Forwarded from Baza
Первый россиянин, доставивший к нам «британский» штамм ковида – лондонский москвич Александр Долгополов. Парень, по его словам, даже не заметил, что заразился и болезнь переносит совершенно бессимптомно.
Обычно Александр живёт в Лондоне, в Москву приехал по делам. Сдал анализы и так узнал о своём положительном тесте, но врачи не сказали ему, что он – особенный. О том, что он первый россиянин-носитель нового штамма вируса, Саша прочитал в СМИ.
Никаких особенностей в своём лечении и состоянии Александр не заметил, ему прописали противовирусные препараты и заперли дома – на две недели. Его семья тоже заболела ковидом – от него же, так как до получения результатов тестирования Саша успел с ними увидеться.
Англичанин гадит.
Обычно Александр живёт в Лондоне, в Москву приехал по делам. Сдал анализы и так узнал о своём положительном тесте, но врачи не сказали ему, что он – особенный. О том, что он первый россиянин-носитель нового штамма вируса, Саша прочитал в СМИ.
Никаких особенностей в своём лечении и состоянии Александр не заметил, ему прописали противовирусные препараты и заперли дома – на две недели. Его семья тоже заболела ковидом – от него же, так как до получения результатов тестирования Саша успел с ними увидеться.
Англичанин гадит.
@coronamed
Первый россиянин, доставивший к нам «британский» штамм ковида – лондонский москвич Александр Долгополов. Парень, по его словам, даже не заметил, что заразился и болезнь переносит совершенно бессимптомно. Обычно Александр живёт в Лондоне, в Москву приехал…
Скоро год с появления SARS-CoV2 в России, а в карантин хотя бы для въезжающих в страну так никто и не пожелал научиться.
Какая бы новая хрень ни вывелась где угодно в мире - мы встретим её с распростертыми объятьями и обеспечим ей российское гражданство. Dobro pozhalovat!
Какая бы новая хрень ни вывелась где угодно в мире - мы встретим её с распростертыми объятьями и обеспечим ей российское гражданство. Dobro pozhalovat!
Мы уже писали об ускользании коронавируса от иммунного ответа - а между тем в его арсенале есть еще диагностическое и терапевтическое ускользание. Процитируем письмо FDA США от 8 января:
При разработке тест-систем в качестве мишени для амплификации и последующего определения фрагмента РНК вируса выбираются специфические участки гена вируса, по которым тест-система его идентифицирует. Обычно таких мишеней от 1 до 3 (некоторые подробности о зарегистрированных в России наборах можно найти на 11-14 страницах этой презентации).
Если у мутанта есть замена или замены в том участке гена, который диагностикум использует в качестве мишени, то сверив эталонную аминокислотную последовательность и мутантный вариант, тест-система может не распознать вирус.
FDA сообщает уже о двух тест-системах, для которых подтверждено частичное диагностическое ускользание британского варианта:
Комбинированный набор TaqPath COVID-19: чувствительность одной из трех мишеней значительно снижается при наличии в образце определенных мутаций, включая одну из мутаций в недавно идентифицированном варианте B.1.1.7 (UK VOC-202012/01).
Набор Linea COVID-19: чувствительность одной из двух мишеней значительно снижается при наличии в образце определенных мутаций, включая одну из мутаций в недавно идентифицированном варианте B.1.1.7 (UK VOC-202012/01).
FDA считает, что поскольку обе тест-системы ориентированы на несколько генетических мишеней, обнаруженное ускользание не должно повлиять на общую чувствительность тест-систем.
Генетические варианты SARS-CoV-2 могут привести к ложноотрицательным результатам молекулярных тестов для обнаружения SARS-CoV-2.
Присутствие генетических вариантов SARS-CoV-2 в образце пациента может потенциально изменить эффективность теста на SARS-CoV-2. Молекулярные тесты, предназначенные для обнаружения нескольких генетических мишеней SARS-CoV-2, менее подвержены влиянию генетической изменчивости, чем тесты, предназначенные для обнаружения одной генетической мишени.
При разработке тест-систем в качестве мишени для амплификации и последующего определения фрагмента РНК вируса выбираются специфические участки гена вируса, по которым тест-система его идентифицирует. Обычно таких мишеней от 1 до 3 (некоторые подробности о зарегистрированных в России наборах можно найти на 11-14 страницах этой презентации).
Если у мутанта есть замена или замены в том участке гена, который диагностикум использует в качестве мишени, то сверив эталонную аминокислотную последовательность и мутантный вариант, тест-система может не распознать вирус.
FDA сообщает уже о двух тест-системах, для которых подтверждено частичное диагностическое ускользание британского варианта:
Комбинированный набор TaqPath COVID-19: чувствительность одной из трех мишеней значительно снижается при наличии в образце определенных мутаций, включая одну из мутаций в недавно идентифицированном варианте B.1.1.7 (UK VOC-202012/01).
Набор Linea COVID-19: чувствительность одной из двух мишеней значительно снижается при наличии в образце определенных мутаций, включая одну из мутаций в недавно идентифицированном варианте B.1.1.7 (UK VOC-202012/01).
FDA считает, что поскольку обе тест-системы ориентированы на несколько генетических мишеней, обнаруженное ускользание не должно повлиять на общую чувствительность тест-систем.
U.S. Food and Drug Administration
Genetic Variants May Lead to False Negatives with SARS-CoV-2 Molecular
Laboratories should expect some false negative results because the SARS-CoV-2 virus can mutate over time and not be detected.
Немцы меняют резину, не дожидаясь гололёда. С 18 января в Баварии тканевые и хирургические маски объявляются вне закона. По новым правилам в магазинах и в общественном транспорте необходимо будет носить респиратор FFP2/N95.
В отличие от масок, респиратор FFP2/N95 без клапана защищает от заражения и того, кто в нем, и тех, кто его окружает. Номинально этот класс задерживает 95% вирусных частиц, по факту в случае китайских и российских респираторов фильтрующая способность может быть несколько ниже — но все равно в разы выше, чем у хирургических и тканевых масок.
При циклическом использовании комплект из 5 респираторов может прослужить не менее 25 смен (по 5 использований на каждый согласно рекомендациям CDC США). Схема предполагает, что один респиратор носится одну смену, затем убирается на 4 дня для естественной деконтаминации. Каждый респиратор можно использовать до тех пор, пока не возникает проблем с плотностью прилегания и с дыханием — это может быть от 5 до 30 смен, в зависимости от качества респиратора, условий и характера деятельности.
Более заразный британский штамм уже в Москве, вакцинация идет по канону Мертвых душ, распиаренные "лекарства от коронавируса" облегчают бюджет, но не течение ковида. Если вы носили хирургические маски, самое время перейти в баварский режим — и сделать это сейчас, пока респиратор KN95/FFP2 стоит 25, а не 250 или 500 рублей за штуку.
В отличие от масок, респиратор FFP2/N95 без клапана защищает от заражения и того, кто в нем, и тех, кто его окружает. Номинально этот класс задерживает 95% вирусных частиц, по факту в случае китайских и российских респираторов фильтрующая способность может быть несколько ниже — но все равно в разы выше, чем у хирургических и тканевых масок.
При циклическом использовании комплект из 5 респираторов может прослужить не менее 25 смен (по 5 использований на каждый согласно рекомендациям CDC США). Схема предполагает, что один респиратор носится одну смену, затем убирается на 4 дня для естественной деконтаминации. Каждый респиратор можно использовать до тех пор, пока не возникает проблем с плотностью прилегания и с дыханием — это может быть от 5 до 30 смен, в зависимости от качества респиратора, условий и характера деятельности.
Более заразный британский штамм уже в Москве, вакцинация идет по канону Мертвых душ, распиаренные "лекарства от коронавируса" облегчают бюджет, но не течение ковида. Если вы носили хирургические маски, самое время перейти в баварский режим — и сделать это сейчас, пока респиратор KN95/FFP2 стоит 25, а не 250 или 500 рублей за штуку.
Süddeutsche.de
Corona in Bayern: Querdenken-Demos trotz Verbots
Etwa 150 Personen, darunter polizeibekannte Corona-Leugner, versammelten sich in Fürth. Alle Entwicklungen im Newsblog.
Forwarded from Говорит Москва
В Ростовской области выявили 50 повторных случаев заражения коронавирусом. Возраст этих пациентов от 18 до 79 лет.
Глава регионального Роспотребнадзора Евгений Ковалёв напомнил о необходимости носить маски и соблюдать дистанцию.
«Маска, дистанция не отменяются для тех, кто переболел или привился».
https://govoritmoskva.ru/news/259864/
Глава регионального Роспотребнадзора Евгений Ковалёв напомнил о необходимости носить маски и соблюдать дистанцию.
«Маска, дистанция не отменяются для тех, кто переболел или привился».
https://govoritmoskva.ru/news/259864/
Не такие новости мы хотели бы вам рассказывать – но других нет. Новый вариант B.1.1.248 родом из штата Амазонас, Бразилия, имеет 12 мутаций в спайк-белке (у британского варианта их 8, у южноафриканского - 10) и скорее всего ускользает от антительного ответа.
Вариант возник независимо от южноафриканского (501.V2) и британского (B.1.1.7) и распространяется из города Манаус, где осенью предполагали достижение коллективного иммунитета (серопревалентность 76%). С конца осени в Манаусе происходит что-то крайне нехорошее, но о новом варианте миру официально сообщила не Бразилия, страна карнавалов и отбитого ковид-диссидентства, а Япония, обнаружившая его у приехавших из штата Амазонас.
Цитируем сегодняшнюю публикацию Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings
И комментарий профессора Тулио де Оливейра из Университета Квазулу-Натал (он руководит изучением нового южноафриканского варианта) для The Telegraph:
Допьем кофе и выложим большой пост о том, что происходило в Манаусе весной, что творится там сейчас, насколько плох амазонский ковид и какие у нас в свете этого выводы и прогнозы.
Вариант возник независимо от южноафриканского (501.V2) и британского (B.1.1.7) и распространяется из города Манаус, где осенью предполагали достижение коллективного иммунитета (серопревалентность 76%). С конца осени в Манаусе происходит что-то крайне нехорошее, но о новом варианте миру официально сообщила не Бразилия, страна карнавалов и отбитого ковид-диссидентства, а Япония, обнаружившая его у приехавших из штата Амазонас.
Цитируем сегодняшнюю публикацию Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings
Мы обнаружили новый вариант, циркулирующий в декабре в Манаусе, штат Амазонас, север Бразилии. Новая линия, названная P.1 (потомок B.1.1.28), содержит уникальное созвездие мутаций, включая несколько мутаций известной биологической важности, таких как E484K, K417T и N501Y. Важно отметить, что линия P.1 была идентифицирована в 42% (13 из 31) положительных образцов ОТ-ПЦР, собранных в период с 15 по 23 декабря, но отсутствовала в 26 изолятах, собранных в Манаусе с марта по ноябрь 2020 года. Недавнее появление вариантов с множественными общими мутациями в спайке вызывает озабоченность по поводу конвергентной эволюции к новому фенотипу, потенциально связанной с повышенной склонностью к повторному заражению людей.
И комментарий профессора Тулио де Оливейра из Университета Квазулу-Натал (он руководит изучением нового южноафриканского варианта) для The Telegraph:
Мы знаем, что B.1.1.248 имеет одну мутацию, которая является общей с вариантом в Великобритании и Южной Африке, и это мутация в позиции N501Y. Это одна из мутаций, которая ... связана с быстрой передачей.
Штаммы, идентифицированные в Бразилии и Южной Африке, также имеют мутацию под названием E484K, которая
связана со снижением нейтрализации антителами – это означает, что вариант может избегать антительного ответа.
Большую тревогу вызывает тот факт, что эти три варианта развивались отдельно в разных частях мира, но имеют схожие мутации.
Допьем кофе и выложим большой пост о том, что происходило в Манаусе весной, что творится там сейчас, насколько плох амазонский ковид и какие у нас в свете этого выводы и прогнозы.
Virological
Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings
Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings Nuno R. Faria1,2,3, Ingra Morales Claro3,4, Darlan Candido2,3, Lucas A. Moyses Franco3,4, Pamela S. Andrade3,4, Thais M. Coletti3,4, Camila A. M. Silva3,4, Flavia…
Данные на 12 января, госпитализации по поводу COVID-19 в соответствии с датой госпитализации в штате Амазонас (верхний график) и в городе Манаус (нижний график)
Итак, подтвердился новый штамм в бразильском Манаусе – том самом городе в Амазонии, где "все переболели" - якобы 76% населения к октябрю имело контакт с вирусом.
В штате Амазонас живет 4 миллиона, 2 из них могут добраться до Манауса, где есть стационары, только по рекам Риу-Негру и Амазонке, набившись в лодки. Город является зоной свободной торговли с международным аэропортом, что означает завоз штаммов извне: так, в Манаусе ранее обнаруживались 4 штамма SARS-CoV2 из Колумбии, Дании и Великобритании, которые не были идентифицированы больше нигде в Бразилии. А ещё в дождевых лесах Амазонии крупнейший анклав диких летучих мышей. Что могло пойти не так?
Первый случай инфекции в Манаусе был выявлен 13 марта. К концу апреля по официальным данным в штате умирало от ковида по 50 человек в день, но поскольку тестирование было ограниченным, а ковид часто классифицировался как респираторное заболевание, эксперты предполагают, что в штате было в 5 раз больше инфекций и в 2 раза больше смертей. Власти хоронили умерших в братских могилах.
Медсестра Франсинет Симоэнс из центра неотложной помощи при ковиде:
Эти же многие люди не верили, что ковид снова придёт в город, который так сильно пострадал от первой волны – особенно с учетом данных о 76% переболевших. Такими данными всех оптимистов обеспечили ученые, которые в погоне за славой часто не ведают, что творят.
Группа из Института тропической медицины Университета СанПаулу в сентябре выложила препринт исследования COVID-19 herd immunity in the Brazilian Amazon. Они протестировали на антитела пробы донорской крови, сданные в каждом месяце с февраля по август в Манаусе и Сан-Паулу. Опираясь на сомнительные методики расчета, авторы работы вывели доли переболевших по состоянию на август 66,1% для Манауса и 22,4% для Сан-Паулу (теоретический порог коллективного иммунитета при R0=2.5 они оценили в ~60%).
К декабрю они доработали исследование и выложили его с новым заголовком Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic и ещё более жизнеутверждающим выводом:
Некоторые эксперты говорили о том, что работа не выдерживает критики, что доноры крови с любыми математическими поправками не являются репрезентативной выборкой, что перспектива бесплатного тестирования на COVID-19 при сдаче крови побуждала к донорству именно переболевших и контактных, что центр крови сотрудничал с Uber и предлагал скидку донорам, едущим сдавать кровь, и вся эта аналитика ровным счетом никуда не годится – но дело было сделано: новости о коллективном иммунитете разошлись по городу, на их основе политики приняли решение об ослаблении ограничений, а население в одностороннем порядке объявило эпидемию оконченной, вернувшись в рестораны, на пляжи и рейвы.
По данным Brasil.io, на 1 сентября 2020 семидневное скользящее среднее для новых инфекций в штате Амазонас составляло 565. К 1 октября этот средний показатель вырос до 850.
Однако когда The Telegraph взял комментарий у заместителя главы департамента здравоохранения штата Амазонас доктора Талеса Шинкариола, тот объяснил, что второй волны нет и не ожидается:
TBC⬇️
В штате Амазонас живет 4 миллиона, 2 из них могут добраться до Манауса, где есть стационары, только по рекам Риу-Негру и Амазонке, набившись в лодки. Город является зоной свободной торговли с международным аэропортом, что означает завоз штаммов извне: так, в Манаусе ранее обнаруживались 4 штамма SARS-CoV2 из Колумбии, Дании и Великобритании, которые не были идентифицированы больше нигде в Бразилии. А ещё в дождевых лесах Амазонии крупнейший анклав диких летучих мышей. Что могло пойти не так?
Первый случай инфекции в Манаусе был выявлен 13 марта. К концу апреля по официальным данным в штате умирало от ковида по 50 человек в день, но поскольку тестирование было ограниченным, а ковид часто классифицировался как респираторное заболевание, эксперты предполагают, что в штате было в 5 раз больше инфекций и в 2 раза больше смертей. Власти хоронили умерших в братских могилах.
Медсестра Франсинет Симоэнс из центра неотложной помощи при ковиде:
Многие люди не верили, что пандемия реальна. Манаус - это оплот избирателей президента Бразилии Жаира Болсонару, который неоднократно отвергал COVID-19 как «маленький грипп».
Эти же многие люди не верили, что ковид снова придёт в город, который так сильно пострадал от первой волны – особенно с учетом данных о 76% переболевших. Такими данными всех оптимистов обеспечили ученые, которые в погоне за славой часто не ведают, что творят.
Группа из Института тропической медицины Университета СанПаулу в сентябре выложила препринт исследования COVID-19 herd immunity in the Brazilian Amazon. Они протестировали на антитела пробы донорской крови, сданные в каждом месяце с февраля по август в Манаусе и Сан-Паулу. Опираясь на сомнительные методики расчета, авторы работы вывели доли переболевших по состоянию на август 66,1% для Манауса и 22,4% для Сан-Паулу (теоретический порог коллективного иммунитета при R0=2.5 они оценили в ~60%).
К декабрю они доработали исследование и выложили его с новым заголовком Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic и ещё более жизнеутверждающим выводом:
С поправкой на случаи без определяемого уровня антител и на снижение титра антител со временем, мы оцениваем attack rate (долю переболевших) в 66% в июне и в 76% в октябре.
Некоторые эксперты говорили о том, что работа не выдерживает критики, что доноры крови с любыми математическими поправками не являются репрезентативной выборкой, что перспектива бесплатного тестирования на COVID-19 при сдаче крови побуждала к донорству именно переболевших и контактных, что центр крови сотрудничал с Uber и предлагал скидку донорам, едущим сдавать кровь, и вся эта аналитика ровным счетом никуда не годится – но дело было сделано: новости о коллективном иммунитете разошлись по городу, на их основе политики приняли решение об ослаблении ограничений, а население в одностороннем порядке объявило эпидемию оконченной, вернувшись в рестораны, на пляжи и рейвы.
По данным Brasil.io, на 1 сентября 2020 семидневное скользящее среднее для новых инфекций в штате Амазонас составляло 565. К 1 октября этот средний показатель вырос до 850.
Однако когда The Telegraph взял комментарий у заместителя главы департамента здравоохранения штата Амазонас доктора Талеса Шинкариола, тот объяснил, что второй волны нет и не ожидается:
В Амазонасе высокий уровень сопутствующих заболеваний, включая диабет и гипертонию, что усугубляет течение инфекции - не случайно, все четыре пациента, находящиеся сейчас в ОРИТ ковидного госпиталя Delphina Aziz страдают ожирением.
Разумеется, мне некомфортно от того, что вирус все еще в популяции, но исследования показывают, что две трети Манауса уже переболели. Мы не знаем точного порога коллективного иммунитета, но поскольку мы перешли 50% отметку, второй волны мы не ожидаем.
TBC⬇️
medRxiv
COVID-19 herd immunity in the Brazilian Amazon
The herd immunity threshold is the proportion of a population that must be immune to an infectious disease, either by natural infection or vaccination such that, in the absence of additional preventative measures, new cases decline and the effective reproduction…
Хочешь насмешить Бога – расскажи ему о коллективном иммунитете от SARS-CoV2 (Шинкариол, кстати, уволился в октябре).
В ноябре в штате Амазонас проходили местные выборы: у выборов в некоторых странах есть суперспособность под названием "плато", которой они останавливают рост заболеваемости. После наступил рождественский сезон (кстати, в Бразилии сейчас лето), а в конце декабря плато сломалось и в официальной статистике по Манаусу образовался резкий рост числа заболевших.
Правительство штата сообщило, что у них всё под контролем (процитируем заявление, потому что оно удивительно напоминает другие заявления другого правительства про пресвятые койки и магически тасуемые ловкими руками проценты):
С 26 декабря губернатор штата попытался приостановить до 10 января работу торговых центров, дебаркадеров, общепита и магазинов, кроме продажи товаров первой необходимости, а также запретил массовые мероприятия в общественных местах, клубах и кондоминиумах. Правда, параллельно министр туризма Бразилии разрешил празднования до 300 человек, а малый бизнес Манауса вышел на митинги - петь гимн и скандировать "Мы хотим работать" - так что губернатор отменил постановление, потом снова его утвердил, а после Нового года объявил 180-дневное чрезвычайное положение. Все это, судя по СМИ и соцсетям, никем толком не соблюдается.
Тем временем в период с 1 по 9 января 2021 в Манаусе зафиксировано 1524 госпитализации с Covid-19 – больше, чем за весь декабрь 2020 (1371 госпитализация). Поскольку официальная ковидная статистика упускает значительную часть случаев, для оценки динамики смертности в Бразилии используют данные о захоронениях: 6 января в Манаусе было захоронено 110 человек, а уже 10 января число захоронений составило 144.
Среднее число похорон в день выросло почти на 90% за 15 дней, начиная с последней недели декабря, и вернулось к значениям худших недель весенней волны. Скорые перегружены, больницы перегружены, военные везут в Манаус кислород из соседних штатов, система не может развернуть дополнительные 392 ковидные койки, потому что нет врачей.
Что еще хуже для всех – нет информации. Нет данных об особенностях клиники амазонского ковида, нет данных об иммунном статусе заболевших (происходят ли реинфекции или всё же болеют те, кого ковид обошел стороной в первую волну), да что там – даже описание нового штамма бразильские ученые выложили уже после того, как в воскресенье об амазонском варианте официально сообщила Япония.
И хотите знать, что делает правительство? Вчера Болсонару заявил, что федеральному правительству необходимо вмешаться в ситуацию в Манаусе, потому что город не организовал лечение ковида на ранней стадии болезни. Следом в департамент здравоохранения Манауса пришло письмо из Минздрава, в котором тот требует немедленно начать распространение информации о препаратах раннего лечения COVID-19 среди населения. Препараты раннего лечения, чтобы вы понимали – это гидроксихлорохин.
Трудно найти столь же подходящие условия для выведения и распространения злоебучего ускользающего мутанта — однако мы знаем ещё один очень, очень, очень похожий сеттинг, где все бесконтрольно переболевают, ограничительные меры формальность, а власти уверены, что подтасовка статистики и перетасовка коек позволит дотянуть до спасительного коллективного иммунитета.
TBC⬇
В ноябре в штате Амазонас проходили местные выборы: у выборов в некоторых странах есть суперспособность под названием "плато", которой они останавливают рост заболеваемости. После наступил рождественский сезон (кстати, в Бразилии сейчас лето), а в конце декабря плато сломалось и в официальной статистике по Манаусу образовался резкий рост числа заболевших.
Правительство штата сообщило, что у них всё под контролем (процитируем заявление, потому что оно удивительно напоминает другие заявления другого правительства про пресвятые койки и магически тасуемые ловкими руками проценты):
С октября 2020 года мы работаем над планом действий на случай возобновления эпидемии ковида. За два месяца правительство штата Амазонас увеличило число коек для лечения Covid-19 в системе здравоохранения штата на 141%. В отделении интенсивной терапии количество коек увеличено на 139%.
С 26 декабря губернатор штата попытался приостановить до 10 января работу торговых центров, дебаркадеров, общепита и магазинов, кроме продажи товаров первой необходимости, а также запретил массовые мероприятия в общественных местах, клубах и кондоминиумах. Правда, параллельно министр туризма Бразилии разрешил празднования до 300 человек, а малый бизнес Манауса вышел на митинги - петь гимн и скандировать "Мы хотим работать" - так что губернатор отменил постановление, потом снова его утвердил, а после Нового года объявил 180-дневное чрезвычайное положение. Все это, судя по СМИ и соцсетям, никем толком не соблюдается.
Тем временем в период с 1 по 9 января 2021 в Манаусе зафиксировано 1524 госпитализации с Covid-19 – больше, чем за весь декабрь 2020 (1371 госпитализация). Поскольку официальная ковидная статистика упускает значительную часть случаев, для оценки динамики смертности в Бразилии используют данные о захоронениях: 6 января в Манаусе было захоронено 110 человек, а уже 10 января число захоронений составило 144.
Среднее число похорон в день выросло почти на 90% за 15 дней, начиная с последней недели декабря, и вернулось к значениям худших недель весенней волны. Скорые перегружены, больницы перегружены, военные везут в Манаус кислород из соседних штатов, система не может развернуть дополнительные 392 ковидные койки, потому что нет врачей.
Что еще хуже для всех – нет информации. Нет данных об особенностях клиники амазонского ковида, нет данных об иммунном статусе заболевших (происходят ли реинфекции или всё же болеют те, кого ковид обошел стороной в первую волну), да что там – даже описание нового штамма бразильские ученые выложили уже после того, как в воскресенье об амазонском варианте официально сообщила Япония.
И хотите знать, что делает правительство? Вчера Болсонару заявил, что федеральному правительству необходимо вмешаться в ситуацию в Манаусе, потому что город не организовал лечение ковида на ранней стадии болезни. Следом в департамент здравоохранения Манауса пришло письмо из Минздрава, в котором тот требует немедленно начать распространение информации о препаратах раннего лечения COVID-19 среди населения. Препараты раннего лечения, чтобы вы понимали – это гидроксихлорохин.
Трудно найти столь же подходящие условия для выведения и распространения злоебучего ускользающего мутанта — однако мы знаем ещё один очень, очень, очень похожий сеттинг, где все бесконтрольно переболевают, ограничительные меры формальность, а власти уверены, что подтасовка статистики и перетасовка коек позволит дотянуть до спасительного коллективного иммунитета.
TBC⬇
Telegram
@coronamed
Итак, подтвердился новый штамм в бразильском Манаусе – том самом городе в Амазонии, где "все переболели" - якобы 76% населения к октябрю имело контакт с вирусом.
В штате Амазонас живет 4 миллиона, 2 из них могут добраться до Манауса, где есть стационары…
В штате Амазонас живет 4 миллиона, 2 из них могут добраться до Манауса, где есть стационары…
У британского, южноафриканского и амазонского вариантов 5 пересекающихся мутаций: 4 из них – в спайк-белке. Замены E484K и N501Y в рецептор-связывающем мотиве RBM рецептор-связывающего домена RBD есть и у амазонского, и у южноафриканского мутантов.
Замена E484K ассоциирована с ускользанием от нейтрализующих антител: эта мутация сейчас циркулирует по всей Бразилии, она также была обнаружена в случае повторного заражения в Сальвадоре, штат Баия. Частота E484K в линии B.1.1.28 составила 13%, частота E484K в линии P.1 составляет 100% (6 из 6 геномов с информацией в интересующей позиции).
Замена N501Y ассоциирована с улучшенным связыванием вируса с клеткой и вариантами на более длинных ветвях филогенетического дерева. Эта мутация присутствует в линии P.1, но прежде не обнаруживалась в Бразилии, за исключением двух случаев из отдельной линии B.1.1.7 и одной последовательности B.1 из северо-восточной Бразилии. Частота N501Y в линии P.1 составляет 100% (7 из 7 геномов с информацией в интересующей позиции).
Что ж, всё сходится: N501Y способствует лучшему связыванию коронавируса и увеличивает контагиозность, обеспечивая взрывной рост числа случаев, а E484K снижает эффективность нейтрализующих антител, открывая вирусу возможность повторно заражать переболевших.
А изменилось ли протекание ковида - вкрадчиво спрашиваем мы? И вкрадчиво отвечаем вот что:
Из заявления японцев мы знаем, что 4 ков+ пациента из штата Амазонас прибыли в токийский аэропорт Ханеда 2 января, были протестированы и помещены в карантин, а их биоматериал был направлен на секвенирование (Национальный институт инфекционных заболеваний Японии анализирует геномы вируса в образцах всех прибывших в страну ков+ пациентов).
По-видимому, это семья: мужчина 40+, женщина 30+ и два ребенка 10+. На момент тестирования симптомы были только у женщины (боль в горле, головная боль) и у мальчика (высокая температура) - но уже в карантине мужчина резко ухудшился (респираторные симптомы) и ему потребовалась госпитализация.
В комментариях врачей, подсмотренных на просторах фейсбука, мы тоже нашли кое-что о резком ухудшении:
А знаете, где ещё мы видели быстро развивающееся тяжёлое поражение лёгких? В описании ADE у животных после вакцинации против SARS-CoV1 и MERS.
Мы как-то писали о том, что при определенных условиях инфекционный процесс может усиливаться в присутствии вирусспецифических антител - перечитайте тот наш пост, а еще лучше, шикарную статью Антителозависимое усиление инфекции в Википедии. Разве не похоже?
Мы были бы рады не возвращаться к теме ADE снова и снова, не тревожить переболевших, не ставить под сомнение долгосрочную безопасность вакцинированных - но для этого нужно больше данных. Да что там , хватило бы одного хорошего обзора случаев реинфекции с оценкой частоты более тяжёлого течения при повторном ковиде, с анализом иммунного статуса пациентов в отношении SARS-CoV2, с описанием клинических случаев.
Но вместо данных мы собираем по боевым листкам джунглей и соцсетям незнакомых людей непроверенные крохи информации, пытаясь понять, с чем имеем дело. И что ещё остаётся делать, если нас уже третий раз за месяц ставят перед фактом распространения опасного мутанта, которого профильные организации и научное сообщество не смогли не то что предсказать - хотя бы просто вовремя обнаружить.
Характеристики этих мутантов оцениваются на глазок, по популяционные данным, то есть по искаженной и вечно запаздывающей ковидной статистике: вроде все активно заражаются - значит, мутант более заразный, а если все начнут активно умирать - значит, мутант более летальный, а если вакцинированные начнут болеть - ну тогда, значит, мутант ускользает от поствакцинального иммунитета. Если бы мы знали, что это такое - мы не знаем, что это такое.
Добро пожаловать в науку сезона осень-зима 2020-21.
А изменилось ли протекание ковида - вкрадчиво спрашиваем мы? И вкрадчиво отвечаем вот что:
Из заявления японцев мы знаем, что 4 ков+ пациента из штата Амазонас прибыли в токийский аэропорт Ханеда 2 января, были протестированы и помещены в карантин, а их биоматериал был направлен на секвенирование (Национальный институт инфекционных заболеваний Японии анализирует геномы вируса в образцах всех прибывших в страну ков+ пациентов).
По-видимому, это семья: мужчина 40+, женщина 30+ и два ребенка 10+. На момент тестирования симптомы были только у женщины (боль в горле, головная боль) и у мальчика (высокая температура) - но уже в карантине мужчина резко ухудшился (респираторные симптомы) и ему потребовалась госпитализация.
В комментариях врачей, подсмотренных на просторах фейсбука, мы тоже нашли кое-что о резком ухудшении:
С новым штаммом [прежний протокол] плохо работает.
Манаус: высокая заболеваемость, матовое стекло уже на 2–3 день симптомов, не реагирует на кортикоид per os, только на внутривенный.
Со 2–3 дня симптомов уже фаза 2А-2В, до 80% матового стекла у молодых, без сопутствующих заболеваний. Отвечает лишь на пульс-дозы кортикоида.
А знаете, где ещё мы видели быстро развивающееся тяжёлое поражение лёгких? В описании ADE у животных после вакцинации против SARS-CoV1 и MERS.
Мы как-то писали о том, что при определенных условиях инфекционный процесс может усиливаться в присутствии вирусспецифических антител - перечитайте тот наш пост, а еще лучше, шикарную статью Антителозависимое усиление инфекции в Википедии. Разве не похоже?
Мы были бы рады не возвращаться к теме ADE снова и снова, не тревожить переболевших, не ставить под сомнение долгосрочную безопасность вакцинированных - но для этого нужно больше данных. Да что там , хватило бы одного хорошего обзора случаев реинфекции с оценкой частоты более тяжёлого течения при повторном ковиде, с анализом иммунного статуса пациентов в отношении SARS-CoV2, с описанием клинических случаев.
Но вместо данных мы собираем по боевым листкам джунглей и соцсетям незнакомых людей непроверенные крохи информации, пытаясь понять, с чем имеем дело. И что ещё остаётся делать, если нас уже третий раз за месяц ставят перед фактом распространения опасного мутанта, которого профильные организации и научное сообщество не смогли не то что предсказать - хотя бы просто вовремя обнаружить.
Характеристики этих мутантов оцениваются на глазок, по популяционные данным, то есть по искаженной и вечно запаздывающей ковидной статистике: вроде все активно заражаются - значит, мутант более заразный, а если все начнут активно умирать - значит, мутант более летальный, а если вакцинированные начнут болеть - ну тогда, значит, мутант ускользает от поствакцинального иммунитета. Если бы мы знали, что это такое - мы не знаем, что это такое.
Добро пожаловать в науку сезона осень-зима 2020-21.
Telegram
@coronamed
Вам еще не знакома аббревиатура ADE?
Антителозависимое усиление инфекции (antibody-dependent enhancement, ADE) — феномен, при котором инфекционный процесс усиливается в присутствии антител, специфических к патогену.
Связывание вируса с вирусспецифическим…
Антителозависимое усиление инфекции (antibody-dependent enhancement, ADE) — феномен, при котором инфекционный процесс усиливается в присутствии антител, специфических к патогену.
Связывание вируса с вирусспецифическим…
И обещанные выводы (осторожно, духота):
Год назад часть человечества сильно проебалась с коронавирусом.
Пока в одной части света перестраховщики, в недавнем прошлом сталкивавшиеся с SARS-CoV1, MERS и разными неприятными гриппами, сидели в локдауне, натянув на себя маски — в других решили, что им нечего бояться. В доказательство этого всё приданое западного мира было извлечено из сундуков с нафталином: и испанка, и оспа с чумой, и даже корь, которую в последнее время часто приводят в пример как доказательство эффективности вакцинации от коронавируса (лол, что?). Всё-то мы, самонадеянные белые болваны, пережили, со всем-то мы справились — надо просто не паниковать, переболеть, привиться. Ну что, как успехи?
Месяц назад часть человечества сильно проебалась с новыми вариантами коронавируса.
Отрицать закон снижающейся вирулентности и коллективный иммунитет, говорить об эволюции ускользания, об опасности бесконтрольного распространения SARS-CoV2 в популяции с частичным, нестерилизующим иммунитетом было максимально маргинально и прОклято весь прошлый год — мейнстрим утверждал, что вирус мутирует в благоприятную для хозяина сторону и медленно, а вероятность возникновения опасного сочетания мутаций ничтожна. Ну что, как успехи?
Человечество разменяло трудный дар предвидения на лёгкое счастье плыть по течению. Моделировать плохие сценарии — удел маргиналов. Высказывать опасения — удел паникеров. Мир ведёт себя как ленивый, циничный участковый: “Вот убьют — тогда и приходите”.
В манаусской выборке из 31 образца, взятого с 15 по 23 декабря, 42% приходится на новый вариант B.1.1.248. Все образцы получены из частных лабораторий, то есть новый вариант распространен в состоятельной прослойке — это означает, что богатые жители Манауса уже разнесли новый вариант по Бразилии и за её пределы. Что, если мы в присказке, а сказка впереди?
Вы, возможно, думаете, что пресловутая испанка выпрыгнула в марте 1918 из траншей Первой мировой без какой-либо предыстории? Вообще-то нет. Есть убедительные подтверждения того, что она или её прекурсор ещё зимой 1915–16 куролесили в военном госпитале в Этапле (пропускная способность 100 000 человек день) — но даже если история испанки началась не там, то совершенно точно тогда, в 1915–1916.
Большая эпидемия, как и большая война — это всегда упущенные сигналы, это проигнорированные знаки надвигающейся беды.
Год назад часть человечества сильно проебалась с коронавирусом.
Пока в одной части света перестраховщики, в недавнем прошлом сталкивавшиеся с SARS-CoV1, MERS и разными неприятными гриппами, сидели в локдауне, натянув на себя маски — в других решили, что им нечего бояться. В доказательство этого всё приданое западного мира было извлечено из сундуков с нафталином: и испанка, и оспа с чумой, и даже корь, которую в последнее время часто приводят в пример как доказательство эффективности вакцинации от коронавируса (лол, что?). Всё-то мы, самонадеянные белые болваны, пережили, со всем-то мы справились — надо просто не паниковать, переболеть, привиться. Ну что, как успехи?
Месяц назад часть человечества сильно проебалась с новыми вариантами коронавируса.
Отрицать закон снижающейся вирулентности и коллективный иммунитет, говорить об эволюции ускользания, об опасности бесконтрольного распространения SARS-CoV2 в популяции с частичным, нестерилизующим иммунитетом было максимально маргинально и прОклято весь прошлый год — мейнстрим утверждал, что вирус мутирует в благоприятную для хозяина сторону и медленно, а вероятность возникновения опасного сочетания мутаций ничтожна. Ну что, как успехи?
Человечество разменяло трудный дар предвидения на лёгкое счастье плыть по течению. Моделировать плохие сценарии — удел маргиналов. Высказывать опасения — удел паникеров. Мир ведёт себя как ленивый, циничный участковый: “Вот убьют — тогда и приходите”.
В манаусской выборке из 31 образца, взятого с 15 по 23 декабря, 42% приходится на новый вариант B.1.1.248. Все образцы получены из частных лабораторий, то есть новый вариант распространен в состоятельной прослойке — это означает, что богатые жители Манауса уже разнесли новый вариант по Бразилии и за её пределы. Что, если мы в присказке, а сказка впереди?
Вы, возможно, думаете, что пресловутая испанка выпрыгнула в марте 1918 из траншей Первой мировой без какой-либо предыстории? Вообще-то нет. Есть убедительные подтверждения того, что она или её прекурсор ещё зимой 1915–16 куролесили в военном госпитале в Этапле (пропускная способность 100 000 человек день) — но даже если история испанки началась не там, то совершенно точно тогда, в 1915–1916.
Большая эпидемия, как и большая война — это всегда упущенные сигналы, это проигнорированные знаки надвигающейся беды.
Секвенирование полных геномов SARS-CoV2 как система —всеобщее, единообразное, репрезентативное (хотя бы по тепловой карте населения) могло бы обеспечить раннее выявление более патогенных или ускользающих мутантов, где бы они ни появились.
Тщательное изучение реинфекций, в особенности тех, которые приводят к более тяжелому заболеванию при повторном заражении, могло бы либо исключить, либо выявить на раннем этапе и предупредить проблему ADE.
Только вот на глобальном, межгосударственном уровне этого до сих пор не делается, и не сделается, потому что ВОЗ — профанация, вне её сотрудничества между ЦКЗ/потребнадзорами разных стран нет, потенциальные спонсоры проекта глобального мониторинга генетической изменчивости коронавируса сосредоточены на чипизации человечества, а политически мир разобщён больше, чем когда-либо.
В подавляющем большинстве стран этого не делается даже на государственном уровне. Россия по состоянию на 9 января загрузила в GISAID 2 004 генома, собранных в период с марта по ноябрь 2020 — 0,5% от всей базы в 361 000 геномов. Основную часть работы выполняет созданный летом прошлого года на базе НИИ гриппа Российский консорциум по секвенированию геномов коронавирусов: по последним отчетам, сейчас он собирает данные из 36 регионов РФ. Для страны, где вирус активно распространяется по популяции, где чрезвычайно высок риск эволюции вируса в сторону повышения трансмиссивности или(и) ускользания от антител, Россия секвенирует слишком мало, слишком выборочно, слишком запоздало. С другой стороны, бессистемное секвенирование ради секвенирования тоже не решение — посмотрите на Великобританию, которая загружает геномы в GISAID десятками тысяч, но упустила своего кентского мутанта.
Мы конечно же ничего не изменим этими простынями текста — просто разделите с нами, если хотите, печаль о том, что все делается через жопу.
7 августа 1974 года Филипп Пети без страховки прошёл по канату, натянутому между Северной и Южной башнями-близнецами Всемирного торгового центра в Нью-Йорке на высоте 450 метров. Он прошёл туда-сюда 8 раз — но потом решил, что не следует искушать судьбу, и спустился.
Мир пока что спускаться вниз не надумал.
Все посты об амазонском варианте здесь
Тщательное изучение реинфекций, в особенности тех, которые приводят к более тяжелому заболеванию при повторном заражении, могло бы либо исключить, либо выявить на раннем этапе и предупредить проблему ADE.
Только вот на глобальном, межгосударственном уровне этого до сих пор не делается, и не сделается, потому что ВОЗ — профанация, вне её сотрудничества между ЦКЗ/потребнадзорами разных стран нет, потенциальные спонсоры проекта глобального мониторинга генетической изменчивости коронавируса сосредоточены на чипизации человечества, а политически мир разобщён больше, чем когда-либо.
В подавляющем большинстве стран этого не делается даже на государственном уровне. Россия по состоянию на 9 января загрузила в GISAID 2 004 генома, собранных в период с марта по ноябрь 2020 — 0,5% от всей базы в 361 000 геномов. Основную часть работы выполняет созданный летом прошлого года на базе НИИ гриппа Российский консорциум по секвенированию геномов коронавирусов: по последним отчетам, сейчас он собирает данные из 36 регионов РФ. Для страны, где вирус активно распространяется по популяции, где чрезвычайно высок риск эволюции вируса в сторону повышения трансмиссивности или(и) ускользания от антител, Россия секвенирует слишком мало, слишком выборочно, слишком запоздало. С другой стороны, бессистемное секвенирование ради секвенирования тоже не решение — посмотрите на Великобританию, которая загружает геномы в GISAID десятками тысяч, но упустила своего кентского мутанта.
Мы конечно же ничего не изменим этими простынями текста — просто разделите с нами, если хотите, печаль о том, что все делается через жопу.
7 августа 1974 года Филипп Пети без страховки прошёл по канату, натянутому между Северной и Южной башнями-близнецами Всемирного торгового центра в Нью-Йорке на высоте 450 метров. Он прошёл туда-сюда 8 раз — но потом решил, что не следует искушать судьбу, и спустился.
Мир пока что спускаться вниз не надумал.
Все посты об амазонском варианте здесь
www.corgi.center
CoRGI | Российский консорциум по секвенированию геномов коронавирусов
Российский консорциум по секвенированию геномов коронавирусов (CoRGI), задача которого состоит в оперативной расшифровке геномов коронавируса SARS-CoV-2, циркулирующих на территории России с целью мониторинга за изменчивостью вируса.
Норвегия сообщает о смерти 23 человек, привитых вакциной Pfizer/BioNTech.
Вакцинация от коронавируса препаратом компании Pfizer в Норвегии началась 27 декабря. За две недели по 11 января Норвегия вакцинировала препаратом Pfizer/BioNTech 20 846 человек.
Cообщаем о 23 случаях смерти в связи с вакцинацией. На данный момент 13 из них прошли оценку. Общие побочные эффекты могли способствовать тяжелому течению болезни у ослабленных пожилых людей.
Все сообщения о случаях смерти после вакцинации тщательно рассматриваются.
Сигурд Хортемо, главный врач Норвежского агентства по лекарствам: "Отчеты могут указывать на то, что общие побочные эффекты от мРНК-вакцин, такие как высокая температура и тошнота, могли привести к смерти некоторых ослабленных пациентов".
Норвежское агентство по лекарственным средствам и Национальный институт общественного здравоохранения совместно оценивают все сообщения о побочных эффектах. В результате Национальный институт общественного здравоохранения изменил руководство по вакцинации от коронавируса, добавив новые рекомендации по вакцинации ослабленных пожилых людей.
Вакцинация от коронавируса препаратом компании Pfizer в Норвегии началась 27 декабря. За две недели по 11 января Норвегия вакцинировала препаратом Pfizer/BioNTech 20 846 человек.
Утренний Собянин:
Вечерний Собянин:
С другой стороны, ощутимого снижения уровня госпитализации пока не произошло. В больницах по-прежнему находится свыше 13 тысяч человек – столько же, сколько и накануне праздников.
Вечерний Собянин:
Серьезное снижение заболеваемости коронавирусом и госпитализаций зафиксировано в Москве в новогодние праздники.
Forwarded from ТАСС
⚡️В Москве разрабатывают систему послаблений для переболевших ковидом, заявил Собянин.
О, смотрите, пиарщики Спутника нашли лучший способ на свете, чтобы бесплатно пропиарить и свой твиттер, и свой телеграм.
Хорошая работа, вот бы с логистикой было так же
Хорошая работа, вот бы с логистикой было так же
Собрали все посты об амазонском варианте в один лонгрид на Медиуме⬇️
Medium
Амазонский вариант B.1.1.248
Не такие новости мы хотели бы вам рассказывать — но других нет. Новый вариант B.1.1.248 родом из штата Амазонас, Бразилия, имеет 12…
Forwarded from Znak.com
В больнице Омска покончил с собой 47-летний пациент, которого лечили от коронавируса, сообщили местные СМИ. В региональном минздраве подтвердили эту информацию.
«Самоубийства заболевших или перенесших COVID-19 связаны не с социальными проблемами, а с физиологическими: нарушается работа головного мозга», - сказали в министерстве.
«Самоубийства заболевших или перенесших COVID-19 связаны не с социальными проблемами, а с физиологическими: нарушается работа головного мозга», - сказали в министерстве.