⚡⚡⚡ Новости не очень. После 3х недель снижения доли ПЦР covid+ по Москве и Петербургу, на прошлой неделе, сначала стабилизация, а потом медленный рост.
Мы у подножия новой волны, и она случится сейчас, в декабре, до Нового года. Россия догонит Европу.
Остаётся понять это омикрон, или еще дельта.
Из всех регионов падает только ЦФО (без Москвы и области). Слишком уж высокие уровни там были в четвертую волну.
Самый резкий рост на Северном Кавказе. Там пятая волна похоже уже началась.

Ковид и дети (слайды в следующем посте). Институт инфекционных болезней ЮАР сообщает о росте числа детей в стационарах Гаутенга, где за 2 недели число госпитализаций выросло с 18 до 49 в сутки.

На вчерашнем брифинге эпидемиолог Ваасила Яссат сообщила, что число ковидных госпитализаций с 11 по 28 ноября в городском округе Тшване вокруг Претории (там началась вспышка) составило 455, и представила данные за 2 недели с 14 по 28 ноября. Они безрадостные:

Если посмотреть на количество поступлений по возрасту, то обычно мы видим большое количество госпитализаций среди пожилых людей. Но сейчас на раннем этапе роста заболеваемости в Тшване мы наблюдаем большинство случаев госпитализации в возрастной группе от 0 до 2 лет. И мы видим большое количество госпитализаций в среднем возрасте, от 28 до 38.

🔸госпитализировано 65 детей в возрасте 0-4 лет, это 75% всех выявленных в этой возрастной группе случаев ковида
🔸1 ребенок в возрасте 0-4 умер
🔸и абсолютное число госпитализаций, и процент госпитализированных от общего числа случаев намного ниже в других возрастных группах детского контингента - около 10% у детей 5-9 лет и еще ниже в группе 10-19 лет
🔸около 30% госпитализированных во всех трех возрастных группах детского населения имеют тяжелое течение ковида
🔸в группе госпитализированных малышей очень низкий процент детей с сопутствующими заболеваниями - около 1%, в группе 5-9 лет около 5%, в группе 10-19 лет около 3%

Я хотела бы отметить следующее: мы готовимся к всплеску госпитализаций, и в этот раз надо обратить особое внимание на готовность детских больниц. В настоящий момент нет ощущения, что мы видим утяжеление течения ковида, но пока еще рано. Госпитализации отстают от выявления ковида примерно на 2 недели, и нужно время, чтобы стал понятен исход, так что мы будем наблюдать и сообщим больше данных в ближайшие недели.

Отдельно тревожит резкий рост доли пациентов, которые не подпадают под критерии тяжелого течения (в первую очередь это сатурация ниже 94%), но при этом имеют показания к госпитализации. Вернее, не так - очень тревожит.

Слайды⬇️⬇️⬇️

Ну а вот и первые результаты проверки на омикрон биоматериала, взятого у местных жителей:

Национальный институт здоровья и окружающей среды RIVM обнаружил вариант омикрон в двух тестовых образцах, которые были взяты в Нидерландах в ноябре. Образцы взяты GGD (муниципальной службы здравоохранения) 19 и 23 ноября 2021. Лаборатория Saltro, проводившая исследования, отправила образцы в RIVM.

Образцы показали аномалию в районе так называемого спайк-белка. Это вызвало подозрение, что это вариант омикрон. Образцы отправлены в RIVM для подтверждения. 29 ноября выяснилось, что два образца действительно являются вариантом омикрона. Пока неясно, посещали ли люди, у которых были получен биоматериал, в южной части Африки.

26 ноября 624 человека, вернувшихся из Южной Африки, были проверены на вирус короны в Схипхоле. Из них 61 пассажир получил положительный результат теста. Всего вариант омикрона диагностирован у 14 из них. В ходе лабораторных исследований были обнаружены различные типы штаммов вируса варианта омикрон. Это означает, что люди, скорее всего, заразились отдельно друг от друга, из разных источников в разных местах.

Вопрос уже не в том, произошел ли завоз омикрона в Европу и Америку - очевидно, что он разъехался по всему миру на привилегированных пассажирах, освобожденных от тестирования. Вопрос только в том, как давно и как плотно он везде.

Однажды @alenavladimirskaya поспорила, что напишет самый короткий рассказ о состоянии российского здравоохранения, который растрогает любого до слез. Она выиграла спор.

13 случаев омикрона подтверждено в разных частях Англии, 9 пациентов с новым вариантом подтверждает Шотландия - все они заразились на одной и той же частной вечеринке 20 ноября, но связь этого кластера с путешественниками из Африки по-прежнему не установлена.

Агентство по безопасности здоровья Великобритании (UKHSA) выявило еще 8 случаев COVID-19 с мутациями, соответствующими B.1.1.529, в Англии, в дополнение к предыдущим 5 подтвержденным случаям варианта SARS-CoV-2, известного как B.1.1.529. Общее количество подтвержденных случаев в Англии сейчас 13.

Лица, у которых был положительный результат теста, и их контакты - все изолируются. В настоящее время ведется работа по выявлению возможных связей с поездками в Южную Африку. Мы выявили случаи заболевания в Восточном Мидлендсе, Восточной Англии, Лондоне и Северо-Западе. UKHSA проводит таргетное тестирование в местах, где находились положительные случаи в период, когда могли быть заразными.

Девять случаев были также выявлены в Шотландии: 5 случаев - в районе Ланаркшира и 4 - в районе Большого Глазго и Клайда.

Департамент здравоохранения района Альб-Донау-Крайс немецкой земли Баден-Вюртемберг сообщил о четырех подтвержденных случаях B.1.1.529 (в дополнение к подтвержденному сегодня случаю в Саксонии). Трое инфицированных вернулись из ЮАР 26 и 27 ноября, четвертый - член семьи одного из путешественников. Все четверо полностью вакцинированы, у всех есть умеренные симптомы.

Федеральный офис общественного здоровья Швейцарии написал в твиттере, что в стране подтверждены два случая заражения вариантом омикрон, случаи связаны. Час спустя Департамент здравоохранения швейцарского кантона Базель-Штадт сообщил, что вечером в кантоне был подтвержден положительный случай варианта омикрон, и разошелся по домам, пообещав подробности завтра.

Бразильская пара, 41-летний мужчина и 37-летняя женщина - первые в Бразилии с омикрон-ковидом. Мужчина прилетел из ЮАР в Сан-Паулу 23 ноября с отрицательным тестом, 25 ноября он и его жена сдали в аэропорту тест для возвращения в ЮАР и получили положительный результат.

В Бразилии подозревается еще один случай омикрона - 33-летняя бразильянка 17 ноября вылетела из ДР Конго в Турцию, а оттуда в Бразилию, прилетела в Сан-Паулу 20 ноября и в тот же день отправилась в Белу-Оризонти, штат Минас-Жерайс. Симптомы появились 22 ноября, 28 ноября женщина обратилась за помощью в отделение неотложной помощи и была госпитализирована. По данным мэрии, пациентка не вакцинирована, но получила отрицательный тест перед вылетом из Конго. Результат секвенирования должен быть известен в пятницу.

Омикрон-дашборд обновляется здесь

Онтарио, Квебек, а теперь Альберта и Британская Колумбия - уже четыре канадских провинции сообщили о случаях омикрона, и все случаи у путешественников, прилетевших из Нигерии (люди не связаны между собой). Пациент, подтвержденный в Альберте, вернулся из Нигерии через Нидерланды около недели назад, получил положительный результат теста на ковид в аэропорту, и с тех пор находится в изоляции с бессимптомным течением.

Чемоданчик с омикроном из Нигерии также недавно пытались ввезти в Гонконг.

Насколько мы вообще можем быть уверены, что имеем дело с вариантом родом из ЮАР, и что главный очаг этого варианта сейчас находится в ЮАР?

Омикрон-дашборд обновляется здесь

Доброе утро

Эксклюзивное видео. Семейный врач из ЮАР Анжелик Котце рассказывает, что новый вариант ковида безобиднее ОРЗ.

Будьте здоровы! По 2 инфицированных с омикрон-вариантом на рейсах Кейптаун-Мюнхен 24 и 26 ноября, и еще сразу 15 предполагаемых случаев омикрона на воскресном рейсе из Кейптауна 28 ноября по результатам вариантспецифичного ПЦР-тестирования в Баварском государственном управлении здравоохранения и безопасности пищевых продуктов LGL.

Баварская сеть молекулярно-генетического мониторинга SARS-CoV-2 Bay-VOC (Институт Макса фон Петтенкофера и генный центр LMU в Мюнхене) выполняют секвенирование образца менее, чем за 40 часов.

Омикрон-дашборд обновляется здесь

Датский диджей Мартин Янсен никогда не испытывал ничего подобного субботнему концерту в Аальборге на севере Дании - у одного из посетителей подтвержден омикрон-вариант. 1600 человек были в зале, 400 - в вип-зоне, в сумме мероприятие посетили около 1900 человек. История недавних поездок у пациента не подтверждена.

Все посетители концерта предъявляли на входе ковид-пасс, который выдается дважды вакцинированным, переболевшим ковидом в течение последних 6 месяцев, а также при отрицательном результате ПЦР-теста не старше 72 часов или экспресс-теста на антиген не старше 48 часов. Из уже известных пациентов с омикрон-ковидом ковид-пасс, разрешающий посетить концерт Янсена, могли бы предъявить на входе:
3 полностью вакцинированных туриста из Гонконга
4 полностью вакцинированных дипломата из Ботсваны
2 израильских кардиолога, вакцинированных тремя дозами
группа усталых туристов из голландского Схипхола
группа веселых шотландцев, удачно сходивших на частную вечеринку
переболевший ковидом Кафу Пете
господин из Сан-Паулу с отрицательным позавчерашним ПЦР


Омикрон-дашборд обновляется здесь

О удивительный мир контрастов! Здесь одни люди называют варианты вируса всратыми греческими буквами, чтобы не ущемить какую-нибудь страну обидными ассоциациями, и в процессе этого именования политкорректно пропускают буквы, ассоциирующиеся с обнаженкой и китайцами - а другие уже неделю без малейшего стеснения выдают за доказанный факт откровенно слабую гипотезу, что опасный вариант с иммунным ускользанием подарил миру ВИЧ-положительный человек:

«Омикрон» появился в результате спонтанной мутации коронавируса в организме человека с запущенной формой иммунодефицита, отметил эксперт.

«Произошел некоторый сбой, поскольку фактически у иммунодефицитного не леченного пациента с ВИЧ-инфекцией этот вирус мутировал несколько месяцев и дорос до «омикрона». Причем, видимо, пациент был близок к СПИДу — он заразился коронавирусом, а, может, и двумя штаммами сразу. Поэтому этот штамм необычный и сильно отличается от дельты. Такой вывод можно сделать в связи с тем, что в развитии нового штамма нет промежуточных звеньев, то есть в популяции мутация образовалась спонтанно», — добавил Крючков.

Вот наш рекап публикации Persistence and Evolution of SARS-CoV-2 in an Immunocompromised Host - из нее в ноябре 2020 стало окончательно понятно, что инкубатором для выведения мутанта с иммунным ускользанием могут стать (и при свободной циркуляции вируса в популяции будут становиться) пациенты с ослабленной иммунной системой. ВИЧ в этом кейсе не фигурирует - как и в сотнях других подобных случаев.

Мутанты появляются в ответ на эволюционное давление в определенных благоприятных для мутации условиях – об этом сценарии мы писали в декабрьском лонгриде про мутации, а потом цитировали COVID-19 Genomics Consortium UK (это отчет еще по альфе и бете):

Какие эволюционные процессы или давление отбора могли привести к линии B.1.1.7? О высоких темпах накопления мутаций в течение коротких периодов времени сообщалось ранее в исследованиях пациентов с иммунодефицитом или иммуносупрессией, хронически инфицированных SARS-CoV-2. Для этих инфекций характерно обнаружение РНК SARS-CoV-2 в течение 2-4 месяцев или дольше (хотя есть также сообщения о длительных инфекциях у некоторых иммунокомпетентных людей).

Пациентов лечат плазмой реконвалесцентов (иногда более одного раза) и обычно также препаратом ремдесивир.

<...> Эти соображения приводят нас к гипотезе о том, что необычная генетическая дивергенция линии B.1.1.7 могла быть результатом, по крайней мере частично, эволюции вируса в хронически инфицированном человеке.

Такие условия - хроническая инфекция, персистенция вируса, которая чаще наблюдается среди иммунокомпрометированных, но встречается и у иммунокомпетентных людей.

Иммунный ответ и вакцинация ВИЧ-положительных - серьезная проблема общественного здоровья, поскольку в этой популяции вакцины существенно менее эффективны (посмотрите грустные данные по АстраЗенеке, J&J и Новаваксу).

Однако ВИЧ-положительные ни в коей мере не являются угрозой общественному здоровью в условиях пандемии - иммуносупрессия это и лучевая терапия, и цитостатики, и кортикостероидные гормоны, это сотни и тысячи протоколов и диагнозов у миллионов ВИЧ-отрицательных людей по всему миру.

Среди наших читателей есть постоянные редакторы википедии, куда уже залито экспертное мнение Крючкова:

Учёные предполагают, что появление нового штамма вируса с необычно большим числом мутаций — результат запущенной продолжительной болезни в организме иммунодефицитного пациента (инфицированного ВИЧ больного, возможно, в стадии СПИДа).

Надеемся, что упоминание ВИЧ и СПИДа исчезнет из этой статьи и больше никогда туда не вернется.

Пациенты с ВИЧ страдали (год назад мы рассказывали о том, как в США велись КИ препаратов от СПИДа) - и до сих пор страдают от стигматизации.

Ненаучно, непрофессионально и неэтично выдавать гипотезу связи ВИЧ-статуса хозяина и возникновения варианта B.1.1.529 (опирающуюся преимущественно на то, что родиной омикрона считается ЮАР) за научный факт, создавая почву для нового витка стигматизации ВИЧ-инфицированных.

Недолго пришлось ждать новостей из Нигерии: местный ЦКЗ написал, но сразу же удалил из релиза сообщение о том, что омикрон подтвержден в образце, взятом в октябре. Теперь представители ЦКЗ говорят, что ошиблись, и в октябрьском образце была дельта, которая, как известно, очень похожа на омикрон.

Число случаев омикрона, выявленных у путешественников, въехавших в Нигерию из ЮАР в течение прошедшей недели, магическим образом превратилось из 2 в 3. Подробнее о редактировании пресс-релиза ЦКЗ рассказывает Рейтер, думаем, воспоследуют и скриншоты.

Оригинальный текст:

Геномное секвенирование положительных случаев из рутинного тестирования второго дня для въезжающих в в Нигерию выявило два случая варианта омикрон среди путешественников из Южной Африки, прибывших в Нигерию на прошлой неделе.

Ретроспективное секвенирование ранее подтвержденных случаев среди въезжающих в Нигерию также выявило вариант омикрон среди образцов, собранных в октябре 2021 года.

Омикрон-дашборд обновляется здесь