Так выглядит ковидное отделение 15-й городской больницы в Петербурге. Места в палатах для пациентов закончились, людей складывают на каталках и на матрацах прямо в коридорах госпиталя.

Дальний Восток горит, а мы по-прежнему не знаем, что же за вариант весной появился в Якутии и ползет по стране с востока на запад. Горит и Москва, но и тут мы все так же в полном неведении.

Новый ресурс Taxameter лаборатории Базыкина, обрабатывающий данные GISAID, показывает, что индийский вариант дельта B.1.617.2 за последний месяц с 15 мая по 14 июня был обнаружен в Карелии, Вологодской области, Пензенской области, Москве (по 1 сиквенсу из каждого региона, для Москвы это единственный загруженный сиквенс) и в Питере (228 сиквенсов из 340). Данных за этот период из регионов восточнее Урала в GISAID не поступало.

Есть и другой новый ресурс c картой мутаций - проект VGARus (Virus Genome Aggregator of Russia) ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора. Сайт сообщает, что за последние 30 дней было загружено 5396 сиквенсов, но мы знаем, реальное ли это значение, или заглушка. На карте мутаций данные по регионам в основном находятся в закрытом доступе.

Внимание, вопрос: а когда кто-либо увидит эти данные, ЦНИИ Эпидемиологии? Если предположить, что вы не справляетесь в срок с разработкой софта и сайта (что в российском айти бывает в 100 случаях из 100), то может быть сейчас не та ситуация, чтобы ставить свои KPI выше общественных интересов? Или у вас секретная секретность, из-за которой вы с апреля перестали отправлять что-либо в GISAID?

Мы хотим знать, что происходит, даже если у нас сварился свой собственный новый VOC, и другие страны на какое-то время прекратят сообщение с Россией/введут карантины для прибывающих, а любая лаборатория мира сможет провести РН с этим новым вариантом и рассказать что-то неудобное и неприятное о снижении нейтрализующей способности сывороток переболевших и вакцинированных (секрет полишинеля, my ass).

Тот же вопрос к Институту Гамалеи, который тоже что-то секвенирует.

Эти работы производятся за счет бюджета - так когда вы соизволите поставить налогоплательщиков в известность о том, от чего именно они горят как свечки, включая беременных и детей, на этот раз? Быть может, вы ждете, чтобы о вариантах, вызвавших российский экспоненциальный рост, сообщила Япония, как было с амазонским штаммом, или Скандинавия, как это было в случае Чернобыля?

Будьте уверены, Япония обязательно сообщит о том, что она насеквенирует у российских участников и гостей Олимпиады. Именно японцы зимой нашли амазонский вариант у прилетевших из Манауса, и они же в конце мая выявили вариант "дельта плюс"/B.1.617.2.1/AY.1 у 13 альпинистов, вернувшихся после восхождения на Эверест (в апреле в Базовом лагере была вспышка ковида с более 100 пцр+). По состоянию на 15 июня в GISAID было уже 63 генома дельты плюс, в том числе 1 из России (хммм). Первые 5 случаев непальского варианта в Великобритании были обнаружены у вернувшихся из Непала и Турции (хммм).

SARS-CoV2 демонстрирует высочайший уровень аджайла. Вот, например, B.1.617 покрутил-повертел мутацию E484Q, а потом взял и сбросил её за ненадобностью, потому что обнаружилась замена получше - T478K, которая превратила его в тот самый штамм дельта на 30-50% трансмиссивнее британца и вынудила Великобританию, Европу и ВОЗ впервые с февраля пополнить список воков (Variant of Concern, вариант, вызывающий озабоченность).

B.1.617.2, он же VOC-21APR-02 (T19R, 156-158del, L452R, T478K, D614G, P681R, D950N) - пятый в британском списке, после британца B.1.1.7, юарца B.1.351, амазонца P.1 и британца с E484K (помните, был такой очень важный мутант, пример конвергентной эволюции SARS-CoV2, но рассосался).

Мутация L452R ассоциирована с ускользанием от моноклональных антител и от сывороток реконвалесцентов, а также с повышенной аффинностью связывания с рецептором. В феврале вариант B.1.429 с этой мутацией создал серьезные проблемы в Калифорнии, которые, тем не менее, удалось быстро решить локдауном. Мы писали об этом:

Калифорнийский университет в Сан-Франциско секвенировал 2172 генома из образцов вируса, взятых у пациентов в 44 округах Калифорнии в период с 1 сентября 2020 года по 29 января 2021, и утверждает, что вариант злой.

Чарльз Чу из UCSF, руководитель исследования: Этот вариант вызывает беспокойство, потому что наши данные показывают, что он более заразен, с большей вероятностью связан с тяжелым течением и по крайней мере частично устойчив к нейтрализующим антителам.

21.3% всех сиквенсов - новый вариант (B.1.427 и B.1.429, он же 20C/L452R), за период с сентября по январь его частота в образцах возросла с 0 до 50%. Сравнив клинические данные 324 пациентов из медицинской системы UCSF и проведя необходимые корректировки на возраст, пол, расу и т. д. авторы исследования пришли к выводу, что с мутантом 20С вероятность госпитализации в ОРИТ в 4,8 раза выше, риск смерти более чем в 11 раз выше. 

В исследовании также изучалась вирусная нагрузка у зараженных новым вариантом - она в 2 раза выше, чем у ков+ с диким типом вируса. В лаборатории псевдовирус с этой мутацией смог заражать клетки эффективнее, чем дикие штаммы, это подтверждают и данные из 5 калифорнийских домов престарелых: в одном из них возникла вспышка нового варианта, и инфекция распространилась быстрее, чем в 4 других, где источником заражения были старые штаммы вируса.

Ну и конечно мутация L452R - она делает то, от чего многие почти весь прошлый год отмахивались как от невозможного: в экспериментах с псевдовирусами спайк с этой мутацией снизил нейтрализующую способность сывороток переболевших (в 4 раза) и вакцинированных (в 2).

Мутация P681R в сайте расщепления фурином, как и P681H, оптимизирует расщепление спайка. Гипотетически такая оптимизация повышает трансмиссивность вируса.

Ну и T478K - в марте, а затем в мае группа из Университета Болоньи публиковала результаты анализа более 1 млн геномных последовательностей SARS-CoV-2, депонированных в GISAID до 27 апреля 2021 года, который позволил выявить новую мутацию T478K в 11435 случаях. T478K появилась в январе 2021 года, встречается преимущественно в Мексике и США, но ученые обнаружили ее также в вариантах из нескольких европейских стран. Исследователи предварительно ассоциировали эту мутацию с ростом трансмиссивности, опираясь на динамику вариантов с T478K в Мексике и США.

Таков наш индус, дельта B.1.617.2. А дельта плюс B.1.617.2.1 - это ванильный B.1.617.2 с двумя дополнительными мутациями, и одна из них всем хорошо знакома⬇️

Начало⬆️

Сравнительно недавно (по-видимому, в начале весны и не факт, что в Индии) ванильное дельта-сокровище B.1.617.2 проапгрейдилось заменой K417N. Эту замену мы помним и любим по южноафриканцу B.1.351 и по бразильцу P.1 c его K417T. В отличие от дельты, дельта плюс вполне может приобрести южноафриканские суперспособности по выбиванию сывороток в нокаут. А еще мы помним, что векторная вакцина от АстраЗенеки оказалась неэффективной против юарского варианта, мы писали об этом 8 февраля:

Стоило нам написать о Чедокс1, как он на всех первых полосах: сегодня выйдут в препринте плохие данные из южноафриканской группы COV005 – судя по тому, что мы прочли в FT, вакцина против южноафриканского штамма бессильна. ЮАР приостановила вакцинацию (на прошлой неделе страна получила 1 миллион доз Чедокс1 из 1,5 миллионов, заказанных в Индии). Двухдозовый режим [вакцины] не показал защиты от COVID-19 легкой-средней степени тяжести, вызванного [южноафриканским вариантом], - согласно FT, так будет написано в препринте, который мы ждем – и отсутствие эффективности в полевых испытаниях совпадает с данными лабораторных экспериментов с сывороткой вакцинированных.

В анализе обработаны данные 2026 участников группы COV005, медианный возраст 31 год. Согласно FT, они получили хотя бы 1 дозу вакцины (в последнем промежуточном анализе были обработаны данные 1476 участников из ЮАР, для которых прошло более 15 дней после v2). Все они вич- (в COV005 также есть 102 вич+ участника). Молодой возраст участников при маленькой выборке означает, что эффективность в предотвращении госпитализации и смерти организаторы оценить в ближайшее время не смогут из-за отсутствия нужного числа случаев (на данный момент в этой группе их 0).

Из комментария доктора Шабира Мадхи из Университета Витватерсранда в ЮАР, данного WSJ, результаты следующие: 39 случаев ковида – 19 в группе вакцины, 20 в группе плацебо. Формально это 10% эффективности – фактически преимущество в 1 случай это ровно 0. По данным из 3 стран для режима SD/SD эффективность Чедокс1 в предотвращении симптоматического ковида составляла 63,1%.

Думаем, если бы вариант дельта плюс по какой-то несчастливой случайности присутствовал сейчас в Москве (или возник бы в Москве самостоятельно, потому что ковид в разных точках земного шара изобретает примерно одни и те же велосипеды), то он бы дал именно ту картину, которую описала в своем посте эксперт Алена Макарова.

Уровень госпитализации пациентов с коронавирусом в Подмосковье растет в течение трех недель на 40% от недели к неделе, сообщила заместитель председателя правительства — министр здравоохранения Московской области Светлана Стригункова.

Простите наш цинизм, но во всем этом нам почему-то более всего интересно, входят ли матрасики на полу коридора в число развернутых в Питере коронавирусных коек, а также по какой схеме и в каком объеме оплачивается лечение пациентов на таких "койках".

Не то чтобы мы сильно охуеем, если узнаем, что больнице за этот филиал ада на земле капает ровно тот же фикс, который положен за пациента, пролеченного на койке - но слегка точно, да.

Для желающих рассказать нам о том, что врачи-герои спасают жизни ковидным, организуя им матрац в коридорном лазарете, потому что иначе их некуда было бы везти, и они бы совсем умерли - это не так: коек в Питере много, летом загрузка стационаров по нековидным нозологиям значительно ниже, чем в высокий сезон, возможности для расширения ковидного фонда есть. Если, конечно, эти мощности запрашивать, а не трамбовать пациентов по коридорам и подсобкам по принципу "всё полезно, что в рот пролезло".

Министр здравоохранения Московской области Стригункова:

Если брать людей, находящихся сейчас в стационарах, то порядка 8-10% - это те люди, которые либо вакцинировались или болели ранее. Причем, есть те пациенты, у которых наблюдалось небольшое количество антител.

Как же так, ведь Проценко же сказал, что у него 2 вакцинированных на 1456 пациентов, вакцинам тут же было насчитано 999,999% эффективности, а проваксеры-прозелиты обнимались, танцевали и стреляли по воображаемым фигурам антипрививочников три дня, как на кавказской свадьбе?

А вот так.

А что происходит, если ты, например, коммерческая структура и инвестировал в открытие приличного частного ковидария 800 млн. рублей? Тебя, конечно же, будут есть с говном и попрекать кровавыми миллионами, которые ты, торгаш, берешь за лечение.

Зимой «Мать и дитя» Марка Курцера открыла Лапино-4, быстровозводимый ковидный корпус на 100 коек на территории госпиталя Лапино, чтобы больше не использовать как ковидарий свой хирургический корпус на 120 коек, который работал с ковидом весной и осенью 2020. Двухэтажное здание было построено за 62 дня, площадь 4,2 тысячи кв. м, есть отделение компьютерной томографии, стационар на 100 коек, в том числе 12 реанимационных. На момент открытия сеть сообщала, что в Лапино-4 будут работать 130 специалистов, в том числе 30 врачей и 60 человек среднего медицинского персонала.

Как они вообще посмели?

Число пенсионеров в РФ (Росстат):
на 1.01.2020 - 43,546 млн
на 1.04.2020 - 43,519 млн
на 1.07.2020 - 43,554 млн
на 1.10.2020 - 43,340 млн
на 1.01.2021 - 42,977 млн
на 1.04.2021 - 42,598 млн

Finanz комментирует это так:

Из 43,865 млн пенсионеров в начале 2019 года к апрелю 2021-го в стране осталось 42,598 млн. В годовом выражении это уменьшило расходы Пенсионного фонда на выплаты на 240 млрд рублей (при средней пенсии 15778 рублей).

По итогам 2020 года общая смертность в России выросла на 17,9%, до 2,124 млн человек.

В первом квартале 2021-го умерли еще 583,7 тысячи. Рост смертности - на 26,9% в годовом выражении - стал рекордным с массового голода 1947 года.

А знаете, что было 250 лет назад в Москве? Третья волна

У Сергея Шпилькина нашли квинтэссенциальный пример того, что и 250 лет назад в любой непонятной ситуации старания правительств были усиленные и ревностнейшие, а вот простолюдин был не тот и сам себя подвергнул погибели.

Читатель, встретившись с первым в Москве в конце 1770. года открытием заразы осудит справедливо, что видя тогда точно ея действия не употребили охранительных средств, следовавших еще при первом ея появлении. Но таковое осуждение отложит он, нашедши тщетными все усилия и ревностнейшия старания Правительства, спешивших на помощь погибающим жителям, когда сии, а особливо простый народ не верили бытию той опасной болезни и, не приняв собственной осторожности и благоразумных мер к сбережению себя, предалися суеверию, упрямству, корыстолюбию и подвергнули сами себя погибели ; а к сему нещастию присовокупалося и уверение некоторых врачей, кои не простительным образом разглашали, что сия болезнь не есть моровая язва. Мнение сие послужило к посрамлению их : но поздно, а тогда, как уже дали уверение явные знаки язвы, и люди целыми домами в короткое время от прикосновения умирали, и во многих местах мертвые по улицам оказывалися, и когда уже весь ученый свет не мог бы бытия моровой язвы, происходящей от прикосновения к зараженным вещам, опровергнуть. Однакоже неверие простолюдинов, многими подкрепляемое, так сильно было, что признали они моровую язву не прежде, как по нещастию несколько сот человеков в сутки умирало.

Это из знаменитого доклада врача Афанасия Шафонского et al Описание моровой язвы, бывшей в столичном городе Москве с 1770 по 1772 год, с приложением всех для прекращения оной тогда установленных учреждений.

На самом же деле наши давние подписчики вспомнят, что в 1771 году в Москве почти полгода отрицали появление чумы, называя ее "лихорадкой с пятнами": правительство уверяло жителей, что "заразительная горячка" - не чума, Екатерине II доложили о проблеме только после второй вспышки, а от населения масштаб проблемы и смертность скрывали до момента, пока чума не распространилась по всему городу, а число умерших в сутки не превысило тысячу.

Отметим также, что соавтор труда о суеверном, корыстолюбивом, упрямом народе и о ревностнейших стараниях правительства старший медик и генеральный штаб-доктор Московского генерального госпиталя (будущий Госпиталь Бурденко) Шафонский считается одним из тех, кто с первых дней активно боролся не только с чумой, но и с ошибочными подходами к борьбе с эпидемией. Ну а потом стал третьей фамилией в списке авторов летописи государственной мудрости и народного невежества в скорбные годы московской чумы. Классика.

Но есть и хорошие новости! В Москве закончилась вакцина КовиВак.

Как же заебала эта собянинская ситуация с ковидом, которая остается очень сложной.

У кого-то еще остались сомнения, что всё это не про иммунитет, не про защиту, не про борьбу с ростом заболеваемости, а согласно палочного плана по выполнению путинского майского наказа о 60% прививок?