Неприятные подробности о B.1.1.529: четыре случая B.1.1.529 в Ботсване - в группе полностью вакцинированных иностранных дипломатов, которые въехали в страну 7 ноября и получили положительный результат ПЦР-теста перед обратным вылетом 11 ноября.

Еще более неприятные подробности из Гонконга:

Центр охраны здоровья (CHP) Министерства здравоохранения (DH) объявил, что по состоянию на 00:00 25 ноября CHP расследует шесть дополнительных подтвержденных случаев ковида, в результате чего число случаев в Гонконге на данный момент составляет 12 418 (12 417 подтвержденных случаев и один вероятный случай).

Новые зарегистрированные случаи относятся к завозным. Пять из них - мутантные штаммы, результат теста на мутацию в оставшемся случае еще не получен. Пациенты - 2 мужчин и 4 женщины в возрасте от 1 до 45 лет. Все они прибыли в Гонконг из локаций группы А (высокий риск). Четверо пациентов дали положительный результат во время процедуры «тест и удержание» по прибытии во Временный центр сбора образцов (TSCC) в международном аэропорту Гонконга (HKIA), остальные двое - во время карантина.

Кроме того, что касается группы из двух случаев в отеле Regal Airport, CHP организовала обязательный карантин в Карантинном центре Penny's Bay в течение 14 дней в общей сложности для 12 человек, которые останавливались с 11 по 14 ноября в трех комнатах слева и справа от двух соответствующих номеров отеля. Случаев ковида пока не выявлено.

Полногеномное секвенирование, проведенное Университетом Гонконга, дополнительно подтвердило, что оба случая имели крайне схожие генетические последовательности и принадлежали к недавно появившейся линии B.1.1.529. Последовательности аналогичны найденным в Южной Африке и Ботсване, подтверждая, что случай 12388, прибывший в Гонконг из Южной Африки, был индексным случаем. Научная информация о значении этой линии для общественного здравоохранения в настоящее время отсутствует.

И наглядный пример бесконтактного аэрозольного заражения, о котором мы писали и предупреждали десятки раз с весны 2020 года (например, 1️⃣ 2️⃣ 3️⃣ 4️⃣) - в кейсе передачи варианта B.1.1.529 в карантинном отеле Regal Airport Hotel:

Передача Covid-19 по воздуху была обнаружена в отеле Regal Airport рядом с международным аэропортом Гонконга после того, как у двух человек, проходящих карантин на одном этаже, был подтвержден мутантный штамм N501Y с разницей в пять дней.

Это были 36-летний мужчина, прибывший в Гонконг из Южной Африки (инфекция подтверждена 15 ноября), и 62-летний мужчина из Канады, которому диагноз поставили в субботу [20 ноября]. Они жили в противоположных комнатах на пятом этаже.

36-летний мужчина не носил надлежащих хирургических масок в своем гостиничном номере и иногда открывал дверь без маски, позволив коронавирусу проникнуть в коридор и в конечном итоге заразить пожилого мужчину, живущего напротив.

Индексный случай (в отеле с 11 ноября) получил ПЦР+ 13 ноября с пороговым числом циклов Ct около 18, 14 ноября пациент был госпитализирован. ПЦР контактного пациента был отрицательным 12 и 14 ноября, первый положительный тест с Ct около 19 был 18 ноября, пациент был госпитализирован в тот же день.

Ну и вишенка на торте - гонконгский индексный случай прилетел из ЮАР рейсом QR818 через Катар.

Весь новый юарский торт целиком: 1️⃣ 2️⃣ 3️⃣ 4️⃣ 5️⃣ 6️⃣ 7️⃣

Бельгия анализирует два образца на вариант B.1.1.529.

Государства не должны вводить запреты на поездки в страны, в которых сообщили о новом штамме коронавируса B.1.1.529, заявила "Известиям" технический директор регионального офиса Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) в Африке Мэри Стивен со ссылкой на Международные медико-санитарные правила организации.

В Бельгии подтвержден вариант B.1.1.529 у туриста, вернувшегося из Египта 11 ноября (первые симптомы 22 ноября).

Тем временем Египет, откуда прилетел в Бельгию турист с вариантом B.1.1.529.

Индексный пациент с B.1.1.529 в Гонконге был вакцинирован двумя дозами Файзера 13 мая и 4 июня этого года в Гонконге. Примерно в эти же даты и тоже Файзером был вакцинирован заразившийся контактный пациент.

В Израиле у недавних путешественников выявили четыре случая инфицирования вариантом B.1.1.529.

Одна из них - 32-летняя женщина, вернувшаяся из Южной Африки, которая прошла тройную вакцинацию вакциной Pfizer и получила свою третью дозу всего два месяца назад.

В двух других случаях женщины были привиты вакциной от AstraZeneca и J&J.

Россия ограничивает въезд иностранцев из Гонконга, ЮАР, Ботсваны, Лесото, Намибии, Зимбабве, Мозамбика, Мадагаскара, Эсватини и Танзании с 28 ноября.

Подробности выявленного в Бельгии случая B.1.1.529 и сводная информация по варианту в отчете National Reference Laboratory (UZ Leuven & KU Leuven):

Чтобы получить первое представление о возможном наличии варианта B.1.1.529 в стране, мы рассмотрели последние 150 000 результатов ПЦР, полученных Federal Platform Laboratories за период один месяц. Среди них 2,2% продемонстрировали SGTF [S-gene target failure - при тестировании системой Thermofisher TaqPath образца с Δ69/70 происходит выпадение S-гена]. Подавляющее большинство идентифицированных SGTF были ассоциированы с очень низкой вирусной нагрузкой и поэтому могут рассматриваться как артефакт.

За последний месяц мы выявили 47 положительных результатов тестов, связанных как с Ct <26, так и с SGTF. Эти образцы были взяты в последние 23 дня, с большей частотой в течение последней недели. Эти образцы были проанализированы в 8 различных лабораториях федеральной платформы.

Два возможных случая (на основе присутствия SGTF на федеральной тестовой платформе) секвенированы 26.11.2021. Среди них один идентифицирован как вариант Delta с Del69/70, второй подтвержден как B.1.1.529.

Пациент, инфицированный B.1.1.529 - девушка, у которой появились симптомы через 11 дней после путешествия в Египет через Турцию. На момент постановки диагноза у пациентки была высокая вирусная нагрузка (Ct 14,2). Пациентка не сообщила о какой-либо связи с ЮАР или другими странами юга Африки. Пациентка ранее не была вакцинирована, не болела ковидом. У нее появились симптомы гриппа, но на этой стадии признаков тяжелого заболевания нет. Пациентка не сообщала о контактах с высоким риском вне дома. Ни у одного из ее домочадцев не появилось симптомов, тем не менее, они направлены на тестирование.

По всему миру на новостях о ню-штамме горит фондовый сарай, так что гори и хата - Merck и Ridgeback Biotherapeutics уточнили данные по эффективности молнупиравира в снижении риска госпитализации и смерти, по новым данным препарат снижает абсолютный риск на 3% вместо прежних 6,8%.

В группе из 1433 участников исследования MOVe-OUT молнупиравир снизил риск госпитализации или смерти с 9,7% в группе плацебо (68/699) до 6,8% (48/709) в группе молнупиравира, что привело к снижению абсолютного риска на 3,0% (95% ДИ: 0,1, 5,9; p=0,0218) и снижению относительного риска на 30% (относительный риск 0,70; 95% ДИ: 0,49, 0,99) - в промежуточных результатах (762 участника) было 6,8% и 48% соответственно.

Тролли из ВОЗ присвоили новому варианту B.1.1.529 букву омикрон. К вопросу о лидерах протеста...

...вот это убожество и зовется Омикрон.

А что с вакцинами? В сентябре мы писали о мало кем замеченном интервью Банселя (СЕО Модерны), где он упоминал работу над вариант-специфичными кандидатными вакцинами против дельты и дельты-плюс-беты. Работа началась еще зимой - уже в феврале 2021 Модерна анонсировала стратегии повышения эффективности своей вакцины против вариантов SARS-CoV-2, и вот какими они были тогда:

Бустинг
🔸Вариант-специфичный кандидатный бустер mRNA-1273.351 в дозировке 50 мкг и ниже
🔸Мультивалентный кандидатный бустер mRNA-1273.211 сочетает классическую mRNA-1273 и mRNA-1273.351 в одной вакцине в дозировке 50 мкг и ниже
🔸Третья доза mRNA-12739 в качестве бустера в дозировке 50 мкг

Вакцинация
🔸Вариант-специфичный кандидат mRNA-1273.351 в двух дозах до 100 мкг каждая
🔸Мультивалентный кандидат mRNA-1273.211 в двух дозах до 100 мкг каждая

Сегодня Модерна рассказала о трех стратегиях на случай, если авторизированная на текущий момент бустерная третья доза mRNA-12739 в дозировке 50 мкг не подтвердит эффективность против омикрона B.1.1.529:

1️⃣Удвоенная бустерная доза классической mRNA-1273 в дозировке 100 мкг уже испытана на здоровых взрослых в 1/2 фазе КИ (306 участников) и в исследовании NIH США, где она показала самый высокий титр вируснейтрализующих антител против известных на тот момент штаммов. Модерна уже начала исследовать эффективность нейтрализации омикрона сыворотками от участников КИ удвоенной бустерной дозы.

2️⃣Уже в работе два мультивалентных кандидатных бустера - mRNA-1273.211 против беты (4 замены в спайке: K417N, E484K/A, N501Y, D614G) и mRNA-1273.213 против той самой гипотетической беты-плюс-дельты (8 замен в спайке: T95I, G142D, K417N, T478K, E484K/A, N501Y, D614G, P681R/H). mRNA-1273.211 испытывается в дозировках 50 и 100 мкг в группах из 300 и 584 участников соответственно. mRNA-1273.213 в дозировке 100 мкг получили 584 человека и еще 584 планируется привлечь в группу дозировки 50 мкг. Сыворотки участников этих КИ будут немедленно включены в исследование нейтрализации омикрона.

3️⃣Модерна начинает работу над бустером mRNA-1273.529, нацеленным на омикрон B.1.1.529. Компания неоднократно подтверждала, что может довести новые вариант-специфичные препараты до старта КИ за 60-90 дней.

Приятно, что кто-то, кроме нас и еще горстки специалистов, ожидал неблагоприятный сценарий и был к нему сравнительно готов. Жаль, что готовность не означает успех.

Доброе утро

Невакцинированные, угроза, мутации, инкубаторы, вявявя... От некомпетентности и безграмотности людей, рассуждающих о ковиде и консультирующих ЛПР, подгорает не только у нас. Алексей Кондрашов в своем фейсбуке пишет:

Наверное уже почти год назад я писал здесь (а прошлой весной эмоционально объяснял студентам в моем курсе Эволюционной Медицины), что больные хроническим ковидом представляют собой страшную опасность - именно как биореакторы, в которых ковид предается эволюционным экспериментам. И что лечить их надо только в стационарах в строжайшей изоляции. Первого такого больного при каждом улучшении выписывали (кажется пять раз всего, пока он не помер) - и я не слышал, чтобы появились какие-нибудь гайдлайны по лечению таких больных от CDC или WHO, учитывающие именно их эволюционную опасность. 

Похоже, что сидящие там вирусологи и эпидемиологи, ни черта не понимающие в эволюции, так и не врубились. 

И вроде бы ни к кому из моих коллег Американские начальники за советом не обращались - а ко мне лично точно никто не обращался из CDC. Так что если новый вариант заменит Дельту - и если он и правда возник в хроническом больном - то это будет на совести дураков, полагающих, что биология сводится ко всяким молекулярным методам.

Почти год назад мы написали лонгрид Мутации 101 — чего ждать от коронавируса в 2021, и почему именно этого - он все еще крайне актуален и рекомендуется для понимания того, что происходит.

В последние дни (недели) в Схипхол рейсами из ЮАР могли прилетать до 10% ковид-положительных пассажиров. В рамках возвращения к нормальности Нидерланды (как и еще десятки стран) перестали требовать отрицательный ПЦР-тест у вакцинированных, въезжающих в страну. Вчера 600 пассажиров двух рейсов из ЮАР были протестированы, 61 оказались ков+. О варианте пока не сообщается, но в районе Йоханнесбурга почти все случаи ковида сейчас это B.1.1.529.

Издание Dutch News сообщает, что для посадки на рейсы все пассажиры предположительно должны были представить отрицательный результат ПЦР. Но мы посмотрели информацию на сайте правительства и на сайте Схипхола - вакцинированные освобождены от необходимости предоставлять ПЦР-тест, если они не прибывают из зон крайне высокого риска. В список зон крайне высокого риска Южная Африка и ее соседи были включены только вчера утром. По 25 ноября включительно, а скорее всего и утром 26 ноября вакцинированные, вылетающие в Нидерланды из ЮАР и соседних африканских стран, не тестировались на ковид. По прибытии из ЮАР вакцинированным также не надо было тестироваться или проходить карантин - кроме пассажиров двух рейсов 26 числа. Число въехавших в Европу через Схипхол вакцинированных ков+ прикиньте сами.

Зато Европа простимулировала вакцинацию привилегиями для привитых путешественников. Какой умный ход, нам надо обязательно сделать так же!

А помните, что до вакционосрача был срач по поводу того, как писать - "на Украине" или "в Украине"? В итоге так и не решили.