Онтарио, Квебек, а теперь Альберта и Британская Колумбия - уже четыре канадских провинции сообщили о случаях омикрона, и все случаи у путешественников, прилетевших из Нигерии (люди не связаны между собой). Пациент, подтвержденный в Альберте, вернулся из Нигерии через Нидерланды около недели назад, получил положительный результат теста на ковид в аэропорту, и с тех пор находится в изоляции с бессимптомным течением.

Чемоданчик с омикроном из Нигерии также недавно пытались ввезти в Гонконг.

Насколько мы вообще можем быть уверены, что имеем дело с вариантом родом из ЮАР, и что главный очаг этого варианта сейчас находится в ЮАР?

Омикрон-дашборд обновляется здесь

Доброе утро

Эксклюзивное видео. Семейный врач из ЮАР Анжелик Котце рассказывает, что новый вариант ковида безобиднее ОРЗ.

Будьте здоровы! По 2 инфицированных с омикрон-вариантом на рейсах Кейптаун-Мюнхен 24 и 26 ноября, и еще сразу 15 предполагаемых случаев омикрона на воскресном рейсе из Кейптауна 28 ноября по результатам вариантспецифичного ПЦР-тестирования в Баварском государственном управлении здравоохранения и безопасности пищевых продуктов LGL.

Баварская сеть молекулярно-генетического мониторинга SARS-CoV-2 Bay-VOC (Институт Макса фон Петтенкофера и генный центр LMU в Мюнхене) выполняют секвенирование образца менее, чем за 40 часов.

Омикрон-дашборд обновляется здесь

Датский диджей Мартин Янсен никогда не испытывал ничего подобного субботнему концерту в Аальборге на севере Дании - у одного из посетителей подтвержден омикрон-вариант. 1600 человек были в зале, 400 - в вип-зоне, в сумме мероприятие посетили около 1900 человек. История недавних поездок у пациента не подтверждена.

Все посетители концерта предъявляли на входе ковид-пасс, который выдается дважды вакцинированным, переболевшим ковидом в течение последних 6 месяцев, а также при отрицательном результате ПЦР-теста не старше 72 часов или экспресс-теста на антиген не старше 48 часов. Из уже известных пациентов с омикрон-ковидом ковид-пасс, разрешающий посетить концерт Янсена, могли бы предъявить на входе:
3 полностью вакцинированных туриста из Гонконга
4 полностью вакцинированных дипломата из Ботсваны
2 израильских кардиолога, вакцинированных тремя дозами
группа усталых туристов из голландского Схипхола
группа веселых шотландцев, удачно сходивших на частную вечеринку
переболевший ковидом Кафу Пете
господин из Сан-Паулу с отрицательным позавчерашним ПЦР


Омикрон-дашборд обновляется здесь

О удивительный мир контрастов! Здесь одни люди называют варианты вируса всратыми греческими буквами, чтобы не ущемить какую-нибудь страну обидными ассоциациями, и в процессе этого именования политкорректно пропускают буквы, ассоциирующиеся с обнаженкой и китайцами - а другие уже неделю без малейшего стеснения выдают за доказанный факт откровенно слабую гипотезу, что опасный вариант с иммунным ускользанием подарил миру ВИЧ-положительный человек:

«Омикрон» появился в результате спонтанной мутации коронавируса в организме человека с запущенной формой иммунодефицита, отметил эксперт.

«Произошел некоторый сбой, поскольку фактически у иммунодефицитного не леченного пациента с ВИЧ-инфекцией этот вирус мутировал несколько месяцев и дорос до «омикрона». Причем, видимо, пациент был близок к СПИДу — он заразился коронавирусом, а, может, и двумя штаммами сразу. Поэтому этот штамм необычный и сильно отличается от дельты. Такой вывод можно сделать в связи с тем, что в развитии нового штамма нет промежуточных звеньев, то есть в популяции мутация образовалась спонтанно», — добавил Крючков.

Вот наш рекап публикации Persistence and Evolution of SARS-CoV-2 in an Immunocompromised Host - из нее в ноябре 2020 стало окончательно понятно, что инкубатором для выведения мутанта с иммунным ускользанием могут стать (и при свободной циркуляции вируса в популяции будут становиться) пациенты с ослабленной иммунной системой. ВИЧ в этом кейсе не фигурирует - как и в сотнях других подобных случаев.

Мутанты появляются в ответ на эволюционное давление в определенных благоприятных для мутации условиях – об этом сценарии мы писали в декабрьском лонгриде про мутации, а потом цитировали COVID-19 Genomics Consortium UK (это отчет еще по альфе и бете):

Какие эволюционные процессы или давление отбора могли привести к линии B.1.1.7? О высоких темпах накопления мутаций в течение коротких периодов времени сообщалось ранее в исследованиях пациентов с иммунодефицитом или иммуносупрессией, хронически инфицированных SARS-CoV-2. Для этих инфекций характерно обнаружение РНК SARS-CoV-2 в течение 2-4 месяцев или дольше (хотя есть также сообщения о длительных инфекциях у некоторых иммунокомпетентных людей).

Пациентов лечат плазмой реконвалесцентов (иногда более одного раза) и обычно также препаратом ремдесивир.

<...> Эти соображения приводят нас к гипотезе о том, что необычная генетическая дивергенция линии B.1.1.7 могла быть результатом, по крайней мере частично, эволюции вируса в хронически инфицированном человеке.

Такие условия - хроническая инфекция, персистенция вируса, которая чаще наблюдается среди иммунокомпрометированных, но встречается и у иммунокомпетентных людей.

Иммунный ответ и вакцинация ВИЧ-положительных - серьезная проблема общественного здоровья, поскольку в этой популяции вакцины существенно менее эффективны (посмотрите грустные данные по АстраЗенеке, J&J и Новаваксу).

Однако ВИЧ-положительные ни в коей мере не являются угрозой общественному здоровью в условиях пандемии - иммуносупрессия это и лучевая терапия, и цитостатики, и кортикостероидные гормоны, это сотни и тысячи протоколов и диагнозов у миллионов ВИЧ-отрицательных людей по всему миру.

Среди наших читателей есть постоянные редакторы википедии, куда уже залито экспертное мнение Крючкова:

Учёные предполагают, что появление нового штамма вируса с необычно большим числом мутаций — результат запущенной продолжительной болезни в организме иммунодефицитного пациента (инфицированного ВИЧ больного, возможно, в стадии СПИДа).

Надеемся, что упоминание ВИЧ и СПИДа исчезнет из этой статьи и больше никогда туда не вернется.

Пациенты с ВИЧ страдали (год назад мы рассказывали о том, как в США велись КИ препаратов от СПИДа) - и до сих пор страдают от стигматизации.

Ненаучно, непрофессионально и неэтично выдавать гипотезу связи ВИЧ-статуса хозяина и возникновения варианта B.1.1.529 (опирающуюся преимущественно на то, что родиной омикрона считается ЮАР) за научный факт, создавая почву для нового витка стигматизации ВИЧ-инфицированных.

Недолго пришлось ждать новостей из Нигерии: местный ЦКЗ написал, но сразу же удалил из релиза сообщение о том, что омикрон подтвержден в образце, взятом в октябре. Теперь представители ЦКЗ говорят, что ошиблись, и в октябрьском образце была дельта, которая, как известно, очень похожа на омикрон.

Число случаев омикрона, выявленных у путешественников, въехавших в Нигерию из ЮАР в течение прошедшей недели, магическим образом превратилось из 2 в 3. Подробнее о редактировании пресс-релиза ЦКЗ рассказывает Рейтер, думаем, воспоследуют и скриншоты.

Оригинальный текст:

Геномное секвенирование положительных случаев из рутинного тестирования второго дня для въезжающих в в Нигерию выявило два случая варианта омикрон среди путешественников из Южной Африки, прибывших в Нигерию на прошлой неделе.

Ретроспективное секвенирование ранее подтвержденных случаев среди въезжающих в Нигерию также выявило вариант омикрон среди образцов, собранных в октябре 2021 года.

Омикрон-дашборд обновляется здесь

От нигерийского Лагоса, где живет 21 миллион человек, до Аккры - 450 километров. Гана исследовала образцы от прибывавших в аэропорт Аккры в ноябре и сегодня выложила в гисэйд 33 сиквенса нового варианта, самый ранний от 21 ноября. По сообщению Мемориального института медицинских исследований Ногучи, в 28% собранных c 21 по 25 ноября образцов (34 из 120) подтвердился вариант омикрон.

Директор Ghana Health Service:

Возник новый вариант, и я должен сказать, что благодаря надежному тестированию в международном аэропорту Котока Гана уже обнаружила вариант Омикрон, и случаи заболевания прибыли в основном из Нигерии и Южной Африки. Самый первый случай, который был обнаружен во время нашего секвенирования, относится к 21 ноября.

А еще в воскресенье он рассказывал журналистам:

Омикрон. Мы пока не обнаруживали его в Гане. Все люди с положительным результатом теста в аэропорту секвенируются, их пробы секвенируются. Мы также отбираем образцы из наших референс-лабораторий по всей стране для секвенирования. В настоящее время у них около ста шестидесяти (160) в работе, но нет никаких признаков омикрон в Гане. Так что все эти циркулирующие сообщения - это неправда. В Гане нет случаев.

Омикрон-дашборд обновляется здесь

ЮАР: Институт инфекционных болезней сообщил о 8 561 новом случае COVID-19 в ЮАР. Новые случаи по провинциям: Гаутенг 72%, Западный Кейп 7%, Квазулу-Натал 6%.

Отношение выявленных положительных случаев к общему числу тестов сегодня составляет 16,5%, что выше, чем вчера (10,7%). Среднее значение за 7 дней сегодня составляет 10,3%, - выше, чем вчера (8,5%).

Самое раннее обнаружение в ЮАР: 8 ноября, Гаутенг. Омикрон доминирует в ноябрьских данных секвенирования - 74% геномов (n = 183/249). Секвенирование продолжается, чтобы определить распространенность омикрона в других провинциях. Вариант дельта доминировал во всех провинциях до конца октября.

Ситуация в ЮАР двумя строками:
🔸30 ноября - 4373 новый случай, 10,7% коэффициент позитивности, 2414 (+86) в стационарах, 234 (+1) в ОРИТ, 21 умерший
🔸1 декабря - 8561 новый случай, 16,5% коэффициент позитивности, 2550 (+136) в стационаре, 235 (+1) в ОРИТ, 28 умерших

Омикрон-дашборд обновляется здесь

Последние данные из Великобритании - 22 случая в Англии, 10 в Шотландии.

Barnet: 2
Bexley: 1
Brentwood: 1
Buckinghamshire: 1
Camden: 2
Haringey: 1
Lancaster: 1
Lewisham: 2
Liverpool: 1
Newham: 1
North Norfolk: 1
Nottingham: 1
South Cambridgeshire: 1
Sutton: 1
Three Rivers: 1
Wandsworth: 1
Westminster: 3

Эксперты сообщили Гардиан, что сейчас идет поиск варианта в образцах от 16 ноября.

Омикрон-дашборд обновляется здесь

Первый случай в США, полностью вакцинированный пациент вернулся из ЮАР 22 ноября, первый положительный тест получил 29 ноября:

Департаменты здравоохранения Калифорнии и Сан-Франциско подтвердили, что недавний случай COVID-19 у человека в Калифорнии был вызван вариантом Omicron (B.1.1.529). Этот человек был путешественником, который вернулся из Южной Африки 22 ноября 2021 года. Человек полностью вакцинирован, имел мягкие симптомы, сейчас его состояние улучшается, он находится на самоизоляции, его тесты дают положительный результат. Установлена связь со всеми близкими контактами, результаты тестов у них отрицательные.

Геномное секвенирование было выполнено в Калифорнийском университете в Сан-Франциско, последовательность была подтверждена в CDC как совместимая с вариантом Omicron. Это первый подтвержденный случай COVID-19, вызванного вариантом омикрон, обнаруженный в Соединенных Штатах.

Омикрон-дашборд обновляется здесь

Ковид, дети и некоторые детали из ЮАР-2.

Рудо Матива, заведующая отделением интенсивной терапии больницы Барагванат (крупнейший госпиталь Африки):

Число больных, поступающих в больницу, растет в геометрической прогрессии.

Мы определенно наблюдаем изменения в демографическом профиле пациентов. Мы видим детей, малышей младше пяти с симптомами, и они достаточно больны, чтобы нуждаться в госпитализации и нуждаться в дополнительном кислороде.

Мы видим 11, 12, 13-летних детей - они больны, у некоторых из них есть сопутствующий диабет, они нуждаются в госпитализации. Мы видим 17-летних с тяжелым течением, с пневмонией, с положительным результатом теста на ковид, которым требуется госпитализация в ОРИТ и искусственная вентиляция легких.

Еще одно интервью профессора Матива:

Мы наблюдаем иной тренд у пациентов с Covid-19: мы видим, что гораздо более юные пациенты поступают в больницу с болезнью, проявляют симптомы и достаточно больны, чтобы их госпитализировать.

Числа растут весьма экспоненциально, поэтому мы перепрофилируем нековидные койки под ковид.

Конечно, мы беспокоимся по поводу детей младше пяти и о возрастной группе до 15 лет, которых необходимо размещать, а, как мы знаем, больницы никогда не строились для размещения большого количества детей.

Вчера эпидемиолог Ваасила Яссат сообщила, что 10% из 862 госпитализированных пациентов в Гаутенге - дети младше 2 лет (данные 29 ноября).

Предыдущий пост по ковиду и детям в ЮАР.

Тем временем президент ЮАР срочно вылетел в Нигерию, чтобы обсудить, КАК МОЖНО ОТПРАВЛЯТЬ В ДРУГИЕ СТРАНЫ ЕЩЕ БОЛЬШЕ КОВИДА.

Доброе утро

Третий эпизод суперраспространения омикрона после Шотландии и Португалии - на этот раз во Фрогнере, Осло. В прошлую пятницу норвежская компания Scatec, которая строит и эксплуатирует солнечные электростанции в 35 странах мира, провела новогодний корпоратив на 120 человек, некоторые из которых недавно вернулись из самого большого зарубежного офиса компании в Кейптауне. В компании уже знали про новый вариант, поэтому ввели режим строгого инфекционного контроля: на корпоратив допустили только вакцинированных, у всех должен был быть отрицательный результат теста.

Первый участник вечеринки получил положительный тест на ковид в понедельник - он из числа тех, кто вернулся из ЮАР. Сейчас ковид подтвержден уже у 40-50 человек, предварительный скрининг говорит об омикроне, пробы отправлены на секвенирование.

Вчера Норвегия сообщила о 2 случаях омикрона у прилетевших в Гардермуэн 26 и 28 ноября, и о 2 случаях в островной коммуне Эйгарден, тоже у прилетевших из ЮАР.

Омикрон-дашборд обновляется здесь