Молодым коллегам, ординаторам – про успешный успех (и в конце новость, которой я очень рада!)
Не знаю, как написать пост, чтобы не получилось скромное «не хочу хвастаться, но вот вам стопицот поводов офигеть от того, какая я крутая». Но у меня правда очень хорошие новости, и мне не терпится поделиться :)
Твой успех как специалиста отражает твоя востребованность на рынке труда. Лично я почувствовала это тогда, когда прежнее место работы меня перестало устраивать по личным причинам. Приятно, что свое решение я сразу обсудила с BostonGene и там меня поддержали. После этого я написала пост в FB про то, что я заканчиваю сотрудничество с прежней клиникой, и вдруг получила сразу четыре симпатичных мне оффера. Представляете, сразу ЧЕТЫРЕ оффера от людей, с которыми бы я была счастлива работать! (Жаль, что я не была в поиске работы.)
Успешный успех состоялся😅 И я уверена, что на меня сработало не резюме на hh, а вот что: два предложения были от коллег, с которыми мне сложилось работать – очень приятно, что, очевидно, эти люди видели меня в работе и хотели бы видеть меня в своей команде. Это про hard skills. Но другие два предложения были от работодателей, которые никогда меня не знали как химиотерапевта, но они читали мой телеграм-канал, твиттер, инста. И это важно, потому что это – про самопрезентацию. Люди, которым бы не были близки мои взгляды, никогда бы не стали читать то, что я здесь пишу.
Вывод для молодых коллег: ведите соцсети, читайте тех, кто вам нравится. Это создаст подходящую среду. У меня до сих пор не получается в супер-профильный блог, у меня не получается (и я не стремлюсь) продавать свои услуги, но против моего котика и хаски еще никто не устоял. (Доктор, у которого живет хаски, не может быть плохим!)
Но вы – это ваша самопрезентация и окружение. Меня это привело к тому, что сейчас я буду работать с людьми, взгляды которых на медицину мне очень близки. Я буду работать в клинике, где докторам дают доступ в аккаунт в UpToDate (представляете!) и организуют мастер-классы Анны Сонькиной-Дорман (представляете!!). Блин, там даже корпоративная почта на гугле!!!
Короче.
С конца августа каждую субботу ищите меня в «Чайке» в Кунцеве. И это по любви 💜
Не знаю, как написать пост, чтобы не получилось скромное «не хочу хвастаться, но вот вам стопицот поводов офигеть от того, какая я крутая». Но у меня правда очень хорошие новости, и мне не терпится поделиться :)
Твой успех как специалиста отражает твоя востребованность на рынке труда. Лично я почувствовала это тогда, когда прежнее место работы меня перестало устраивать по личным причинам. Приятно, что свое решение я сразу обсудила с BostonGene и там меня поддержали. После этого я написала пост в FB про то, что я заканчиваю сотрудничество с прежней клиникой, и вдруг получила сразу четыре симпатичных мне оффера. Представляете, сразу ЧЕТЫРЕ оффера от людей, с которыми бы я была счастлива работать! (Жаль, что я не была в поиске работы.)
Успешный успех состоялся😅 И я уверена, что на меня сработало не резюме на hh, а вот что: два предложения были от коллег, с которыми мне сложилось работать – очень приятно, что, очевидно, эти люди видели меня в работе и хотели бы видеть меня в своей команде. Это про hard skills. Но другие два предложения были от работодателей, которые никогда меня не знали как химиотерапевта, но они читали мой телеграм-канал, твиттер, инста. И это важно, потому что это – про самопрезентацию. Люди, которым бы не были близки мои взгляды, никогда бы не стали читать то, что я здесь пишу.
Вывод для молодых коллег: ведите соцсети, читайте тех, кто вам нравится. Это создаст подходящую среду. У меня до сих пор не получается в супер-профильный блог, у меня не получается (и я не стремлюсь) продавать свои услуги, но против моего котика и хаски еще никто не устоял. (Доктор, у которого живет хаски, не может быть плохим!)
Но вы – это ваша самопрезентация и окружение. Меня это привело к тому, что сейчас я буду работать с людьми, взгляды которых на медицину мне очень близки. Я буду работать в клинике, где докторам дают доступ в аккаунт в UpToDate (представляете!) и организуют мастер-классы Анны Сонькиной-Дорман (представляете!!). Блин, там даже корпоративная почта на гугле!!!
Короче.
С конца августа каждую субботу ищите меня в «Чайке» в Кунцеве. И это по любви 💜
Forwarded from Здесь рыбы нет
ЭНДОНОВОСТИ В Т-ДЕЙСТВИИ
Выпуск 1. Гормоны и рак груди
Гормоны и онкология — два слова, которые нередко звучат в одном предложении. СМИ и околомедицинские разговоры часто подстёгивают канцерофобию у людей, которые получают гормональную терапию. Оправданно ли это?
В 2019 году были опубликованы результаты когортного масштабного исследования в Нидерландах, включившего 2260 трансфеминных и 1229 трансмаскулинных людей, получавших гормональную терапию. Суммарно на счету участни_ц было 33 991 лет феминизирующей ГТ и 14 883 лет маскулинизирующей ГТ.
В итоге из 2260 трансфеминных персон у восемнадцати был диагностирован рак молочных желёз. Из них у семнадцати стаж гормональной терапии на момент выявления был более 18 лет, возраст у всех — старше 50 лет. В большинстве случаев опухоли были гормоночувствительными (83% имели рецепторы к эстрогену и 67% — к прогестерону), в 8% случаев — HER2-позитивные. Уровни эстрадиола и тестостерона у заболевших значимо не отличались от средних в выборке. Таким образом, риски рака молочных желёз у трансженщин оказались выше, чем у цисгендерных мужчин, но ниже, чем у цисгендерных женщин.
Из 1229 трансмаскулинных людей с раком грудных желёз столкнулись четверо. У всех четверых стаж гормональной терапии был более 15 лет, в двух случаях клетки опухоли имели рецепторы к эстрогену и прогестерону, в одном — к андрогенам. В трёх случаях диагноз был установлен через несколько лет после мастэктомии, последний — во время мастэктомии. Уровни тестостерона у всех четверых были ближе к нижней границе целевого диапазона. При этом риски рака молочных желёз у трансмужчин ниже, чем у цисгендерных женщин.
Хотя данное исследование когортное, ретроспективное и неоднородное по своей выборке (включённые в него люди получали разные гормональные препараты), оно достаточно крупное и статистически значимое, чтобы сделать выводы, что в целом риски рака молочных и грудных желёз не повышаются существенно у людей, получающих гендерно-аффирмативную терапию. И если заболевание случится, то оно произойдёт не раньше, чем в среднем в популяции.
Соответственно, чтобы не пропустить заболевание, рекомендуется стандартный скрининг:
— ежемесячная самопальпация на предмет уплотнений в грудных/молочных железах (либо — в случае проведенной мастэктомии — в околососковой области). Что должно насторожить: наличие уплотнения, особенно, если оно сдвигается вместе с кожей, изменение кожи в области груди, отделяемое из сосков, особенно кровянистое. В этом случае необходимо обратиться ко врачу.
— для трансфеминных людей: маммография ежегодно начиная с возраста 40 лет.
---------
Текст подготовила Ева-Лилит Цветкова, врач-эндокринолог, специалистка по медицинской информации и научной коммуникации, ведущая канала Эндоновости.
#Эндоновостивтдействии_T_Action
Выпуск 1. Гормоны и рак груди
Гормоны и онкология — два слова, которые нередко звучат в одном предложении. СМИ и околомедицинские разговоры часто подстёгивают канцерофобию у людей, которые получают гормональную терапию. Оправданно ли это?
В 2019 году были опубликованы результаты когортного масштабного исследования в Нидерландах, включившего 2260 трансфеминных и 1229 трансмаскулинных людей, получавших гормональную терапию. Суммарно на счету участни_ц было 33 991 лет феминизирующей ГТ и 14 883 лет маскулинизирующей ГТ.
В итоге из 2260 трансфеминных персон у восемнадцати был диагностирован рак молочных желёз. Из них у семнадцати стаж гормональной терапии на момент выявления был более 18 лет, возраст у всех — старше 50 лет. В большинстве случаев опухоли были гормоночувствительными (83% имели рецепторы к эстрогену и 67% — к прогестерону), в 8% случаев — HER2-позитивные. Уровни эстрадиола и тестостерона у заболевших значимо не отличались от средних в выборке. Таким образом, риски рака молочных желёз у трансженщин оказались выше, чем у цисгендерных мужчин, но ниже, чем у цисгендерных женщин.
Из 1229 трансмаскулинных людей с раком грудных желёз столкнулись четверо. У всех четверых стаж гормональной терапии был более 15 лет, в двух случаях клетки опухоли имели рецепторы к эстрогену и прогестерону, в одном — к андрогенам. В трёх случаях диагноз был установлен через несколько лет после мастэктомии, последний — во время мастэктомии. Уровни тестостерона у всех четверых были ближе к нижней границе целевого диапазона. При этом риски рака молочных желёз у трансмужчин ниже, чем у цисгендерных женщин.
Хотя данное исследование когортное, ретроспективное и неоднородное по своей выборке (включённые в него люди получали разные гормональные препараты), оно достаточно крупное и статистически значимое, чтобы сделать выводы, что в целом риски рака молочных и грудных желёз не повышаются существенно у людей, получающих гендерно-аффирмативную терапию. И если заболевание случится, то оно произойдёт не раньше, чем в среднем в популяции.
Соответственно, чтобы не пропустить заболевание, рекомендуется стандартный скрининг:
— ежемесячная самопальпация на предмет уплотнений в грудных/молочных железах (либо — в случае проведенной мастэктомии — в околососковой области). Что должно насторожить: наличие уплотнения, особенно, если оно сдвигается вместе с кожей, изменение кожи в области груди, отделяемое из сосков, особенно кровянистое. В этом случае необходимо обратиться ко врачу.
— для трансфеминных людей: маммография ежегодно начиная с возраста 40 лет.
---------
Текст подготовила Ева-Лилит Цветкова, врач-эндокринолог, специалистка по медицинской информации и научной коммуникации, ведущая канала Эндоновости.
#Эндоновостивтдействии_T_Action
ЭСТРОГЕН < 10% = ТРОЙНОЙ НЕГАТИВНЫЙ РАК? (Неравнодушным коллегам)
Недавно в инстаграме в моих сторис всплыло вот что: ранее считалось, что все опухоли с экспрессией эстрогена по ИГХ > 1% требуют назначения гормонов в адъюванте. Но вот вышла публикация, где предлагают считать все раки с экспрессией эстрогена до 10% - гормононегативными. Сейчас объясню, почему.
Предлагаю нырнуть в глубокую молекулярную генетику, а именно в PAM50. Вот вы можете мне сейчас ответить, что такое люминальный В рак молочной железы? Думаю, можете. Почти уверена, что неправильно.
Тот люминальный рак, про который мы с вами знаем (РЭ+, ki67 > 20%), - это жаргонизм. Вообще все, что вы знали про фенотипы РМЖ – не совсем правда.
В начале нулевых Perou и Sørlie отсеквенировали сотню образцов рака молочной железы. Оказалось, что все опухоли можно разделить на 4 группы: они назвали их люминальный А, люминальный В, HER2-обогащенный и базальноподобный рак. Этот тест (панель) называется PAM50. Каждая из этих групп обладала определенными прогностическими и предиктивными свойствами: наверное, вы уже догадались, какими. И это ИСТИННЫЙ подтип опухоли.
Это прекрасное научное знание дожило до клиники в том виде, в котором мы с вами с ним работаем. Поскольку секвенирований на всех не напасешься, в гайдах ESMO эти подтипы предложили заменить знакомыми суррогатами, как в таблице 2.
Это значит, что всей правды о природе опухоли мы не знаем, а ИГХ лишь немного может помочь. Так на что похожи опухоли с низкой экспрессией РЭ?
В новом исследовании авторы ссылаются на работы, которые ранее показывали, что если такие опухоли проанализировать по PAM50, то они будут либо basal-like, либо HER2-enriched. Поэтому они проанализировали клиникопатологические характеристики пациентов с РЭ 1-9%. Всего было 406 образцов, из них 42 – с низким эстрогеном. 5-летняя БВ у тройных негативных была 74%, у РЭ 1-9% - 73,1%. То же самое – в отношение ОВ: 82,3% против 76,7% (р = 0,8). Частота pCR тоже была одинаковой – 38% против 44% (р = 0,498).
Кстати, в группе РЭ 1-9% всего 6 (из 42) пациентов получали адъювантную гормонотерапию, а химия в том или ином виде была у всех.
Исходы одинаковые. И авторы предлагают считать гормонозависимыми опухоли > 10%, а остальные – тройными негативными. Звучит хорошо, но мне кажется, что исследование выглядело бы более убедительным, если бы все РЭ 1-9% получали гормоны. А вы что думаете?
Недавно в инстаграме в моих сторис всплыло вот что: ранее считалось, что все опухоли с экспрессией эстрогена по ИГХ > 1% требуют назначения гормонов в адъюванте. Но вот вышла публикация, где предлагают считать все раки с экспрессией эстрогена до 10% - гормононегативными. Сейчас объясню, почему.
Предлагаю нырнуть в глубокую молекулярную генетику, а именно в PAM50. Вот вы можете мне сейчас ответить, что такое люминальный В рак молочной железы? Думаю, можете. Почти уверена, что неправильно.
Тот люминальный рак, про который мы с вами знаем (РЭ+, ki67 > 20%), - это жаргонизм. Вообще все, что вы знали про фенотипы РМЖ – не совсем правда.
В начале нулевых Perou и Sørlie отсеквенировали сотню образцов рака молочной железы. Оказалось, что все опухоли можно разделить на 4 группы: они назвали их люминальный А, люминальный В, HER2-обогащенный и базальноподобный рак. Этот тест (панель) называется PAM50. Каждая из этих групп обладала определенными прогностическими и предиктивными свойствами: наверное, вы уже догадались, какими. И это ИСТИННЫЙ подтип опухоли.
Это прекрасное научное знание дожило до клиники в том виде, в котором мы с вами с ним работаем. Поскольку секвенирований на всех не напасешься, в гайдах ESMO эти подтипы предложили заменить знакомыми суррогатами, как в таблице 2.
Это значит, что всей правды о природе опухоли мы не знаем, а ИГХ лишь немного может помочь. Так на что похожи опухоли с низкой экспрессией РЭ?
В новом исследовании авторы ссылаются на работы, которые ранее показывали, что если такие опухоли проанализировать по PAM50, то они будут либо basal-like, либо HER2-enriched. Поэтому они проанализировали клиникопатологические характеристики пациентов с РЭ 1-9%. Всего было 406 образцов, из них 42 – с низким эстрогеном. 5-летняя БВ у тройных негативных была 74%, у РЭ 1-9% - 73,1%. То же самое – в отношение ОВ: 82,3% против 76,7% (р = 0,8). Частота pCR тоже была одинаковой – 38% против 44% (р = 0,498).
Кстати, в группе РЭ 1-9% всего 6 (из 42) пациентов получали адъювантную гормонотерапию, а химия в том или ином виде была у всех.
Исходы одинаковые. И авторы предлагают считать гормонозависимыми опухоли > 10%, а остальные – тройными негативными. Звучит хорошо, но мне кажется, что исследование выглядело бы более убедительным, если бы все РЭ 1-9% получали гормоны. А вы что думаете?
PubMed
Impact of estrogen receptor levels on outcome in non-metastatic triple negative breast cancer patients treated with neoadjuvant/adjuvant…
Although 1% is the recommended cut-off to define estrogen receptor (ER) positivity, a 10% cut-off is often used in clinical practice for therapeutic purposes. We here evaluate clinical outcomes according to ER levels in a monoinstitutional cohort of non-metastatic…
Про динозавров с метастатическим раком, про дьяволов, про голых земплекопов и, конечно, котиков
https://cuprum.media/columns/animal-cancer
https://cuprum.media/columns/animal-cancer
Купрум
Болеют ли животные раком
Все живые организмы, у которых больше чем одна клетка, могут страдать от злокачественных новообразований. София Меньшикова рассказывает, как животные болеют раком.
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
Развлекаю людей видосами про рак, прости-господи
Замучили приливы на тамоксифене
- считайте, что это каждый второй запрос в директе в Инстаграме.
Что обычно получают женщины, которые проходят активное лечение по поводу гормонозависимого рака молочной железы? Правильно, побочки!
🌞 Приливы
На снижение количества эстрогенов наш организм отвечает нарушениями терморегуляции. Оказывается, здесь могут помочь препараты, которые являются селективными ингибиторами захвата серотонина (+/- эпинефрина). Их действие изучали у женщин с раком молочной железы и это оказалось безопасно.
Самый изученный препарат – венлафаксин (PMID: 26067931). Важно - это антидепрессант, а потому отпускается только по рецепту.
Другие препараты этой группы – пароксетин, флюоксетин, дуолоксетин и серталин подходят меньше, потому что влияют на метаболизм тамоксифена (ингибируют CYP2D6).
🙅♀️ Ceксyaльная дисфункция
Сухость во влaгалищe – тоже частая проблема. Здесь, к сожалению, ничего, кроме лубрикантов придумано не было – и они безопасны (PMID: 32358778).
В отдельных случаях, когда пациентки уже закончили принимать гормональную терапию, а лубриканты не помогают, можно попробовать локальное нанесение эстрогена, это тоже не опасно (PMID: 12725664, 22903687).
🎈 Маточное кровотечение
Пациентки на тамоксифене чаще сталкиваются с кровотечениями и патологиями эндометрия. Оказывается, внутриматочные спирали с левоноргестрелом так же могут с этим бороться: снижают частоту развития полипов, гиперплазии эндометрия и фиброаденом (PMID: 19821400).
Правда, до сих пор нет данных, что спираль точно НЕ увеличивает риск рецидива, а потому метод остается нестандартным.
👵🏻 Остеопороз
Обычно эта проблема касается в основном тех, кто принимает ингибиторы ароматазы. Кстати, тамоксифен, наоборот, повышает плотность костей.
Пациенткам на ингибиторах ароматазы нужно всегда принимать препараты кальция и витамина Д в профилактических дозах + бисфосфонаты или деносумаб раз в полгода.
Важно, что по современным рекомендациям бисфосфонаты нужны вообще всем пациенткам в менопаузе (в том числе искусственной) независимо от фенотипа в первые 3 года после (т.е, тройной негативный и HER2-положительный – тоже). Важно – до начала терапии нужно проверить уровень витамина Д! Они работают и как профилактика рецидивов в том числе.
- считайте, что это каждый второй запрос в директе в Инстаграме.
Что обычно получают женщины, которые проходят активное лечение по поводу гормонозависимого рака молочной железы? Правильно, побочки!
🌞 Приливы
На снижение количества эстрогенов наш организм отвечает нарушениями терморегуляции. Оказывается, здесь могут помочь препараты, которые являются селективными ингибиторами захвата серотонина (+/- эпинефрина). Их действие изучали у женщин с раком молочной железы и это оказалось безопасно.
Самый изученный препарат – венлафаксин (PMID: 26067931). Важно - это антидепрессант, а потому отпускается только по рецепту.
Другие препараты этой группы – пароксетин, флюоксетин, дуолоксетин и серталин подходят меньше, потому что влияют на метаболизм тамоксифена (ингибируют CYP2D6).
🙅♀️ Ceксyaльная дисфункция
Сухость во влaгалищe – тоже частая проблема. Здесь, к сожалению, ничего, кроме лубрикантов придумано не было – и они безопасны (PMID: 32358778).
В отдельных случаях, когда пациентки уже закончили принимать гормональную терапию, а лубриканты не помогают, можно попробовать локальное нанесение эстрогена, это тоже не опасно (PMID: 12725664, 22903687).
🎈 Маточное кровотечение
Пациентки на тамоксифене чаще сталкиваются с кровотечениями и патологиями эндометрия. Оказывается, внутриматочные спирали с левоноргестрелом так же могут с этим бороться: снижают частоту развития полипов, гиперплазии эндометрия и фиброаденом (PMID: 19821400).
Правда, до сих пор нет данных, что спираль точно НЕ увеличивает риск рецидива, а потому метод остается нестандартным.
👵🏻 Остеопороз
Обычно эта проблема касается в основном тех, кто принимает ингибиторы ароматазы. Кстати, тамоксифен, наоборот, повышает плотность костей.
Пациенткам на ингибиторах ароматазы нужно всегда принимать препараты кальция и витамина Д в профилактических дозах + бисфосфонаты или деносумаб раз в полгода.
Важно, что по современным рекомендациям бисфосфонаты нужны вообще всем пациенткам в менопаузе (в том числе искусственной) независимо от фенотипа в первые 3 года после (т.е, тройной негативный и HER2-положительный – тоже). Важно – до начала терапии нужно проверить уровень витамина Д! Они работают и как профилактика рецидивов в том числе.
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
Доступный здравпросвет на страже клипового мышления
По всему миру шагает Розовый октябрь - месяц информированности о раке молочной железы. В этот период во многих странах проводят кампании и акции, привлекающие общественное внимание к важности скрининга, диагностики и лечения этого заболевания.
HSO talks совместно с врачом-онкологом Софией Меньшиковой подготовили лекцию об одном из подтипов этого злокачественного образования. Что может быть лучше интересной, информативной и актуальной беседы, где вы сможете задать вопросы лектору?🤓
Не пропустите: в воскресенье, 10 октября в 19:00 на платформе ZOOM ✊🏻
Что нужно, чтобы попасть в лекторий?
Написать в сообщения HSO talks о своем желании и получить ссылку 📩
HSO talks совместно с врачом-онкологом Софией Меньшиковой подготовили лекцию об одном из подтипов этого злокачественного образования. Что может быть лучше интересной, информативной и актуальной беседы, где вы сможете задать вопросы лектору?🤓
Не пропустите: в воскресенье, 10 октября в 19:00 на платформе ZOOM ✊🏻
Что нужно, чтобы попасть в лекторий?
Написать в сообщения HSO talks о своем желании и получить ссылку 📩
Forwarded from Купрум
Рак молочной железы может возникнуть сам по себе, а может появиться из-за сломанных генов, которые передаются по наследству. О мутациях и генетических тестах в своей колонке рассказывает врач-онколог София Меньшикова Oncology Fellow.
Этот материал мы выпускаем в рамках акции «Розовый октябрь». Вместе с «Горящей избой» рассказываем, как вовремя диагностировать рак, как с ним бороться и как живут женщины, столкнувшиеся с диагнозом. Прочитайте и перешлите подругам!
https://cuprum.site/AJ1RsegL
#колонка_купрум
Этот материал мы выпускаем в рамках акции «Розовый октябрь». Вместе с «Горящей избой» рассказываем, как вовремя диагностировать рак, как с ним бороться и как живут женщины, столкнувшиеся с диагнозом. Прочитайте и перешлите подругам!
https://cuprum.site/AJ1RsegL
#колонка_купрум
Ищу себе в команду человека. Вижу так: врач (в идеале онколог), который обожает рак молочной железы и шарит в лекарственном лечении. Будем заниматься высокой наукой и говорить по-английски.
Резюме сразу кидайте на почту рекрутера или в личку @BostonGeneHR , репост приветствуется :)
https://hh.ru/vacancy/48746592
Резюме сразу кидайте на почту рекрутера или в личку @BostonGeneHR , репост приветствуется :)
https://hh.ru/vacancy/48746592
Forwarded from Sberloga (Alexander C)
🚀 @SBERLOGA представляет онлайн доклад :
👨🔬 Антон Костин (МФТИ) "Биология на графах. Графы 'взаимодействия' генов на основе NLP анализа текстов."
⌚️ Пятница 15 октября, 18.00 по Москве
Рассмотрим корпус биологических текстов по определенной тематике - болезнь Альцгеймера , глиобластома и тд.
Обучим NLP модель (типа word2vec или более продвинутые) на выбранном корпусе.
Возьмем список интересующих нас терминов - например генов.
Рассмотрим эмбединги генов, которые получены данной моделью, построим по ним граф близости.
После этого мы можем анализировать данный граф и пытаться понять насколько он отражает биологическую информацию.
Насколько он зависит от корпуса текстов, насколько кластеры биологически осмысленны, и так далее.
Об этом и будет рассказано. Разобраны ноутбуки, которые делают данное построение.
Доклад является идейным продолжением предыдущего доклада - https://youtu.be/deFlfV3lB50 , https://yangx.top/sberloga/66
Ссылка на зум будет доступна через тг чат https://yangx.top/sberlogabio ближе к началу
👨🔬 Антон Костин (МФТИ) "Биология на графах. Графы 'взаимодействия' генов на основе NLP анализа текстов."
⌚️ Пятница 15 октября, 18.00 по Москве
Рассмотрим корпус биологических текстов по определенной тематике - болезнь Альцгеймера , глиобластома и тд.
Обучим NLP модель (типа word2vec или более продвинутые) на выбранном корпусе.
Возьмем список интересующих нас терминов - например генов.
Рассмотрим эмбединги генов, которые получены данной моделью, построим по ним граф близости.
После этого мы можем анализировать данный граф и пытаться понять насколько он отражает биологическую информацию.
Насколько он зависит от корпуса текстов, насколько кластеры биологически осмысленны, и так далее.
Об этом и будет рассказано. Разобраны ноутбуки, которые делают данное построение.
Доклад является идейным продолжением предыдущего доклада - https://youtu.be/deFlfV3lB50 , https://yangx.top/sberloga/66
Ссылка на зум будет доступна через тг чат https://yangx.top/sberlogabio ближе к началу
Forwarded from HSO community
#hsot_видео
Сегодня мы будем, как в меме с Человеком-пауком, показывать пальцем на самих себя и рекламировать свое же кино в рубрике #hsot_видео.
Почему нет - ведь это кино того стоит: чуть больше недели назад к нам в гости пришла София Меньшикова (врач-онколог, эксперт BostonGene и мать Oncology Fellow) и рассказала о тройном негативном раке молочной железы все, что мы хотели знать, но боялись спросить.
Какой рак надо называть тройным негативным? Всегда ли тройной негативный рак - это то, чем он кажется на первый взгляд? Зачем все вокруг говорят про иммунотерапию? И почему при разговоре о ТНРМЖ так уместны отсылки к "Твин Пиксу"?
Все это - в нашем новом видео: https://youtu.be/IW_Pf1qisRA
А еще у нас есть YouTube-канал, все очень серьезно. Приходите - там много всего классного.
Сегодня мы будем, как в меме с Человеком-пауком, показывать пальцем на самих себя и рекламировать свое же кино в рубрике #hsot_видео.
Почему нет - ведь это кино того стоит: чуть больше недели назад к нам в гости пришла София Меньшикова (врач-онколог, эксперт BostonGene и мать Oncology Fellow) и рассказала о тройном негативном раке молочной железы все, что мы хотели знать, но боялись спросить.
Какой рак надо называть тройным негативным? Всегда ли тройной негативный рак - это то, чем он кажется на первый взгляд? Зачем все вокруг говорят про иммунотерапию? И почему при разговоре о ТНРМЖ так уместны отсылки к "Твин Пиксу"?
Все это - в нашем новом видео: https://youtu.be/IW_Pf1qisRA
А еще у нас есть YouTube-канал, все очень серьезно. Приходите - там много всего классного.
YouTube
Тройной негативный рак молочной железы (гость - София Меньшикова)
Онлайн-лекторий HSO talks, 10.10.2021 г.
Лектор: София Меньшикова, врач-онколог (клиника "Чайка"), эксперт BostonGene, администратор телеграм-канала Oncology Fellow
Узнать больше: https://vk.com/hsotalks
Лектор: София Меньшикова, врач-онколог (клиника "Чайка"), эксперт BostonGene, администратор телеграм-канала Oncology Fellow
Узнать больше: https://vk.com/hsotalks
Рак молочной железы можно унаследовать
Врываюсь с постом напоследок. Октябрь - месяц информирования о раке молочной железы. Кроме того, что это самый частый рак, он в 5–10% случаев бывает наследственным.
Унаследовать гены, которые отвечают за рак молочной железы, можно как от мамы, так и от папы. Самый распространенный вариант - мутации в генах BRCA1 и BRCA2. Кстати, они же отвечают и за развитие рака яичников, поджелудочной железы, агрессивного рака простаты и рака груди у мужчин.
На картинке - критерии NCCN, по которым можно заподозрить в семье наследственный рак.
Зачем это знать вообще? Затем, что наследственный рак часто возникает в более раннем возрасте, у половины – до 40 лет. Кроме того, он часто связан с тройным негативным фенотипом - самым неблагоприятным вариантом рака молочной железы.
В 2013 году амбассадором наследственного рака молочной железы стала Анджелина Джоли. После того, как от рака умерла ее мама, актриса сдала анализы и выяснила, что у нее есть мутация. Джоли приняла решение удалить молочные железы до того, как опухоль появится, и заменить их имплантами, но это не обязательная мера:
Важно: наличие мутации говорит о том, что риск развития рака у человека выше, чем в популяции, но не о том, что болезнь обязательно будет.
Если такие мутации есть, желательно регулярно проверяться. Начинать проходить профилактические обследования рекомендуют в возрасте на 10 лет раньше, чем возраст обнаружения рака у кровного родственника. Кроме того, такие мутации можно передать биологическим детям, а значит, родителю нужно нести ответственность еще и за их здоровье и осведомленность.
Узнать, есть ли у человека мутации в этих генах, можно в любой лаборатории. Для этого достаточно сдать кровь. Цены разные, зависят от вида теста.
Их два. Относительно дешевый и доступный анализ ПЦР проверяет самые распространенные славянские мутации в генах BRCA1 и BRCA2. В отдельных случаях, которые разбирают врач-генетик или врач-онколог, может понадобиться более сложное тестирование — next generation sequencing, когда структуру генов изучают целиком, а не точечно. Кстати, в медицинской лаборатории Гемотест (коллеги, на вооружение!) сейчас скидка 30% и на ПЦР, и на NGS (туть).
В идеале, конечно, сначала все обсудить с врачом-онкологом. В реальности редко кто доходит до онколога с такими вопросами. Поэтому цель моего поста – знайте свою наследственность, и знайте, что есть анализы, которые помогут позаботится о себе заранее.
Врываюсь с постом напоследок. Октябрь - месяц информирования о раке молочной железы. Кроме того, что это самый частый рак, он в 5–10% случаев бывает наследственным.
Унаследовать гены, которые отвечают за рак молочной железы, можно как от мамы, так и от папы. Самый распространенный вариант - мутации в генах BRCA1 и BRCA2. Кстати, они же отвечают и за развитие рака яичников, поджелудочной железы, агрессивного рака простаты и рака груди у мужчин.
На картинке - критерии NCCN, по которым можно заподозрить в семье наследственный рак.
Зачем это знать вообще? Затем, что наследственный рак часто возникает в более раннем возрасте, у половины – до 40 лет. Кроме того, он часто связан с тройным негативным фенотипом - самым неблагоприятным вариантом рака молочной железы.
В 2013 году амбассадором наследственного рака молочной железы стала Анджелина Джоли. После того, как от рака умерла ее мама, актриса сдала анализы и выяснила, что у нее есть мутация. Джоли приняла решение удалить молочные железы до того, как опухоль появится, и заменить их имплантами, но это не обязательная мера:
Важно: наличие мутации говорит о том, что риск развития рака у человека выше, чем в популяции, но не о том, что болезнь обязательно будет.
Если такие мутации есть, желательно регулярно проверяться. Начинать проходить профилактические обследования рекомендуют в возрасте на 10 лет раньше, чем возраст обнаружения рака у кровного родственника. Кроме того, такие мутации можно передать биологическим детям, а значит, родителю нужно нести ответственность еще и за их здоровье и осведомленность.
Узнать, есть ли у человека мутации в этих генах, можно в любой лаборатории. Для этого достаточно сдать кровь. Цены разные, зависят от вида теста.
Их два. Относительно дешевый и доступный анализ ПЦР проверяет самые распространенные славянские мутации в генах BRCA1 и BRCA2. В отдельных случаях, которые разбирают врач-генетик или врач-онколог, может понадобиться более сложное тестирование — next generation sequencing, когда структуру генов изучают целиком, а не точечно. Кстати, в медицинской лаборатории Гемотест (коллеги, на вооружение!) сейчас скидка 30% и на ПЦР, и на NGS (туть).
В идеале, конечно, сначала все обсудить с врачом-онкологом. В реальности редко кто доходит до онколога с такими вопросами. Поэтому цель моего поста – знайте свою наследственность, и знайте, что есть анализы, которые помогут позаботится о себе заранее.
Forwarded from Sberloga (Alexander C)
🚀 @SBERLOGA online seminar on bioinformatics:
👨🔬 Котлов Никита (BostonGene) “Подтипы микроокружения DLBCL”
⌚️ Пятница 3 декабря, 18.00 по Москве
Мы обсудим происхождение и развитие Б-клеток и лимфомы, которые из них происходят. Затронем строение нормального лимфоузла и функции разных видов нормальных клеток в нем. Научимся оценивать количество этих клеток и выраженность тех или иных функций на основе данных экспрессии генов. И в итоге углубимся в подтипы Диффузной Крупноклеточной Лимфомы (DLBCL), обсудим их клиническую значимость.
Разбор статьи https://cancerdiscovery.aacrjournals.org/content/11/6/1468
Вакансии в BostonGene: https://yangx.top/sberlogajobs/158
Ссылка на зум будет доступна в чате: https://yangx.top/sberlogabio ближе к началу доклада.
👨🔬 Котлов Никита (BostonGene) “Подтипы микроокружения DLBCL”
⌚️ Пятница 3 декабря, 18.00 по Москве
Мы обсудим происхождение и развитие Б-клеток и лимфомы, которые из них происходят. Затронем строение нормального лимфоузла и функции разных видов нормальных клеток в нем. Научимся оценивать количество этих клеток и выраженность тех или иных функций на основе данных экспрессии генов. И в итоге углубимся в подтипы Диффузной Крупноклеточной Лимфомы (DLBCL), обсудим их клиническую значимость.
Разбор статьи https://cancerdiscovery.aacrjournals.org/content/11/6/1468
Вакансии в BostonGene: https://yangx.top/sberlogajobs/158
Ссылка на зум будет доступна в чате: https://yangx.top/sberlogabio ближе к началу доклада.
Forwarded from Sberloga (Alexander C)
Воскресный трёп.
Машинное обучение и онкология.
What is about ? О стандартном примере анализа данных балк РНК секвенирования на примере рака груди (breast cancer , METABRIC датасет), и некоторые байки о пока еще не вполне сбывшихся надеждах. А еще, знаете ли вы что такое "ген/мутация Анджелины Джоли" ?
Предисловие. Данный пост, тесно связан с прошедшим докладом Никиты Котлова (где обсуждался другой тип рака - лимфомы - но задачи такие же). А также, с недавними постами Софии Меньшиковой на ее канале @OncologyFellow. У Софии и ее соавтора Алексея - лучшие каналы по онкологии - @OncologyFellow и @medonco - подписывайтесь !
Что хотим ? Все знают, что типов рака очень много, но хуже того у каждого типа рака, еще много подтипов, и лечение/прогноз часто сильно зависит от подтипа рака. Поэтому ученые пытаются выделить эти подтипы и понять, как с каждым из них лучше бороться. Доклад Никиты был посвящен этой проблеме для лимфомы, а данный пост о раки груди. Яркий пример - трастузумаб (моноклональное антитело) успешно применяется к одному из подтипов рака груди, и понятен механизм - у этого подтипа на поверхности раковых клеток торчат белки рецепторы продуцированные геном HER2 и трастузумаб прицельно бьёт по ним. Но, к сожалению, не у всех подтипов есть такие белки на поверхности - у подтипа "трипл-негатив", например, нет.
Как делали раньше/сейчас и как хотят определять подтипы в будущем ? Мини операция - вырезают кусочек опухоли, и относительно дешевыми и простыми методами смотрят подтип. С точки зрения дата-сайнс, тут поинт в том, что у нас есть очень мало (2-3) признака ("фичи") и по ним всё определяюeтся. Можно ожидать, что если бы было больше "фичей" (признаков), то мы получили бы больше информации. Примерно 15 лет назад технологии позволили это делать - научились относительно недорого измерять ТЫСЯЧИ/ДЕСЯТКИ ТЫСЯЧ признаков - экспрессий генов - показателей насколько активно гены работают в данных клетках. (Настоящих "пацанских" (белок кодирующих) генов у человека порядка 20 000, а еще кучи псевдогенов, lncRNA, и тд), каждый ген - фича , генов десятки тысяч - значит десятки тысяч фичей.
В чем облом и надежда ? Оказалось, что фичей стало в тысячи раз больше, а толку стало не сильно больше. Но, все же, технологии развиваются и удешевляются, и многие полны надежд, что удастся спасти жизни людей, если еще поднапрячься в этом направлении.
Что за данные и что на картинке ? Данные - матрица: (пациенты х гены). Скажем порядка 2000 пациентов, и 20 000 генов. Такие датасеты собираются долгими годами. И есть еще один дополнительный столбец - сколько месяцев пациент прожил (после диагноза). Дальше, одна из наших целей по этим (и, вообще говоря, другим тоже) данным понять можем ли мы предсказать сколько пациент проживет, по возможности понять реакцию на лечение (тут нужно больше данных) и так далее.
Достаточно давно была предложена классификация ПАМ50 - то есть выделены примерно 50 генов и по ним данные разбиты на несколько кластеров. Рисунок справа показывает графики кривых выживаемости для каждого из кластеров - чем выше график тем лучше прогноз - и мы видим, что есть два кластера - ЛюминалА и кластер клауден-лоу, где выживаемость получше. Подтип клаудиан-лоу, кстати, относительно новый - дополнение к старому ПАМ50, и видно, что выделен по делу - раньше он был частью трипл негатива, а видно что выживаемость другая. Картинка слева - взят датасет, сделан ПСА, покрашен по кластерам - ну как обычно. То есть каждая точка - соответствует одному семплу, в данному случае человеку. А что за граф там нарисован - а это наша работа, потом как-нибудь расскажу. Код можно тут взять: КАГГЛ.
А что там про Анджелину Джоли ? Известная история, но я устал писать, так, что читайте у Софии.
Машинное обучение и онкология.
What is about ? О стандартном примере анализа данных балк РНК секвенирования на примере рака груди (breast cancer , METABRIC датасет), и некоторые байки о пока еще не вполне сбывшихся надеждах. А еще, знаете ли вы что такое "ген/мутация Анджелины Джоли" ?
Предисловие. Данный пост, тесно связан с прошедшим докладом Никиты Котлова (где обсуждался другой тип рака - лимфомы - но задачи такие же). А также, с недавними постами Софии Меньшиковой на ее канале @OncologyFellow. У Софии и ее соавтора Алексея - лучшие каналы по онкологии - @OncologyFellow и @medonco - подписывайтесь !
Что хотим ? Все знают, что типов рака очень много, но хуже того у каждого типа рака, еще много подтипов, и лечение/прогноз часто сильно зависит от подтипа рака. Поэтому ученые пытаются выделить эти подтипы и понять, как с каждым из них лучше бороться. Доклад Никиты был посвящен этой проблеме для лимфомы, а данный пост о раки груди. Яркий пример - трастузумаб (моноклональное антитело) успешно применяется к одному из подтипов рака груди, и понятен механизм - у этого подтипа на поверхности раковых клеток торчат белки рецепторы продуцированные геном HER2 и трастузумаб прицельно бьёт по ним. Но, к сожалению, не у всех подтипов есть такие белки на поверхности - у подтипа "трипл-негатив", например, нет.
Как делали раньше/сейчас и как хотят определять подтипы в будущем ? Мини операция - вырезают кусочек опухоли, и относительно дешевыми и простыми методами смотрят подтип. С точки зрения дата-сайнс, тут поинт в том, что у нас есть очень мало (2-3) признака ("фичи") и по ним всё определяюeтся. Можно ожидать, что если бы было больше "фичей" (признаков), то мы получили бы больше информации. Примерно 15 лет назад технологии позволили это делать - научились относительно недорого измерять ТЫСЯЧИ/ДЕСЯТКИ ТЫСЯЧ признаков - экспрессий генов - показателей насколько активно гены работают в данных клетках. (Настоящих "пацанских" (белок кодирующих) генов у человека порядка 20 000, а еще кучи псевдогенов, lncRNA, и тд), каждый ген - фича , генов десятки тысяч - значит десятки тысяч фичей.
В чем облом и надежда ? Оказалось, что фичей стало в тысячи раз больше, а толку стало не сильно больше. Но, все же, технологии развиваются и удешевляются, и многие полны надежд, что удастся спасти жизни людей, если еще поднапрячься в этом направлении.
Что за данные и что на картинке ? Данные - матрица: (пациенты х гены). Скажем порядка 2000 пациентов, и 20 000 генов. Такие датасеты собираются долгими годами. И есть еще один дополнительный столбец - сколько месяцев пациент прожил (после диагноза). Дальше, одна из наших целей по этим (и, вообще говоря, другим тоже) данным понять можем ли мы предсказать сколько пациент проживет, по возможности понять реакцию на лечение (тут нужно больше данных) и так далее.
Достаточно давно была предложена классификация ПАМ50 - то есть выделены примерно 50 генов и по ним данные разбиты на несколько кластеров. Рисунок справа показывает графики кривых выживаемости для каждого из кластеров - чем выше график тем лучше прогноз - и мы видим, что есть два кластера - ЛюминалА и кластер клауден-лоу, где выживаемость получше. Подтип клаудиан-лоу, кстати, относительно новый - дополнение к старому ПАМ50, и видно, что выделен по делу - раньше он был частью трипл негатива, а видно что выживаемость другая. Картинка слева - взят датасет, сделан ПСА, покрашен по кластерам - ну как обычно. То есть каждая точка - соответствует одному семплу, в данному случае человеку. А что за граф там нарисован - а это наша работа, потом как-нибудь расскажу. Код можно тут взять: КАГГЛ.
А что там про Анджелину Джоли ? Известная история, но я устал писать, так, что читайте у Софии.
Forwarded from Sberloga (Alexander C)
НЕСТАНДАРТНЫЙ ДЕНЬ - СРЕДА !
🚀 @SBERLOGA online seminar on bioinformatics:
👨🔬 Кондратова Мария (Lille University) "Иммунный ответ в раке. Как это работает и не работает. Обзорная лекция.”
⌚️ Среда 8 декабря, 18.00 по Москве
Абстракт будет позднее.
О докладчике: Мария Кондратова - PhD - молекулярный биолог, автор многочисленных статей (в том числе, в Nature Communications), а также популярной книги - "Рак - кривое зеркало жизни" - первой научно-популярной книги о молекулярных механизмах рака на русском языке.
Подписывайтесь на каналы тг: @sberloga, Ютуб: SBERLOGA - топовые онлайн доклады каждую неделю! @sberlogajobs - вакансии.
Ссылка на зум будет доступна в чате: https://yangx.top/sberlogabio ближе к началу доклада.
🚀 @SBERLOGA online seminar on bioinformatics:
👨🔬 Кондратова Мария (Lille University) "Иммунный ответ в раке. Как это работает и не работает. Обзорная лекция.”
⌚️ Среда 8 декабря, 18.00 по Москве
Абстракт будет позднее.
О докладчике: Мария Кондратова - PhD - молекулярный биолог, автор многочисленных статей (в том числе, в Nature Communications), а также популярной книги - "Рак - кривое зеркало жизни" - первой научно-популярной книги о молекулярных механизмах рака на русском языке.
Подписывайтесь на каналы тг: @sberloga, Ютуб: SBERLOGA - топовые онлайн доклады каждую неделю! @sberlogajobs - вакансии.
Ссылка на зум будет доступна в чате: https://yangx.top/sberlogabio ближе к началу доклада.
Forwarded from Medical Oncology (Aliaksei Pasko)
💣 Анастасия Данилова завела канал в телеграме и прямо сейчас делится самыми свежими новостями из Сан-Антонио.
https://yangx.top/cancer_care_weekly
PS: если вы не знаете Анастасию, то просто поверьте, что ради возможности работать в одной команде, я был готов оставить Минск и перебраться в Москву.
https://yangx.top/cancer_care_weekly
PS: если вы не знаете Анастасию, то просто поверьте, что ради возможности работать в одной команде, я был готов оставить Минск и перебраться в Москву.
Telegram
Что мы будем делать в понедельник утром
Меня зовут Настя Данилова, я химиотерапевт. Работаю в 62ой онкологической больнице в Москве. Это канал о новостях, сложностях, непонятностях в онкологии! 🌟💫
Подборка полезных ресурсов некоммерческих проектов и общественных движений с информацией о диагностике и лечении рака на русском языке
👉 https://te-st.ru/2022/02/03/all-about-cancer/
👉 https://te-st.ru/2022/02/03/all-about-cancer/
te-st.org
Все о раке: 11 онкологических порталов и сообществ
Что надо знать о раке каждому? Куда обращаться за помощью с этим диагнозом? Подборка полезных ресурсов к Всемирному дню борьбы против рака.
В сложные времена многие пытаются сохранить капитал или закупиться продуктами впрок. Но лучшее, что мы все можем сейчас сделать, – это позаботиться о себе и своем здоровье. Фонд медицинских решений «Не напрасно» создал онлайн-тест «Скрин», который дает персональные рекомендации по профилактике и ранней диагностике рака и может кардинально изменить чью-то жизнь.
Тест позволяет определить существующие у человека показания к скринингу и раннему выявлению 6-ти видов рака – рака легкого, молочной железы, кишечника, простаты, шейки матки и кожи;
Над тестом работали онкологи, эпидемиологи, генетики, диетологи и врачи других специализаций;
Эффективность рекомендаций, предоставляемых по итогам теста, подтверждена исследованиями во всем мире;
Первую и вторую версии теста прошли более 409 000 человек;
Осенью 2021 года была запущена третья версия теста «Скрин»– медицинские алгоритмы теста были обновлены в соответствии с актуальными на 2021 год исследованиями и рекомендациями;
Экспертный состав теста проанализировал российские и международные программы скрининга, протоколы, исследования и рекомендации 9-ти ведущих международных медицинских организаций (включая Национальную комплексную онкологическую сеть, Российское общество клинической онкологии, Международное агентство по изучению рака и др.);
Экспертами проекта были изучены более 70-ти публикаций в авторитетных международных научных медиа;
Все обследования, рекомендуемые в рамках теста, доступны для выполнения в России;
Алгоритм теста «Скрин» и рекомендации получили положительную оценку федерального центра ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России – одного из ведущих российских медицинских учреждений в сфере лечения онкологических заболеваний;
«Скрин» – один из четырех сервисов бесплатного портала «Все не напрасно». Регистрируясь или авторизуясь на сайте теста «Скрин», вы получаете доступ в личный кабинет на портале «Все не напрасно» и ко всем его сервисам.
Пройти тест «Скрин» можно из любой точки мира совершенно бесплатно: https://clck.ru/dYyq4.
Тест позволяет определить существующие у человека показания к скринингу и раннему выявлению 6-ти видов рака – рака легкого, молочной железы, кишечника, простаты, шейки матки и кожи;
Над тестом работали онкологи, эпидемиологи, генетики, диетологи и врачи других специализаций;
Эффективность рекомендаций, предоставляемых по итогам теста, подтверждена исследованиями во всем мире;
Первую и вторую версии теста прошли более 409 000 человек;
Осенью 2021 года была запущена третья версия теста «Скрин»– медицинские алгоритмы теста были обновлены в соответствии с актуальными на 2021 год исследованиями и рекомендациями;
Экспертный состав теста проанализировал российские и международные программы скрининга, протоколы, исследования и рекомендации 9-ти ведущих международных медицинских организаций (включая Национальную комплексную онкологическую сеть, Российское общество клинической онкологии, Международное агентство по изучению рака и др.);
Экспертами проекта были изучены более 70-ти публикаций в авторитетных международных научных медиа;
Все обследования, рекомендуемые в рамках теста, доступны для выполнения в России;
Алгоритм теста «Скрин» и рекомендации получили положительную оценку федерального центра ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России – одного из ведущих российских медицинских учреждений в сфере лечения онкологических заболеваний;
«Скрин» – один из четырех сервисов бесплатного портала «Все не напрасно». Регистрируясь или авторизуясь на сайте теста «Скрин», вы получаете доступ в личный кабинет на портале «Все не напрасно» и ко всем его сервисам.
Пройти тест «Скрин» можно из любой точки мира совершенно бесплатно: https://clck.ru/dYyq4.
screen.nenaprasno.ru
Скрин - персональные рекомендации по профилактике рака
Добро пожаловать в систему персональных рекомендаций для профилактики рака