Индексный пациент с B.1.1.529 в Гонконге был вакцинирован двумя дозами Файзера 13 мая и 4 июня этого года в Гонконге. Примерно в эти же даты и тоже Файзером был вакцинирован заразившийся контактный пациент.

В Израиле у недавних путешественников выявили четыре случая инфицирования вариантом B.1.1.529.

Одна из них - 32-летняя женщина, вернувшаяся из Южной Африки, которая прошла тройную вакцинацию вакциной Pfizer и получила свою третью дозу всего два месяца назад.

В двух других случаях женщины были привиты вакциной от AstraZeneca и J&J.

Россия ограничивает въезд иностранцев из Гонконга, ЮАР, Ботсваны, Лесото, Намибии, Зимбабве, Мозамбика, Мадагаскара, Эсватини и Танзании с 28 ноября.

Подробности выявленного в Бельгии случая B.1.1.529 и сводная информация по варианту в отчете National Reference Laboratory (UZ Leuven & KU Leuven):

Чтобы получить первое представление о возможном наличии варианта B.1.1.529 в стране, мы рассмотрели последние 150 000 результатов ПЦР, полученных Federal Platform Laboratories за период один месяц. Среди них 2,2% продемонстрировали SGTF [S-gene target failure - при тестировании системой Thermofisher TaqPath образца с Δ69/70 происходит выпадение S-гена]. Подавляющее большинство идентифицированных SGTF были ассоциированы с очень низкой вирусной нагрузкой и поэтому могут рассматриваться как артефакт.

За последний месяц мы выявили 47 положительных результатов тестов, связанных как с Ct <26, так и с SGTF. Эти образцы были взяты в последние 23 дня, с большей частотой в течение последней недели. Эти образцы были проанализированы в 8 различных лабораториях федеральной платформы.

Два возможных случая (на основе присутствия SGTF на федеральной тестовой платформе) секвенированы 26.11.2021. Среди них один идентифицирован как вариант Delta с Del69/70, второй подтвержден как B.1.1.529.

Пациент, инфицированный B.1.1.529 - девушка, у которой появились симптомы через 11 дней после путешествия в Египет через Турцию. На момент постановки диагноза у пациентки была высокая вирусная нагрузка (Ct 14,2). Пациентка не сообщила о какой-либо связи с ЮАР или другими странами юга Африки. Пациентка ранее не была вакцинирована, не болела ковидом. У нее появились симптомы гриппа, но на этой стадии признаков тяжелого заболевания нет. Пациентка не сообщала о контактах с высоким риском вне дома. Ни у одного из ее домочадцев не появилось симптомов, тем не менее, они направлены на тестирование.

По всему миру на новостях о ню-штамме горит фондовый сарай, так что гори и хата - Merck и Ridgeback Biotherapeutics уточнили данные по эффективности молнупиравира в снижении риска госпитализации и смерти, по новым данным препарат снижает абсолютный риск на 3% вместо прежних 6,8%.

В группе из 1433 участников исследования MOVe-OUT молнупиравир снизил риск госпитализации или смерти с 9,7% в группе плацебо (68/699) до 6,8% (48/709) в группе молнупиравира, что привело к снижению абсолютного риска на 3,0% (95% ДИ: 0,1, 5,9; p=0,0218) и снижению относительного риска на 30% (относительный риск 0,70; 95% ДИ: 0,49, 0,99) - в промежуточных результатах (762 участника) было 6,8% и 48% соответственно.

Тролли из ВОЗ присвоили новому варианту B.1.1.529 букву омикрон. К вопросу о лидерах протеста...

...вот это убожество и зовется Омикрон.

А что с вакцинами? В сентябре мы писали о мало кем замеченном интервью Банселя (СЕО Модерны), где он упоминал работу над вариант-специфичными кандидатными вакцинами против дельты и дельты-плюс-беты. Работа началась еще зимой - уже в феврале 2021 Модерна анонсировала стратегии повышения эффективности своей вакцины против вариантов SARS-CoV-2, и вот какими они были тогда:

Бустинг
🔸Вариант-специфичный кандидатный бустер mRNA-1273.351 в дозировке 50 мкг и ниже
🔸Мультивалентный кандидатный бустер mRNA-1273.211 сочетает классическую mRNA-1273 и mRNA-1273.351 в одной вакцине в дозировке 50 мкг и ниже
🔸Третья доза mRNA-12739 в качестве бустера в дозировке 50 мкг

Вакцинация
🔸Вариант-специфичный кандидат mRNA-1273.351 в двух дозах до 100 мкг каждая
🔸Мультивалентный кандидат mRNA-1273.211 в двух дозах до 100 мкг каждая

Сегодня Модерна рассказала о трех стратегиях на случай, если авторизированная на текущий момент бустерная третья доза mRNA-12739 в дозировке 50 мкг не подтвердит эффективность против омикрона B.1.1.529:

1️⃣Удвоенная бустерная доза классической mRNA-1273 в дозировке 100 мкг уже испытана на здоровых взрослых в 1/2 фазе КИ (306 участников) и в исследовании NIH США, где она показала самый высокий титр вируснейтрализующих антител против известных на тот момент штаммов. Модерна уже начала исследовать эффективность нейтрализации омикрона сыворотками от участников КИ удвоенной бустерной дозы.

2️⃣Уже в работе два мультивалентных кандидатных бустера - mRNA-1273.211 против беты (4 замены в спайке: K417N, E484K/A, N501Y, D614G) и mRNA-1273.213 против той самой гипотетической беты-плюс-дельты (8 замен в спайке: T95I, G142D, K417N, T478K, E484K/A, N501Y, D614G, P681R/H). mRNA-1273.211 испытывается в дозировках 50 и 100 мкг в группах из 300 и 584 участников соответственно. mRNA-1273.213 в дозировке 100 мкг получили 584 человека и еще 584 планируется привлечь в группу дозировки 50 мкг. Сыворотки участников этих КИ будут немедленно включены в исследование нейтрализации омикрона.

3️⃣Модерна начинает работу над бустером mRNA-1273.529, нацеленным на омикрон B.1.1.529. Компания неоднократно подтверждала, что может довести новые вариант-специфичные препараты до старта КИ за 60-90 дней.

Приятно, что кто-то, кроме нас и еще горстки специалистов, ожидал неблагоприятный сценарий и был к нему сравнительно готов. Жаль, что готовность не означает успех.

Доброе утро

Невакцинированные, угроза, мутации, инкубаторы, вявявя... От некомпетентности и безграмотности людей, рассуждающих о ковиде и консультирующих ЛПР, подгорает не только у нас. Алексей Кондрашов в своем фейсбуке пишет:

Наверное уже почти год назад я писал здесь (а прошлой весной эмоционально объяснял студентам в моем курсе Эволюционной Медицины), что больные хроническим ковидом представляют собой страшную опасность - именно как биореакторы, в которых ковид предается эволюционным экспериментам. И что лечить их надо только в стационарах в строжайшей изоляции. Первого такого больного при каждом улучшении выписывали (кажется пять раз всего, пока он не помер) - и я не слышал, чтобы появились какие-нибудь гайдлайны по лечению таких больных от CDC или WHO, учитывающие именно их эволюционную опасность. 

Похоже, что сидящие там вирусологи и эпидемиологи, ни черта не понимающие в эволюции, так и не врубились. 

И вроде бы ни к кому из моих коллег Американские начальники за советом не обращались - а ко мне лично точно никто не обращался из CDC. Так что если новый вариант заменит Дельту - и если он и правда возник в хроническом больном - то это будет на совести дураков, полагающих, что биология сводится ко всяким молекулярным методам.

Почти год назад мы написали лонгрид Мутации 101 — чего ждать от коронавируса в 2021, и почему именно этого - он все еще крайне актуален и рекомендуется для понимания того, что происходит.

В последние дни (недели) в Схипхол рейсами из ЮАР могли прилетать до 10% ковид-положительных пассажиров. В рамках возвращения к нормальности Нидерланды (как и еще десятки стран) перестали требовать отрицательный ПЦР-тест у вакцинированных, въезжающих в страну. Вчера 600 пассажиров двух рейсов из ЮАР были протестированы, 61 оказались ков+. О варианте пока не сообщается, но в районе Йоханнесбурга почти все случаи ковида сейчас это B.1.1.529.

Издание Dutch News сообщает, что для посадки на рейсы все пассажиры предположительно должны были представить отрицательный результат ПЦР. Но мы посмотрели информацию на сайте правительства и на сайте Схипхола - вакцинированные освобождены от необходимости предоставлять ПЦР-тест, если они не прибывают из зон крайне высокого риска. В список зон крайне высокого риска Южная Африка и ее соседи были включены только вчера утром. По 25 ноября включительно, а скорее всего и утром 26 ноября вакцинированные, вылетающие в Нидерланды из ЮАР и соседних африканских стран, не тестировались на ковид. По прибытии из ЮАР вакцинированным также не надо было тестироваться или проходить карантин - кроме пассажиров двух рейсов 26 числа. Число въехавших в Европу через Схипхол вакцинированных ков+ прикиньте сами.

Зато Европа простимулировала вакцинацию привилегиями для привитых путешественников. Какой умный ход, нам надо обязательно сделать так же!

А помните, что до вакционосрача был срач по поводу того, как писать - "на Украине" или "в Украине"? В итоге так и не решили.

В Великобритании обнаружены два случая варианта омикрон, Борис Джонсон готовит обращение к нации. 48 рейсов (около 15000 человек) прилетели в Великобританию из ЮАР с 11 ноября, даты самого раннего известного образца омикрона из Ботсваны.

Пациенты находятся в Ноттингеме и Брентвуде, на расстоянии около 200 км друг от друга. Представитель Совета графства Эссекс:

Мы можем подтвердить, что один случай, связанный с новым вызывающим беспокойство вариантом Covid-19 (B 1.1.529), Omicron, был выявлен в Брентвуде. Он связан с одним случаем из Ноттингема, где имела место зарубежная поездка в ЮАР.

Германия и Чехия подтвердили по одному случаю нового варианта.

Федеральная земля Бавария сообщает, что минимум два человека, инфицированные воком B.1.1.529, прибыли 24 ноября рейсом из ЮАР в аэропорт Мюнхена. Оба этих ответственных человека сами сдались властям для тестирования 25 ноября, узнав о новом варианте.

И в Италии тоже вышел новый омикрон. Житель Кампаньи привез вариант из Мозамбика.

Доброе утро

Новый вариант обнаружен в Австралии у двух полностью вакцинированных, прибывших в Сидней из ЮАР рейсом Qatar Airways QR908 через Доху в субботу вечером. Всего из ЮАР этим рейсом прилетело 14 человек.

Израиль с 29 ноября на 14 дней запрещает въезд иностранцев из-за омикрон-штамма

Израильские министры постановили закрыть въезд в страну для иностранцев, ввести изоляцию и тестирование для возвращающихся израильтян и разрешить слежку за мобильными телефонами подтвержденных инфицированных штаммом "омикрон" сроком на две недели с 0:00 (01:00 мск) 29 ноября. Соответствующее решение было принято по итогам завершившегося в ночь на воскресенье заседания правительственной комиссии по коронавирусу, сообщила канцелярия премьера.

Фактически, Израиль вновь закрывает границы для иностранных туристов менее чем через месяц после их открытия.

С удовольствием рекомендуем канал основателя и директора сети лабораторий ДНКОМ Андрея Исаева, который дает доказательные, неангажированные комментарии по ситуации с ковидом и следит за соблюдением антиковидных мер в медицинских офисах своей сети.

Тем не менее, напоминаем - волна ковида не ушла, а стабилизировалась на высоких уровнях заболеваемости, так что если вы решите воспользоваться услугами лаборатории, будьте в респираторе FFP2 (N95) или FFP3 все время и во всех помещениях, соблюдайте дистанцию, избегайте лифтов, пользуйтесь антисептиками для рук. Помните, что ни вакцинация, ни перенесенный ковид не дают неуязвимости.

Некоторые детали из ЮАР.

Рудо Матива, заведующая отделением интенсивной терапии больницы Барагванат (крупнейший госпиталь Африки и третий по величине в мире, клиническая база Витватерсрандского университета):

Мы наблюдаем заметное изменение демографического профиля пациентов с COVID-19.

Молодые люди в возрасте от 20 до 37-39 лет поступают с умеренно тяжелым и тяжелым течением средней и тяжелой степени, некоторым требуется интенсивная терапия. Около 65% не вакцинированы, большинство остальных вакцинированы только одной дозой. Меня тревожит перспектива перегрузки государственных лечебных учреждений, поскольку число случаев растет.

Иэн Санне, член консультативного совета при Минздраве ЮАР:

Что касается эффективности вакцины, есть признаки увеличения доли выявленных случаев, вызванных прорывными инфекциями или внутри групп, которые были ранее вакцинированы. Этот показатель выше, чем был ранее. Но у нас есть все основания полагать, что вакцины по-прежнему эффективны в предотвращении тяжелых заболеваний и/или осложнений.

Данные, однако, небольшие и ранние. У нас стало больше госпитализаций, но общее впечатление такое, что соотношение вакцинированных и невакцинированных в настоящее время составляет 4:1.

Для хлебушков уточняем, что 4:1 это 80% невакцинированных к 20% вакцинированных. Не 75%.

Откроем официальный дашборд и сразу уточним для любителей пересчитывать вакцинированных и невакцинированных в стационарах:

🔸в Гаутенге сейчас привито хотя бы 1 дозой 38%, полностью вакцинировано 31,24% взрослого населения

🔸в Гаутенге в возрастной группе 18-34 лет хотя бы 1 дозой привиты 26,61% женщин и 21,25% мужчин, 24% в среднем по группе

🔸больница Барагванат находится в тауншипе Соуэто, это бедный трущобный юго-запад Йоханнесбурга. Тауншипы Гаутенга сильно отстают от субурбании по темпам вакцинации, поэтому среди контингента 18-34 вокруг больницы Барагванат доля привитых должна быть ниже, чем в среднем по Гаутенгу

Таким образом, указанная доктором Мативой доля вакцинированных в стационаре Барагванат (35%) существенно выше, чем доля привитых среди молодых жителей Гаутенга (24%), а доля, указанная профессором Санне (20%) - немного ниже. Напомним, если доля привитых в стационаре соответствует доле привитых в популяции, то это нулевая эффективность вакцины в снижении риска госпитализации (подробнее рассказывали в этом посте).

Детали вспышки в Tshwane University of Technology в Претории от представителя руководства университета:

Примерно 10 дней назад мы зафиксировали, что студенты стали получать положительные тесты на ковид или испытывать симптомы<...>вирус распространялся необычно быстро, в какой-то момент 60 студентов из одного кампуса и общежития оказались ков(+) одновременно.

В результате вспышки за неделю с 15 по 22 ноября число активных случаев ковида в Тшване выросло почти в 5 раз с 362 до 1689. Судя по интервью выше, тестировали студентов системно и глубоко, чего не скажешь обо всей ЮАР: сегодня в Гаутенге зарегистрировано 2629 новых случаев, по всей стране - 3220, коэффициент позитивности вырос с 6,5% вчера до 9,2% сегодня.

И как обычно у нас есть вишенка на торт. Мы рассказывали про выборы в Амазонасе, после которых взлетел вариант гамма, а также про выборы в Индии, после которых взлетела дельта. Вы не поверите, что же было в ЮАР в начале ноября - национальные выборы в местные органы власти.