (2,4 млн). Красная кривая — это ход прививочной кампании в Москве. И она напрочь провалена.

Так, сегодня Ракова заявила, что привито 1,15 млн пожилых. В октябре оперштаб говорил про 1 млн; это значит, что за день прививают в среднем по 4 тыс. пожилых — такими темпами даже к 80% мы будем идти 11 месяцев. Но дальше интересней: ещё в июле Собянин также говорил про 1 млн привитых пожилых, по-видимому, умалчивая, что речь только о первом компоненте.

Так или иначе, за 11 месяцев с начала вакцинации пожилых Москва привила всего 38%, и это провал.

И он будет стоить нам перегрузки больниц и тысяч жизней — именно пожилые обеспечивают основную нагрузку. Так было во вторую волну, так было в третью, так было и сейчас: 85% смертей от ковида приходится на 60+. Месяц назад, на пике, 60% всех коек занимали пожилые, как и 70% реанимационных коек, и 80% ИВЛ.

Может, вместо того, чтобы перепечатывать оптимистичные статьи о том, как коллективный иммунитет в Москве превысил 67%, и рассказывать, как резво снижается заболеваемость (быстрее всех в стране!), стоило бы задаться вопросом, как смягчить следующую вспышку? И как не допустить такой перегрузки больниц и реанимаций, с какой мы сталкиваемся с каждой новой волной?

Вакцинация пожилых провалена не только в Москве — это происходит в большинстве регионов. По России в целом привили не то «чуть больше половины» пожилых (по версии Мурашко), не то 44,7% (по версии Голиковой).

Данные, которые я собрал по 23 регионам, на которые приходится 38% населения РФ, показывают, что права, видимо, Голикова: в этих регионах суммарно привили 46% пожилых. Более 50-55% преодолели единичные регионы.

Но вместо того, чтобы сосредоточиться именно на вакцинации пожилых — главной группы риска, на которую приходится большинство госпитализаций и смертей от ковида, чиновники обязывают прививаться промышленников, сотрудников предприятий, работников сферы торговли и общепита, а где-то — и студентов, и вводят QR-коды и ограничения для непривитых, нацеленные в первую очередь на экономически активное население (как часто пожилые летают по стране?).

Заставить привиться студентов и сотрудников, которые боятся потерять своё рабочее место, несложно. Но возможно, внимание стоит направить в другую сторону?

Коронавирусная статистика Татарстана и заявления местных чиновников — это мечта ковид-диссидента. Ковидом здесь не болеют, от ковида не умирают, а избыточная смертность, как здесь утверждают, происходит из-за паники, малоподвижного образа жизни, ожирения, да и просто от старости.

Так было с начала эпидемии. А недавно у оперштаба что-то сломалось — и Татарстан показал вертикальный взлёт: выявленные случаи выросли почти в 6 раз за месяц с копейками. Вместе с тем, все независимые показатели (400+ ковид-специфичных поисковых запросов и госпитализации) показывают, что на самом деле Татарстан прошёл пик четвёртой волны ещё до середины октября.

Разобрался, что на самом деле происходит в Татарстане — и как можно объяснить такой рост официальной статистики в то время, как реальная заболеваемость быстро снижается.